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- PDB-6moj: Dimeric DARPin A_angle_R5 complex with EpoR -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6moj
タイトルDimeric DARPin A_angle_R5 complex with EpoR
要素
  • Dimeric DARPin ACR5 (A_angle_R5)
  • Erythropoietin receptor
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / DARPin / complex / receptor
機能・相同性
機能・相同性情報


erythropoietin receptor activity / Signaling by Erythropoietin / Erythropoietin activates STAT5 / Erythropoietin activates Phospholipase C gamma (PLCG) / erythropoietin-mediated signaling pathway / Erythropoietin activates Phosphoinositide-3-kinase (PI3K) / decidualization / Erythropoietin activates RAS / cytokine-mediated signaling pathway / brain development ...erythropoietin receptor activity / Signaling by Erythropoietin / Erythropoietin activates STAT5 / Erythropoietin activates Phospholipase C gamma (PLCG) / erythropoietin-mediated signaling pathway / Erythropoietin activates Phosphoinositide-3-kinase (PI3K) / decidualization / Erythropoietin activates RAS / cytokine-mediated signaling pathway / brain development / heart development / nuclear speck / external side of plasma membrane / positive regulation of cell population proliferation / signal transduction / extracellular region / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Erythropoietin receptor / Long hematopoietin receptor, single chain, conserved site / Long hematopoietin receptor, single chain family signature. / Growth hormone/erythropoietin receptor, ligand binding / Erythropoietin receptor, ligand binding / Fibronectin type III domain / Fibronectin type 3 domain / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily ...Erythropoietin receptor / Long hematopoietin receptor, single chain, conserved site / Long hematopoietin receptor, single chain family signature. / Growth hormone/erythropoietin receptor, ligand binding / Erythropoietin receptor, ligand binding / Fibronectin type III domain / Fibronectin type 3 domain / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
D(-)-TARTARIC ACID / Erythropoietin receptor
類似検索 - 構成要素
生物種synthetic construct (人工物)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.431 Å
データ登録者Jude, K.M. / Mohan, K. / Garcia, K.C.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01-AI51321 米国
引用ジャーナル: Science / 年: 2019
タイトル: Topological control of cytokine receptor signaling induces differential effects in hematopoiesis.
著者: Mohan, K. / Ueda, G. / Kim, A.R. / Jude, K.M. / Fallas, J.A. / Guo, Y. / Hafer, M. / Miao, Y. / Saxton, R.A. / Piehler, J. / Sankaran, V.G. / Baker, D. / Garcia, K.C.
履歴
登録2018年10月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年6月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年6月12日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dimeric DARPin ACR5 (A_angle_R5)
B: Erythropoietin receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,1188
ポリマ－49,3912
非ポリマー7276
水39622
1
A: Dimeric DARPin ACR5 (A_angle_R5)
B: Erythropoietin receptor
ヘテロ分子

A: Dimeric DARPin ACR5 (A_angle_R5)
B: Erythropoietin receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,23516
ポリマ－98,7824
非ポリマー1,45312
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation15_555y,x,-z1
Buried area8880 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area37510 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)130.418, 130.418, 293.453
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number98
Space group name H-MI4122

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要素

#1: タンパク質 Dimeric DARPin ACR5 (A_angle_R5)


分子量: 24261.668 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: タンパク質 Erythropoietin receptor / EPO-R


分子量: 25129.424 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EPOR / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P19235
#3: 化合物 ChemComp-TAR / D(-)-TARTARIC ACID / D-酒石酸


分子量: 150.087 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O6
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.2 M sodium potassium tartrate, 0.1 M bis-tris propane pH 8.5, 20% PEG 3350, 30% glycerol as cryoprotectant

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.97741 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97741 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.431→48.739 Å / Num. obs: 25096 / % possible obs: 52.4 % / 冗長度: 26 % / Biso Wilson estimate: 44.92 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.273 / Rpim(I) all: 0.054 / Net I/σ(I): 11.04
反射 シェル解像度: 2.431→2.73 Å / 冗長度: 25.7 % / Rmerge(I) obs: 2.759 / Mean I/σ(I) obs: 0.46 / Num. unique obs: 1280 / CC1/2: 0.517 / Rpim(I) all: 0.551 / % possible all: 9.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.14_3211: ???)精密化
XDSJan 26, 2018データ削減
STARANISOデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: predicted model, 1ERN

