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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6mok | ||||||
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タイトル | Dimeric DARPin A_distance_R7 complex with EpoR | ||||||
要素 |
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キーワード | BIOSYNTHETIC PROTEIN / DARPin / complex / receptor | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 erythropoietin receptor activity / erythropoietin-mediated signaling pathway / Signaling by Erythropoietin / Erythropoietin activates STAT5 / Erythropoietin activates Phospholipase C gamma (PLCG) / Erythropoietin activates Phosphoinositide-3-kinase (PI3K) / hemopoiesis / decidualization / Erythropoietin activates RAS / brain development ...erythropoietin receptor activity / erythropoietin-mediated signaling pathway / Signaling by Erythropoietin / Erythropoietin activates STAT5 / Erythropoietin activates Phospholipase C gamma (PLCG) / Erythropoietin activates Phosphoinositide-3-kinase (PI3K) / hemopoiesis / decidualization / Erythropoietin activates RAS / brain development / cytokine-mediated signaling pathway / heart development / nuclear speck / external side of plasma membrane / positive regulation of cell population proliferation / signal transduction / extracellular region / identical protein binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | synthetic construct (人工物) Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 5.101 Å | ||||||
データ登録者 | Jude, K.M. / Mohan, K. / Garcia, K.C. / Guo, Y. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Science / 年: 2019 タイトル: Topological control of cytokine receptor signaling induces differential effects in hematopoiesis. 著者: Mohan, K. / Ueda, G. / Kim, A.R. / Jude, K.M. / Fallas, J.A. / Guo, Y. / Hafer, M. / Miao, Y. / Saxton, R.A. / Piehler, J. / Sankaran, V.G. / Baker, D. / Garcia, K.C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6mok.cif.gz | 109.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6mok.ent.gz | 82.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6mok.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6mok_validation.pdf.gz | 408.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6mok_full_validation.pdf.gz | 421.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6mok_validation.xml.gz | 13.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6mok_validation.cif.gz | 18.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mo/6mok ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mo/6mok | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 6moeC 6mofC 6mogC 6mohC 6moiC 6mojC 6molC 1ernS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | |
実験データセット #1 | データ参照: 10.15785/SBGRID/623 / データの種類: diffraction image data |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 30736.855 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) |
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#2: タンパク質 | 分子量: 25129.424 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EPOR / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P19235 |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.3 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.2 M NaCl, 0.1 M Tris pH 8.5, 25% PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1.00001 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2018年4月19日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.00001 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 5.101→46.79 Å / Num. obs: 4205 / % possible obs: 98.38 % / 冗長度: 9.8 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.116 / Rpim(I) all: 0.03905 / Rrim(I) all: 0.123 / Net I/σ(I): 9.92 |
反射 シェル | 解像度: 5.101→5.283 Å / 冗長度: 10.4 % / Rmerge(I) obs: 2.75 / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / Num. unique obs: 395 / CC1/2: 0.585 / Rpim(I) all: 0.884 / % possible all: 98.74 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: predicted model, 1ERN 解像度: 5.101→46.79 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.899 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.893 / SU B: 146.123 / SU ML: 1.434 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 1.576
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.9 Å / 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 434.475 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 5.101→46.79 Å
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拘束条件 |
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