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- PDB-6mxb: Crystal structure of Trypanosoma brucei hypoxanthine-guanine-xant... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6mxb
タイトルCrystal structure of Trypanosoma brucei hypoxanthine-guanine-xanthine phosphoribosyltranferase in complex with XMP
要素Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase, putative
キーワードTRANSFERASE / 6-oxopurine PRTs / Purine salvage
機能・相同性
機能・相同性情報


xanthine phosphoribosyltransferase activity / guanine salvage / hypoxanthine metabolic process / guanine phosphoribosyltransferase activity / hypoxanthine phosphoribosyltransferase activity / GMP salvage / IMP salvage / glycosome / phosphate ion binding / nucleotide binding ...xanthine phosphoribosyltransferase activity / guanine salvage / hypoxanthine metabolic process / guanine phosphoribosyltransferase activity / hypoxanthine phosphoribosyltransferase activity / GMP salvage / IMP salvage / glycosome / phosphate ion binding / nucleotide binding / magnesium ion binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Rossmann fold - #2020 / Phosphoribosyl transferase domain / Phosphoribosyltransferase-like / Phosphoribosyltransferase domain / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
XANTHOSINE-5'-MONOPHOSPHATE / Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase, putative
類似検索 - 構成要素
生物種Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.192 Å
データ登録者Teran, D. / Guddat, L.
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2019
タイトル: Crystal structures of Trypanosoma brucei hypoxanthine - guanine - xanthine phosphoribosyltransferase in complex with IMP, GMP and XMP.
著者: Teran, D. / Dolezelova, E. / Keough, D.T. / Hockova, D. / Zikova, A. / Guddat, L.W.
履歴
登録2018年10月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年7月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月18日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase, putative
B: Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase, putative
C: Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase, putative
D: Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase, putative
E: Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase, putative
F: Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)186,09815
ポリマ－183,8346
非ポリマー2,2649
水10,917606
1
A: Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase, putative
B: Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,0576
ポリマ－61,2782
非ポリマー7794
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5750 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area17720 Å2
手法PISA
2
C: Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase, putative
E: Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,0084
ポリマ－61,2782
非ポリマー7302
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5190 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area17820 Å2
手法PISA
3
D: Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase, putative
F: Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,0335
ポリマ－61,2782
非ポリマー7553
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5440 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area17850 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.113, 107.394, 117.097
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.96, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase, putative


分子量: 30638.998 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma brucei brucei (strain 927/4 GUTat10.1) (トリパノソーマ)
株: 927/4 GUTat10.1 / 遺伝子: Tb10.70.6660 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q38CA1
#2: 化合物
ChemComp-XMP / XANTHOSINE-5'-MONOPHOSPHATE / 5-MONOPHOSPHATE-9-BETA-D-RIBOFURANOSYL XANTHINE


分子量: 365.213 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N4O9P
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 606 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.72 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: 25% PEG 3350, 0.2 M lithium sulfate and 0.1 M Bis-Tris

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2016年12月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.19→46.28 Å / Num. obs: 76416 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 5.5 % / Rpim(I) all: 0.07 / Net I/σ(I): 10.1
反射 シェル解像度: 2.19→2.24 Å / Mean I/σ(I) obs: 4.8 / Num. unique obs: 4248 / Rpim(I) all: 0.262

