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- PDB-6mok: Dimeric DARPin A_distance_R7 complex with EpoR -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6mok
タイトルDimeric DARPin A_distance_R7 complex with EpoR
要素
  • Dimeric DARPin ANR7 (A_distance_r7)
  • Erythropoietin receptor
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / DARPin / complex / receptor
機能・相同性
機能・相同性情報


erythropoietin receptor activity / Signaling by Erythropoietin / Erythropoietin activates STAT5 / Erythropoietin activates Phospholipase C gamma (PLCG) / erythropoietin-mediated signaling pathway / Erythropoietin activates Phosphoinositide-3-kinase (PI3K) / decidualization / Erythropoietin activates RAS / cytokine-mediated signaling pathway / brain development ...erythropoietin receptor activity / Signaling by Erythropoietin / Erythropoietin activates STAT5 / Erythropoietin activates Phospholipase C gamma (PLCG) / erythropoietin-mediated signaling pathway / Erythropoietin activates Phosphoinositide-3-kinase (PI3K) / decidualization / Erythropoietin activates RAS / cytokine-mediated signaling pathway / brain development / heart development / nuclear speck / external side of plasma membrane / positive regulation of cell population proliferation / signal transduction / extracellular region / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Erythropoietin receptor / Long hematopoietin receptor, single chain, conserved site / Long hematopoietin receptor, single chain family signature. / Growth hormone/erythropoietin receptor, ligand binding / Erythropoietin receptor, ligand binding / Fibronectin type III domain / Fibronectin type 3 domain / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Erythropoietin receptor
類似検索 - 構成要素
生物種synthetic construct (人工物)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 5.101 Å
データ登録者Jude, K.M. / Mohan, K. / Garcia, K.C. / Guo, Y.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01-AI51321 米国
引用ジャーナル: Science / 年: 2019
タイトル: Topological control of cytokine receptor signaling induces differential effects in hematopoiesis.
著者: Mohan, K. / Ueda, G. / Kim, A.R. / Jude, K.M. / Fallas, J.A. / Guo, Y. / Hafer, M. / Miao, Y. / Saxton, R.A. / Piehler, J. / Sankaran, V.G. / Baker, D. / Garcia, K.C.
履歴
登録2018年10月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年6月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年6月12日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22019年7月17日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: struct / Item: _struct.title
改定 1.32019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dimeric DARPin ANR7 (A_distance_r7)
B: Erythropoietin receptor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,8662
ポリマ－55,8662
非ポリマー00
水00
1
A: Dimeric DARPin ANR7 (A_distance_r7)
B: Erythropoietin receptor

A: Dimeric DARPin ANR7 (A_distance_r7)
B: Erythropoietin receptor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,7334
ポリマ－111,7334
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_545-x,-y-1,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)117.090, 117.090, 233.587
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number180
Space group name H-MP6222

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要素

#1: タンパク質 Dimeric DARPin ANR7 (A_distance_r7)


分子量: 30736.855 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: タンパク質 Erythropoietin receptor / EPO-R


分子量: 25129.424 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EPOR / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P19235
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.3 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.2 M NaCl, 0.1 M Tris pH 8.5, 25% PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1.00001 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2018年4月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00001 Å / 相対比: 1
反射解像度: 5.101→46.79 Å / Num. obs: 4205 / % possible obs: 98.38 % / 冗長度: 9.8 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.116 / Rpim(I) all: 0.03905 / Rrim(I) all: 0.123 / Net I/σ(I): 9.92
反射 シェル解像度: 5.101→5.283 Å / 冗長度: 10.4 % / Rmerge(I) obs: 2.75 / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / Num. unique obs: 395 / CC1/2: 0.585 / Rpim(I) all: 0.884 / % possible all: 98.74

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0222精密化
XDSJan 26, 2018データ削減
XDSJan 26, 2018データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: predicted model, 1ERN

1ern


解像度: 5.101→46.79 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.899 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.893 / SU B: 146.123 / SU ML: 1.434 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 1.576
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2989 421 10 %RANDOM
Rwork0.225 ---
obs0.23254 3786 98.62 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.9 Å / 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1 Å
原子変位パラメータBiso mean: 434.475 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.95 Å21.97 Å20 Å2
2--3.95 Å2-0 Å2
3----12.81 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 5.101→46.79 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3728 0 0 0 3728
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0123815
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4431.6215201
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3465498
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.8822.446184
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.80915592
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.851523
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0950.2500
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.022873
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it38.4741.751998
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it60.0862.5692494
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it55.48644.6441815
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined15897
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 5.099→5.23 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.502 29 -
Rwork0.475 261 -
obs--98.98 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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