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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6mq3 | ||||||
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タイトル | Structure of Cysteine-free Human Insulin-Degrading Enzyme in complex with Substrate-selective Macrocycle Inhibitor 63 | ||||||
要素 | Insulin-degrading enzyme | ||||||
キーワード | HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / Insulin / Glucagon / Diabetes / Exo-site / HYDROLASE / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 insulysin / ubiquitin recycling / insulin catabolic process / insulin metabolic process / amyloid-beta clearance by cellular catabolic process / hormone catabolic process / bradykinin catabolic process / ubiquitin-modified protein reader activity / insulin binding / regulation of aerobic respiration ...insulysin / ubiquitin recycling / insulin catabolic process / insulin metabolic process / amyloid-beta clearance by cellular catabolic process / hormone catabolic process / bradykinin catabolic process / ubiquitin-modified protein reader activity / insulin binding / regulation of aerobic respiration / peptide catabolic process / amyloid-beta clearance / peroxisomal matrix / amyloid-beta metabolic process / Insulin receptor recycling / proteolysis involved in protein catabolic process / Peroxisomal protein import / peptide binding / protein catabolic process / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / metalloendopeptidase activity / positive regulation of protein catabolic process / peroxisome / positive regulation of protein binding / insulin receptor signaling pathway / virus receptor activity / basolateral plasma membrane / endopeptidase activity / Ub-specific processing proteases / external side of plasma membrane / cell surface / protein homodimerization activity / mitochondrion / proteolysis / extracellular space / zinc ion binding / extracellular exosome / ATP binding / identical protein binding / nucleus / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.56914708689 Å | ||||||
データ登録者 | Tan, G.A. / Seeliger, M.A. / Welsh, A.J. / Maianti, J.P. / Liu, D.R. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2019 タイトル: Substrate-selective inhibitors that reprogram the activity of insulin-degrading enzyme. 著者: Maianti, J.P. / Tan, G.A. / Vetere, A. / Welsh, A.J. / Wagner, B.K. / Seeliger, M.A. / Liu, D.R. #1: ジャーナル: Nature / 年: 2014 タイトル: Anti-diabetic activity of insulin-degrading enzyme inhibitors mediated by multiple hormones. 著者: Maianti, J.P. / McFedries, A. / Foda, Z.H. / Kleiner, R.E. / Du, X.Q. / Leissring, M.A. / Tang, W.J. / Charron, M.J. / Seeliger, M.A. / Saghatelian, A. / Liu, D.R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6mq3.cif.gz | 498.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6mq3.ent.gz | 323.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6mq3.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6mq3_validation.pdf.gz | 962.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6mq3_full_validation.pdf.gz | 994.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6mq3_validation.xml.gz | 67.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6mq3_validation.cif.gz | 89 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mq/6mq3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mq/6mq3 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Ens-ID: 1
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 113191.031 Da / 分子数: 2 変異: C110L, E111Q, C171S, C178A, C257V, C414L, C573N, C590S, C789S, C812A, C819A, C904S, C966N, C974A 由来タイプ: 組換発現 詳細: Cysteine-free catalytically inactive human insulin degrading enzyme 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IDE / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P14735, insulysin #2: 化合物 | #3: 化合物 | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.04 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 0.1M HEPES pH 6.5, 5% Tacsimate pH 7, 10% 1,4-Dioxane, 14% PEGGMME 5000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-1 / 波長: 0.978 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月7日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.978 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.569→84.704 Å / Num. obs: 43243 / % possible obs: 99.88 % / 冗長度: 4.7 % / Biso Wilson estimate: 75.378971446 Å2 / CC1/2: 0.985 / Rmerge(I) obs: 0.1076 / Rrim(I) all: 0.1521 / Net I/σ(I): 6.85 |
反射 シェル | 解像度: 3.569→3.697 Å / Num. unique obs: 4271 / CC1/2: 0.724 / % possible all: 99.95 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4LTE 解像度: 3.56914708689→65.8135 Å / SU ML: 0.265587585081 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34363886775 / 位相誤差: 19.4678470776
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 71.2088458101 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.56914708689→65.8135 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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