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- PDB-6mn0: Crystal structure of meta-AAC0038, an environmental aminoglycosid... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6mn0
タイトルCrystal structure of meta-AAC0038, an environmental aminoglycoside resistance enzyme, H168A mutant in complex with acetyl-CoA
要素Aminoglycoside N(3)-acetyltransferase
キーワードTRANSFERASE / ANTIBIOTIC_NAT FAMILY / ACETYLTRANSFERASE / AMINOGLYCOSIDE / ANTIBIOTIC RESISTANCE / METAGENOME / SOIL / COENZYME A / gentamicin / CSGID / CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS OF INFECTIOUS DISEASES / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / NIAID
機能・相同性aminoglycoside 3-N-acetyltransferase / aminoglycoside 3-N-acetyltransferase activity / Aminoglycoside N(3)-acetyltransferase / Aminoglycoside 3-N-acetyltransferase / Aminoglycoside 3-N-acetyltransferase-like / response to antibiotic / ACETYL COENZYME *A / Chem-PE3 / Aminoglycoside N(3)-acetyltransferase
機能・相同性情報
生物種uncultured bacterium (環境試料)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Stogios, P.J. / Skarina, T. / Zu, X. / Yim, V. / Savchenko, A. / Joachimiak, A. / Satchell, K.J. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)HHSN272201200026C 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)HHSN272201700060C 米国
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2022
タイトル: Structural and molecular rationale for the diversification of resistance mediated by the Antibiotic_NAT family.
著者: Stogios, P.J. / Bordeleau, E. / Xu, Z. / Skarina, T. / Evdokimova, E. / Chou, S. / Diorio-Toth, L. / D'Souza, A.W. / Patel, S. / Dantas, G. / Wright, G.D. / Savchenko, A.
履歴
登録2018年10月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年10月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22022年4月6日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aminoglycoside N(3)-acetyltransferase
B: Aminoglycoside N(3)-acetyltransferase
C: Aminoglycoside N(3)-acetyltransferase
D: Aminoglycoside N(3)-acetyltransferase
E: Aminoglycoside N(3)-acetyltransferase
F: Aminoglycoside N(3)-acetyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)184,44649
ポリマ－171,9266
非ポリマー12,52043
水29,6351645
1
A: Aminoglycoside N(3)-acetyltransferase
B: Aminoglycoside N(3)-acetyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,70916
ポリマ－57,3092
非ポリマー5,40114
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Aminoglycoside N(3)-acetyltransferase
F: Aminoglycoside N(3)-acetyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,03716
ポリマ－57,3092
非ポリマー3,72814
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
D: Aminoglycoside N(3)-acetyltransferase
E: Aminoglycoside N(3)-acetyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,69917
ポリマ－57,3092
非ポリマー3,39115
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)108.078, 159.620, 143.321
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.56, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-597-

HOH

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要素

-
タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質
Aminoglycoside N(3)-acetyltransferase


分子量: 28654.350 Da / 分子数: 6 / 変異: H168A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) uncultured bacterium (環境試料) / プラスミド: pMCSG53 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-Magic
参照: UniProt: A0A059X981, aminoglycoside 3-N-acetyltransferase

-
非ポリマー , 6種, 1688分子

#2: 化合物
ChemComp-ACO / ACETYL COENZYME *A / アデノシン3′-りん酸5′-[二りん酸P2-[(R)-3-ヒドロキシ-2,2-ジメチル-3-[[(以下略)


分子量: 809.571 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H38N7O17P3S
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物...
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 化合物
ChemComp-PE3 / 3,6,9,12,15,18,21,24,27,30,33,36,39-TRIDECAOXAHENTETRACONTANE-1,41-DIOL / POLYETHYLENE GLYCOL / 3,6,9,12,15,18,21,24,27,30,33,36,39-トリデカオキサヘンテトラコンタン-1,41-ジ(以下略)


分子量: 634.751 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H58O15
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1645 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.72 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 2 M ammonium sulfate, 0.1 M bis-Tris pH 5.5, 10 mM Neomycin

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2017年9月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→25 Å / Num. obs: 94732 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.094 / Rpim(I) all: 0.062 / Net I/σ(I): 10.75
反射 シェル解像度: 2.4→2.44 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.372 / Mean I/σ(I) obs: 2.09 / Num. unique obs: 4670 / Rpim(I) all: 0.249 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(dev_3092: ???)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHENIX位相決定
PHENIXモデル構築
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5HT0

