PDB-6moj: Dimeric DARPin A_angle_R5 complex with EpoR

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6moj

タイトル

Dimeric DARPin A_angle_R5 complex with EpoR

要素

Dimeric DARPin ACR5 (A_angle_R5)
Erythropoietin receptor

キーワード

BIOSYNTHETIC PROTEIN / DARPin / complex / receptor

機能・相同性

機能・相同性情報

erythropoietin receptor activity / Signaling by Erythropoietin / Erythropoietin activates STAT5 / Erythropoietin activates Phospholipase C gamma (PLCG) / erythropoietin-mediated signaling pathway / Erythropoietin activates Phosphoinositide-3-kinase (PI3K) / hemopoiesis / decidualization / Erythropoietin activates RAS / brain development ...
類似検索 - 分子機能

生物種

synthetic construct (人工物)

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.431 Å

データ登録者

Jude, K.M. / Mohan, K. / Garcia, K.C.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Science / 年: 2019
タイトル: Topological control of cytokine receptor signaling induces differential effects in hematopoiesis.
著者: Mohan, K. / Ueda, G. / Kim, A.R. / Jude, K.M. / Fallas, J.A. / Guo, Y. / Hafer, M. / Miao, Y. / Saxton, R.A. / Piehler, J. / Sankaran, V.G. / Baker, D. / Garcia, K.C.

履歴

登録	2018年10月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年6月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年6月12日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2019年12月18日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6moj.cif.gz	186.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6moj.ent.gz	148.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6moj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6moj_validation.pdf.gz	466.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6moj_full_validation.pdf.gz	472.8 KB	表示
XML形式データ	6moj_validation.xml.gz	18.5 KB	表示
CIF形式データ	6moj_validation.cif.gz	24.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mo/6moj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mo/6moj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6moeC 6mofC 6mogC 6mohC 6moiC 6mokC 6molC 1ernS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5lhd-3 3dlh-2 5l6m-2 3d4z-d 4po2-3 5zi7-2 4lly-d 3f73-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
実験データセット #1	データ参照: 10.15785/SBGRID/620 / データの種類: diffraction image data

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#52 - 2004年4月成長ホルモン (Growth Hormone) 類似性 (5) #148 - 2012年4月 Rasタンパク質 (Ras Protein) 類似性 (2) #198 - 2016年6月 β-ガラクトシダーゼ (Beta-galactosidase) 類似性 (1) #185 - 2015年5月タイチン (Titin) 類似性 (1) #195 - 2016年3月 RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases) 類似性 (1) #141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#52 - 2004年4月
成長ホルモン (Growth Hormone)
類似性 (5)
#148 - 2012年4月
Rasタンパク質 (Ras Protein)
類似性 (2)
#198 - 2016年6月
β-ガラクトシダーゼ (Beta-galactosidase)
類似性 (1)
#185 - 2015年5月
タイチン (Titin)
類似性 (1)
#195 - 2016年3月
RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases)
類似性 (1)
#141 - 2011年9月
O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Dimeric DARPin ACR5 (A_angle_R5)

B: Erythropoietin receptor

ヘテロ分子

50.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Dimeric DARPin ACR5 (A_angle_R5)

B: Erythropoietin receptor

ヘテロ分子

A: Dimeric DARPin ACR5 (A_angle_R5)

B: Erythropoietin receptor

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, native gel electrophoresis
100 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	130.418, 130.418, 293.453
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	98
Space group name H-M	I4₁22

#1: タンパク質	Dimeric DARPin ACR5 (A_angle_R5) 分子量: 24261.668 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: タンパク質	Erythropoietin receptor / EPO-R 分子量: 25129.424 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EPOR / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P19235
#3: 化合物	ChemComp-TAR / D(-)-TARTARIC ACID / D-酒石酸分子量: 150.087 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₆O₆
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.2 M sodium potassium tartrate, 0.1 M bis-tris propane pH 8.5, 20% PEG 3350, 30% glycerol as cryoprotectant

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.97741 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97741 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.431→48.739 Å / Num. obs: 25096 / % possible obs: 52.4 % / 冗長度: 26 % / B_iso Wilson estimate: 44.92 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.273 / R_pim(I) all: 0.054 / Net I/σ(I): 11.04
反射シェル	解像度: 2.431→2.73 Å / 冗長度: 25.7 % / R_merge(I) obs: 2.759 / Mean I/σ(I) obs: 0.46 / Num. unique obs: 1280 / CC_1/2: 0.517 / R_pim(I) all: 0.551 / % possible all: 9.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.14_3211: ???)	精密化
XDS	Jan 26, 2018	データ削減
STARANISO		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: predicted model, 1ERN

1ern

解像度: 2.431→46.11 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 27.67
詳細: Refined against elliptically truncated data 3.387 (a*) x 3.387 (b*) x 2.448 (c*)

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2504	1278	5.1 %	random
R_work	0.2103	-	-	-
obs	0.2123	25037	52.25 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.431→46.11 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3296	0	48	22	3366

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	3408
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.603	4649
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.028	2007
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.038	542
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	611