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6AP3

6ap3
PDB 未公開エントリ


解像度: 2.192→39.637 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 22.76 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.223 2000 2.62 %
Rwork0.1847 --
obs0.1857 76387 99.14 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.192→39.637 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10135 0 147 606 10888
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00210524
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.4914270
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.6267575
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0441624
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0021805
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1917-2.24650.28521360.23295043X-RAY DIFFRACTION94
2.2465-2.30720.28881420.22195280X-RAY DIFFRACTION100
2.3072-2.37510.28971420.22075312X-RAY DIFFRACTION100
2.3751-2.45170.22581440.20815336X-RAY DIFFRACTION100
2.4517-2.53940.2721430.20215327X-RAY DIFFRACTION100
2.5394-2.6410.27051420.2035289X-RAY DIFFRACTION100
2.641-2.76120.24541440.20245339X-RAY DIFFRACTION100
2.7612-2.90670.26111440.20255340X-RAY DIFFRACTION100
2.9067-3.08880.21261430.18975337X-RAY DIFFRACTION100
3.0888-3.32710.20241430.18195333X-RAY DIFFRACTION100
3.3271-3.66170.19981440.16465352X-RAY DIFFRACTION100
3.6617-4.19110.20571440.15355357X-RAY DIFFRACTION100
4.1911-5.27840.17261440.14915375X-RAY DIFFRACTION100
5.2784-39.6430.21041450.1925367X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.95-3.6791-3.40278.40672.96484.3945-0.3096-0.0561-0.34540.332-0.1040.80610.2506-0.51230.2980.2375-0.06610.06430.3344-0.04720.2421-20.675-22.5978-50.7038
25.87120.3027-3.02747.34230.88035.66770.1116-0.014-0.36940.1214-0.22120.52990.2479-0.53910.07620.1118-0.05030.00390.1826-0.03980.1794-18.832-17.0631-49.8011
35.49666.9199-2.27468.6989-2.93091.3223-0.10680.1535-0.3275-0.20840.0621-0.27760.2080.090.06720.20410.01180.00370.1391-0.04120.15173.7915-14.931-52.9204
48.61011.48511.62991.82920.22798.979-0.08770.09580.10130.0215-0.1566-0.55680.03380.340.15450.09930.02770.04580.15740.02820.339823.1276-1.2958-45.7122
54.99870.29540.74993.7011-0.91642.78080.0908-0.04480.1964-0.1522-0.0912-0.109-0.03390.0017-0.0070.1067-0.0140.03080.0907-0.01520.08253.9426-5.9966-44.0844
66.1651-2.8240.49231.5652-1.40725.7942-0.0597-1.03570.57650.397-0.01760.7581-0.6197-0.11060.07170.3278-0.02150.08410.1841-0.1050.5217.09057.7608-42.6196
72.56352.89730.71273.25590.43964.4768-0.1295-0.24220.6981-0.16260.02540.34430.287-0.72440.20790.17160.02720.09770.1349-0.02590.27530.4763-0.2791-52.8413
84.69254.60395.46376.79083.56159.00320.05550.03451.12470.3637-0.01520.7077-0.1593-0.44070.08740.19610.00560.05410.18990.04160.39253.3479.9349-53.0865
94.02232.51640.88212.18230.85060.5507-0.29030.41990.219-0.36360.20620.1462-0.20810.06170.03790.1978-0.0062-0.00350.17890.04820.1579-2.6351-1.8257-57.9831
104.0657-3.2403-0.38895.66791.65484.18890.0004-0.0370.0482-0.0052-0.14190.3473-0.2181-0.29070.12590.1261-0.01030.05550.2016-0.01510.1575-18.0468-6.1249-45.9797
117.37564.34495.5319.06312.05057.6799-0.00340.3516-0.1146-0.1526-0.2507-0.0570.53560.54150.27140.40180.08880.1610.17350.03260.252216.1515-25.7033-34.4734
127.8916-1.15520.05781.14180.25460.4273-0.1157-0.2206-0.4028-0.04330.01-0.00040.1225-0.05340.09030.2157-0.01390.02910.1170.03530.12581.441-19.6345-30.8361
135.5735-1.44142.48257.3511-3.34995.59020.125-0.3124-0.1763-0.12370.05960.37540.0566-0.3987-0.09870.1037-0.00410.03050.2542-0.020.2376-26.6454-3.7445-30.6847
146.72430.2115-0.29972.6393-0.12472.730.13-0.20630.15030.1027-0.0908-0.0244-0.01-0.0575-0.05050.15150.02130.02330.11040.01160.07-7.4319-7.7709-34.2095
154.1611-2.29153.2491.4039-2.41255.4828-0.16650.35380.68950.0424-0.328-0.2626-0.44590.37420.41980.28380.00950.02220.2085-0.0210.3021-7.22480.8283-27.585
165.3814-4.04886.5837.0907-4.13189.2439-0.3699-0.32151.0425-0.0682-0.2472-0.0534-0.4024-0.07890.67040.38610.0508-0.05120.2849-0.05540.2809-6.47273.7607-20.066
173.7092-0.090.50661.69160.32161.10650.04-0.4408-0.06730.2220.03510.02770.0801-0.1809-0.0770.22440.02320.0130.25110.00580.1105-1.16-9.2214-19.8628
183.15630.5103-0.22174.748-1.04964.0185-0.0171-0.02110.36620.1266-0.1426-0.2828-0.07620.31120.12770.1519-0.02010.03280.16660.03530.163914.6458-8.7115-32.8555
195.7775-2.27314.46855.4241-2.13536.8511-0.20180.20270.2331-0.14830.01120.5129-0.5045-0.55580.16730.23820.10090.00680.3797-0.03070.3868-38.7077-11.5475-73.9555
206.2553-4.7267.18894.2811-4.83678.4992-0.4628-0.34170.17110.2350.18290.1289-0.3848-0.37140.29560.16390.01710.0320.1475-0.04750.1945-16.2646-14.3546-65.3819
214.1037-0.99131.55892.3535-0.24542.59430.01020.2148-0.0608-0.16630.0075-0.23550.05270.1413-0.0120.12620.00440.07440.104-0.01320.1244-5.5731-24.5434-71.1933
221.9501-0.4211.42864.3563-0.92065.35190.07910.3107-0.3302-0.3575-0.10.61460.9929-0.4767-0.06590.3873-0.05280.06840.257-0.08420.3849-11.207-37.8049-74.7618
235.8662-0.5393-2.28970.9055-0.75962.23780.25540.39290.13280.1151-0.07030.26320.0934-0.4028-0.13020.20290.04320.040.1804-0.07860.2004-18.6594-29.1715-66.8003