1ern


解像度: 2.431→46.11 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 27.67
詳細: Refined against elliptically truncated data 3.387 (a*) x 3.387 (b*) x 2.448 (c*)
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2504 1278 5.1 %random
Rwork0.2103 ---
obs0.2123 25037 52.25 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.431→46.11 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3296 0 48 22 3366
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0033408
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6034649
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.0282007
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.038542
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004611
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.431-2.52830.664670.4236131X-RAY DIFFRACTION3
2.5283-2.64330.5077290.3759544X-RAY DIFFRACTION11
2.6433-2.78270.3583410.3575871X-RAY DIFFRACTION17
2.7827-2.9570.3323830.33911230X-RAY DIFFRACTION25
2.957-3.18530.3251100.30641998X-RAY DIFFRACTION40
3.1853-3.50570.31861880.26973541X-RAY DIFFRACTION70
3.5057-4.01270.30762680.25285006X-RAY DIFFRACTION99
4.0127-5.05460.17142710.16115111X-RAY DIFFRACTION100
5.0546-46.1180.22072810.17055327X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.60373.9715-1.3874.613-2.69871.9817-0.203-0.30540.5394-0.19170.5139-0.6598-1.3415-0.8581-0.34161.22320.1223-0.00810.5185-0.27610.6567-63.2639-16.222427.2785
23.17040.9599-0.57628.11533.19541.55860.21270.05841.1345-1.2588-0.14990.116-1.1028-0.38220.24091.46330.21980.03910.3901-0.21960.5028-60.367-13.530224.9409
32.3162-1.2496-0.25125.05822.80811.65670.00090.24260.4396-1.20680.167-0.4017-1.07950.0801-0.12711.418-0.20310.08890.41-0.19680.5091-55.7001-16.08816.9703
42.8589-0.60240.97513.04791.41153.95920.22550.12860.7376-0.78360.0323-0.3102-1.21880.8625-0.30711.197-0.38280.14620.6362-0.25590.3999-43.6673-21.672216.8927
52.6463-1.7112-0.61413.3119-0.5413.21430.2433-0.17520.4006-0.6735-0.099-0.472-0.46611.54-0.2650.8125-0.30650.23781.2334-0.37070.417-33.1865-30.598712.2717
61.2092-0.417-1.35115.2342-5.22317.9587-0.1756-0.81330.1122-0.29260.1095-0.54370.09172.73260.00530.8165-0.21730.16291.8411-0.23590.5408-25.7456-34.230515.1686
79.0773-2.9026-3.99216.3861-1.58763.2605-0.1159-0.0349-0.658-0.57610.06420.04191.37642.11570.24851.16850.08860.08411.4093-0.35710.5056-29.1506-41.25296.9723
80.55130.73380.80057.22773.13921.9091-0.27270.4222-0.34-0.0783-0.2405-0.97431.71641.00730.46141.19270.58870.05352.0559-0.09860.6872-20.5264-44.301116.3199
91.6517-0.94852.12176.5569-0.36129.7921-0.2827-1.0294-0.54471.26130.5789-0.0071.39092.4057-0.42761.5590.5339-0.01071.6636-0.13481.0077-25.4007-51.56128.174
103.3633-0.1694-0.67756.22353.71749.0883-0.0229-0.0737-0.04470.05090.13670.0081-0.06490.1592-0.08850.452-0.0196-0.0020.3749-0.13010.2061-57.2825-41.09223.4904
110.68311.41641.63032.7493.13585.4149-0.2154-0.22390.21550.14790.02150.2323-0.54350.04630.10260.4811-0.00280.05610.4256-0.16010.2183-58.6327-39.121621.5486
125.1004-0.03740.23983.93160.31163.21830.10530.21150.7849-0.6194-0.00890.6389-0.3668-0.47670.14150.5520.0339-0.06230.2811-0.00910.1725-68.6151-47.5723-4.4054
135.0195-0.04780.11725.81711.53284.64660.06970.22340.2712-0.31570.1025-0.0839-0.4844-0.1825-0.14570.37280.0117-0.02740.2873-0.03980.1212-65.9344-47.1259-5.1638
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 3 through 15 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 16 through 40 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 41 through 59 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 60 through 125 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 126 through 158 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 159 through 172 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 173 through 192 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 193 through 205 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 206 through 224 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 6 through 69 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 70 through 127 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 128 through 174 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 175 through 223 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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