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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6mou | ||||||
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タイトル | Bacteroides intestinalis feruloyl esterase, Bacint_01033 | ||||||
要素 | Isoamylase N-terminal domain protein | ||||||
キーワード | HYDROLASE / carbohydrate esterase / feruloyl esterase | ||||||
機能・相同性 | Esterase-like / Putative esterase / Immunoglobulin E-set / Alpha/Beta hydrolase fold / Immunoglobulin-like fold / Isoamylase N-terminal domain protein 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Bacteroides intestinalis DSM 17393 (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.24 Å | ||||||
データ登録者 | Koropatkin, N.M. / Pereira, G.V. / Cann, I. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021 タイトル: Degradation of complex arabinoxylans by human colonic Bacteroidetes 著者: Pereira, G.V. / DAlessandro-Gabazza, C. / Farris, J. / Wefers, D. / Mackie, R. / Koropatkin, N.M. / Gabazza, E.C. / Cann, I. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6mou.cif.gz | 160.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6mou.ent.gz | 132.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6mou.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mo/6mou ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mo/6mou | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 43593.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Bacteroides intestinalis DSM 17393 (バクテリア) 遺伝子: BACINT_01033 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B3C969 #2: 化合物 | ChemComp-EDO / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 62 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1M Bis-Tris pH 6.5, 20% PEG 1,500. Hampton PegRx screen well B8 Temp details: room |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: cryo / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.979 Å |
検出器 | タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2018年4月7日 |
放射 | モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.24→76.37 Å / Num. obs: 98838 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 5.8 % / Biso Wilson estimate: 30.87 Å2 / CC1/2: 0.987 / Rmerge(I) obs: 0.18 / Net I/σ(I): 7.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.24→2.32 Å / Rmerge(I) obs: 0.78 / CC1/2: 0.573 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.24→76.369 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.27
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 103.13 Å2 / Biso mean: 32.7476 Å2 / Biso min: 17.55 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.24→76.369 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 27 / % reflection obs: 100 %
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