243.7204-3.9762-3.25457.60620.64317.31140.19680.401-1.0926-0.0347-0.22670.5060.2247-0.71090.05810.2499-0.05060.04410.2085-0.03450.2697-15.3995-39.3592-66.2832
254.7785-0.5404-0.42811.09940.89390.7510.0065-0.3064-0.0260.30180.02150.2520.293-0.3484-0.04940.1807-0.03440.06790.26420.0390.1983-19.3207-29.8418-61.2174
266.54070.28160.7743.0111-0.53783.98850.18770.057-0.50370.00040.1360.4750.2702-0.0913-0.29160.15440.02290.0360.26550.03150.3186-31.5213-23.9666-72.45
272.7515-0.0451-2.03281.7115-0.27461.6386-0.27670.0018-0.449-0.33260.01340.68270.1244-0.37680.2760.2069-0.0305-0.06820.32990.03430.446-36.8169-23.5395-78.0987
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514.3393-4.8983-1.4565.74231.6430.4914-0.1252-0.8395-0.2328-0.06180.20830.0375-0.14380.2105-0.12610.39510.00070.08930.31660.03270.16676.9604-58.63862.8861
526.6163-0.7942-1.12181.7262-0.07831.4698-0.3405-0.0673-0.30310.1530.19930.00140.3937-0.07610.12940.36980.04940.07440.16-0.00320.22314.1561-60.5749-8.7902
533.44960.49491.19783.9591.8067.1283-0.1593-0.20780.10450.14820.2585-0.1983-0.0580.6667-0.10220.16950.00360.02050.1867-0.02980.166328.7828-46.5722-9.2441
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 8 through 19 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 20 through 36 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 37 through 55 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 56 through 79 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 80 through 113 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 114 through 141 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 142 through 153 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 154 through 167 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 168 through 203 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 204 through 233 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 8 through 22 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 23 through 55 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 56 through 79 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 80 through 113 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 114 through 153 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 154 through 167 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'B' and (resid 168 through 203 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'B' and (resid 204 through 234 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 9 through 36 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resid 37 through 55 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'C' and (resid 56 through 113 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'C' and (resid 114 through 141 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'C' and (resid 142 through 153 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'C' and (resid 154 through 167 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'C' and (resid 168 through 193 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'C' and (resid 194 through 213 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'C' and (resid 214 through 233 )
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'D' and (resid 9 through 19 )
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'D' and (resid 20 through 55 )
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'D' and (resid 56 through 79 )
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'D' and (resid 80 through 141 )
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'D' and (resid 142 through 153 )
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'D' and (resid 154 through 167 )
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'D' and (resid 168 through 203 )
35X-RAY DIFFRACTION35chain 'D' and (resid 204 through 233 )
36X-RAY DIFFRACTION36chain 'E' and (resid 9 through 36 )
37X-RAY DIFFRACTION37chain 'E' and (resid 37 through 55 )
38X-RAY DIFFRACTION38chain 'E' and (resid 56 through 79 )
39X-RAY DIFFRACTION39chain 'E' and (resid 80 through 113 )
40X-RAY DIFFRACTION40chain 'E' and (resid 114 through 153 )
41X-RAY DIFFRACTION41chain 'E' and (resid 154 through 167 )
42X-RAY DIFFRACTION42chain 'E' and (resid 168 through 203 )
43X-RAY DIFFRACTION43chain 'E' and (resid 204 through 233 )
44X-RAY DIFFRACTION44chain 'F' and (resid 9 through 19 )
45X-RAY DIFFRACTION45chain 'F' and (resid 20 through 36 )
46X-RAY DIFFRACTION46chain 'F' and (resid 37 through 55 )
47X-RAY DIFFRACTION47chain 'F' and (resid 56 through 70 )
48X-RAY DIFFRACTION48chain 'F' and (resid 71 through 89 )
49X-RAY DIFFRACTION49chain 'F' and (resid 90 through 141 )
50X-RAY DIFFRACTION50chain 'F' and (resid 142 through 153 )
51X-RAY DIFFRACTION51chain 'F' and (resid 154 through 167 )
52X-RAY DIFFRACTION52chain 'F' and (resid 168 through 203 )
53X-RAY DIFFRACTION53chain 'F' and (resid 204 through 233 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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