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.431-2.5283	0.6646	7	0.4236	131	X-RAY DIFFRACTION	3
2.5283-2.6433	0.5077	29	0.3759	544	X-RAY DIFFRACTION	11
2.6433-2.7827	0.3583	41	0.3575	871	X-RAY DIFFRACTION	17
2.7827-2.957	0.3323	83	0.3391	1230	X-RAY DIFFRACTION	25
2.957-3.1853	0.325	110	0.3064	1998	X-RAY DIFFRACTION	40
3.1853-3.5057	0.3186	188	0.2697	3541	X-RAY DIFFRACTION	70
3.5057-4.0127	0.3076	268	0.2528	5006	X-RAY DIFFRACTION	99
4.0127-5.0546	0.1714	271	0.1611	5111	X-RAY DIFFRACTION	100
5.0546-46.118	0.2207	281	0.1705	5327	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.6037	3.9715	-1.387	4.613	-2.6987	1.9817	-0.203	-0.3054	0.5394	-0.1917	0.5139	-0.6598	-1.3415	-0.8581	-0.3416	1.2232	0.1223	-0.0081	0.5185	-0.2761	0.6567	-63.2639	-16.2224	27.2785
2	3.1704	0.9599	-0.5762	8.1153	3.1954	1.5586	0.2127	0.0584	1.1345	-1.2588	-0.1499	0.116	-1.1028	-0.3822	0.2409	1.4633	0.2198	0.0391	0.3901	-0.2196	0.5028	-60.367	-13.5302	24.9409
3	2.3162	-1.2496	-0.2512	5.0582	2.8081	1.6567	0.0009	0.2426	0.4396	-1.2068	0.167	-0.4017	-1.0795	0.0801	-0.1271	1.418	-0.2031	0.0889	0.41	-0.1968	0.5091	-55.7001	-16.088	16.9703
4	2.8589	-0.6024	0.9751	3.0479	1.4115	3.9592	0.2255	0.1286	0.7376	-0.7836	0.0323	-0.3102	-1.2188	0.8625	-0.3071	1.197	-0.3828	0.1462	0.6362	-0.2559	0.3999	-43.6673	-21.6722	16.8927
5	2.6463	-1.7112	-0.6141	3.3119	-0.541	3.2143	0.2433	-0.1752	0.4006	-0.6735	-0.099	-0.472	-0.4661	1.54	-0.265	0.8125	-0.3065	0.2378	1.2334	-0.3707	0.417	-33.1865	-30.5987	12.2717
6	1.2092	-0.417	-1.3511	5.2342	-5.2231	7.9587	-0.1756	-0.8133	0.1122	-0.2926	0.1095	-0.5437	0.0917	2.7326	0.0053	0.8165	-0.2173	0.1629	1.8411	-0.2359	0.5408	-25.7456	-34.2305	15.1686
7	9.0773	-2.9026	-3.9921	6.3861	-1.5876	3.2605	-0.1159	-0.0349	-0.658	-0.5761	0.0642	0.0419	1.3764	2.1157	0.2485	1.1685	0.0886	0.0841	1.4093	-0.3571	0.5056	-29.1506	-41.2529	6.9723
8	0.5513	0.7338	0.8005	7.2277	3.1392	1.9091	-0.2727	0.4222	-0.34	-0.0783	-0.2405	-0.9743	1.7164	1.0073	0.4614	1.1927	0.5887	0.0535	2.0559	-0.0986	0.6872	-20.5264	-44.3011	16.3199
9	1.6517	-0.9485	2.1217	6.5569	-0.3612	9.7921	-0.2827	-1.0294	-0.5447	1.2613	0.5789	-0.007	1.3909	2.4057	-0.4276	1.559	0.5339	-0.0107	1.6636	-0.1348	1.0077	-25.4007	-51.5612	8.174
10	3.3633	-0.1694	-0.6775	6.2235	3.7174	9.0883	-0.0229	-0.0737	-0.0447	0.0509	0.1367	0.0081	-0.0649	0.1592	-0.0885	0.452	-0.0196	-0.002	0.3749	-0.1301	0.2061	-57.2825	-41.092	23.4904
11	0.6831	1.4164	1.6303	2.749	3.1358	5.4149	-0.2154	-0.2239	0.2155	0.1479	0.0215	0.2323	-0.5435	0.0463	0.1026	0.4811	-0.0028	0.0561	0.4256	-0.1601	0.2183	-58.6327	-39.1216	21.5486
12	5.1004	-0.0374	0.2398	3.9316	0.3116	3.2183	0.1053	0.2115	0.7849	-0.6194	-0.0089	0.6389	-0.3668	-0.4767	0.1415	0.552	0.0339	-0.0623	0.2811	-0.0091	0.1725	-68.6151	-47.5723	-4.4054
13	5.0195	-0.0478	0.1172	5.8171	1.5328	4.6466	0.0697	0.2234	0.2712	-0.3157	0.1025	-0.0839	-0.4844	-0.1825	-0.1457	0.3728	0.0117	-0.0274	0.2873	-0.0398	0.1212	-65.9344	-47.1259	-5.1638

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 3 through 15 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 16 through 40 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 41 through 59 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 60 through 125 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 126 through 158 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 159 through 172 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 173 through 192 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 193 through 205 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 206 through 224 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 6 through 69 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 70 through 127 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 128 through 174 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 175 through 223 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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