5ht0


解像度: 2.4→24.931 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 20.59
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2078 1996 2.11 %RANDOM
Rwork0.1781 ---
obs0.1787 94715 99.5 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→24.931 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12012 0 542 1645 14199
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00512842
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.7717463
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.1344758
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.181860
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0042243
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3928-2.45260.2891340.23126275X-RAY DIFFRACTION94
2.4526-2.51890.24511390.22516624X-RAY DIFFRACTION100
2.5189-2.59290.28461430.21396643X-RAY DIFFRACTION100
2.5929-2.67650.25671440.21656639X-RAY DIFFRACTION100
2.6765-2.77210.23921450.21196617X-RAY DIFFRACTION100
2.7721-2.88290.23051410.2026624X-RAY DIFFRACTION100
2.8829-3.01390.22211430.20666708X-RAY DIFFRACTION100
3.0139-3.17250.24521390.20026604X-RAY DIFFRACTION100
3.1725-3.37080.19741440.17646639X-RAY DIFFRACTION100
3.3708-3.63040.18341440.1596641X-RAY DIFFRACTION100
3.6304-3.99440.18291440.14686673X-RAY DIFFRACTION100
3.9944-4.56930.15181440.13776671X-RAY DIFFRACTION100
4.5693-5.74520.18191460.15546667X-RAY DIFFRACTION100
5.7452-24.93190.2141460.18276694X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.6821.61660.97925.2112-0.7983.5747-0.0059-0.0661-0.0890.09930.06390.23770.0547-0.2553-0.06750.15190.02040.01520.1276-0.02510.1434-117.214426.3474299.4358
26.0071-2.43881.94074.8007-0.23762.6525-0.5369-0.60120.16590.8470.4513-0.5694-0.3610.26630.13770.2346-0.02830.01460.2845-0.00330.2125-94.488221.7612300.9867
30.99-0.1581-0.25411.240.40830.30570.0122-0.11810.07260.08220.0225-0.1845-0.04520.0924-0.04040.2327-0.0162-0.02340.2410.00520.2199-96.049431.6797300.5593
45.5526-1.53260.48252.3506-0.15051.8824-0.0496-0.2265-0.06130.04440.085-0.0743-0.02450.0209-0.03910.1931-0.00220.00720.1310.03210.1219-99.73590.0495301.0092
51.1237-0.4410.31571.4825-0.60880.562-0.0114-0.0719-0.13780.00960.05380.15550.0853-0.032-0.0480.23680.00350.0050.1989-0.02320.2074-113.8487-6.7422299.4465
63.8706-1.00720.17734.3484-1.23974.69230.0680.20380.0096-0.11040.0220.2396-0.2929-0.2512-0.07990.1334-0.03030.00770.18020.02020.1702-120.208843.5943258.3239
75.576-6.8525-1.97919.55311.19352.4521-0.0362-0.0544-1.1344-0.178-0.19940.09810.75390.27650.26170.48790.03570.03360.34480.0560.3799-90.981626.5588260.0179
81.22450.0399-0.25810.9626-0.52481.1139-0.002-0.0052-0.07440.0203-0.0439-0.06890.0870.03350.04210.2322-0.0273-0.00130.209-0.01660.1993-109.543730.3263269.4783
93.8624-1.43070.33515.09370.55025.0699-0.03230.0602-0.0214-0.07740.07-0.2420.12230.3828-0.03250.1178-0.0278-0.01630.1541-0.01750.1619-83.8382-19.6681261.9289
105.651-5.05485.04097.84-1.85667.3615-0.29460.12581.5107-0.5391-0.4398-0.3079-1.7322-0.19740.75040.68330.0344-0.05770.4113-0.02490.488-110.3081-1.0644258.6419
111.2830.0756-0.19221.49260.89961.57740.0203-0.00230.1062-0.0636-0.01250.0142-0.1935-0.0289-0.00710.2060.00190.01150.17680.02350.1553-96.1276-5.8959270.5076
124.74581.2596-0.5793.42961.55573.6860.0984-0.08290.33440.0533-0.20110.273-0.205-0.49190.09410.20220.0384-0.04020.3032-0.00940.1632-115.2978-16.2716244.941
138.9216-4.86780.16063.5310.65850.68510.18310.9880.3632-0.0977-0.2499-0.3174-0.04830.24940.0940.3348-0.0025-0.00160.38830.02560.2997-83.9655-28.9626244.2609
141.1014-0.1890.55961.25410.1082.351-0.00160.1607-0.0656-0.1782-0.00310.06380.1373-0.0472-0.00110.2322-0.0520.0140.2333-0.0060.1737-103.2601-29.7016235.8155
154.92610.89451.15633.6853-1.84894.3578-0.0174-0.1859-0.27270.0155-0.133-0.31390.25110.4550.14430.19950.02780.07730.2880.02360.1785-86.031340.9636247.0315
167.7133-3.89173.31265.7522-3.20455.11610.1320.7703-0.3935-0.2370.0350.68440.1686-0.2607-0.16280.3031-0.0219-0.00090.26140.00060.3213-117.145853.1115241.0216
171.1836-0.1705-0.46021.1821-0.37091.97190.03190.13690.0792-0.1747-0.0091-0.0915-0.11760.0541-0.02680.2348-0.05530.00830.22090.00350.1778-96.705554.445236.0523
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 4 through 53 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 54 through 74 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 75 through 263 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 4 through 74 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 75 through 263 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'C' and (resid 2 through 62 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'C' and (resid 63 through 80 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 81 through 262 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'D' and (resid 3 through 62 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'D' and (resid 63 through 77 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'D' and (resid 78 through 262 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'E' and (resid 4 through 62 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'E' and (resid 63 through 80 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'E' and (resid 81 through 263 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'F' and (resid 3 through 62 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'F' and (resid 63 through 80 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'F' and (resid 81 through 263 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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