PDB-6mm2: Carbon regulatory PII-like protein SbtB from Cyanobium sp. 7001 b...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6mm2

タイトル

Carbon regulatory PII-like protein SbtB from Cyanobium sp. 7001 bound to ATP and calcium

要素

Carbon regulatory PII-like protein SbtB

キーワード

SIGNALING PROTEIN / PII-like protein / SbtB / regulatory protein

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of nitrogen utilization / enzyme regulator activity / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Cyanobium sp. PCC 7001 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.04 Å

データ登録者

Kaczmarski, J.A. / Jackson, C.

引用

ジャーナル: Biorxiv / 年: 2019
タイトル: Structure and function of SbtB from Cyanobium sp. 7001
著者: Jackson, C. / Kaczmarski, J.A. / Price, D.

履歴

登録	2018年9月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年9月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _citation.journal_id_ISSN / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6mm2.cif.gz	83.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6mm2.ent.gz	59.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6mm2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6mm2_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6mm2_full_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示
XML形式データ	6mm2_validation.xml.gz	8.1 KB	表示
CIF形式データ	6mm2_validation.cif.gz	10.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mm/6mm2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mm/6mm2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6mmcC 6mmoC 6mmqC 6n4aC 6ntbC 5o3pS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3c0s-d 3ur8-1 3b9i-d 2cwj-2 2q8o-d 2ojl-1 4p94-d 1hzf-d 4imm-1 1snz-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Carbon regulatory PII-like protein SbtB

ヘテロ分子

12.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Carbon regulatory PII-like protein SbtB

ヘテロ分子

A: Carbon regulatory PII-like protein SbtB

ヘテロ分子

A: Carbon regulatory PII-like protein SbtB

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, trimeric in solution
36.2 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	52.058, 52.058, 95.214
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	146
Space group name H-M	H3
Space group name Hall	R3
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y,x-y,z #3: -x+y,-x,z #4: x+1/3,y+2/3,z+2/3 #5: -y+1/3,x-y+2/3,z+2/3 #6: -x+y+1/3,-x+2/3,z+2/3 #7: x+2/3,y+1/3,z+1/3 #8: -y+2/3,x-y+1/3,z+1/3 #9: -x+y+2/3,-x+1/3,z+1/3

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-365- HOH
2	1	A-384- HOH
3	1	A-390- HOH

#1: タンパク質	Carbon regulatory PII-like protein SbtB 分子量: 11484.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Cyanobium sp. PCC 7001 (バクテリア) 遺伝子: CPCC7001_1671 / プラスミド: pETMCSIII / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: B5II98
#2: 化合物	ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP 分子量: 507.181 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₃P₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 111 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.29 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.29 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 30 % 2-methyl-2,4-pentanediol 0.02 M calcium chloride 0.1 M sodium acetate-acetic acid pH 4.6

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.04→16.045 Å / Num. obs: 44144 / % possible obs: 95.3 % / 冗長度: 9 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.039 / R_pim(I) all: 0.02 / R_rim(I) all: 0.043 / Χ²: 0.87 / Net I/av σ(I): 21.8 / Net I/σ(I): 0.999
反射シェル	解像度: 1.04→1.06 Å / 冗長度: 2.2 % / R_merge(I) obs: 1.337 / Num. unique obs: 2573 / CC_1/2: 0.405 / % possible all: 50.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	1.12_2829	精密化
PHENIX	1.12_2829	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定
PDB-REDO		精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5O3P

5o3p

解像度: 1.04→16.04 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1632	-	-
R_work	0.1452	-	-
obs	-	44104	95.16 %

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.04→16.04 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	763	0	33	119	915

LS精密化シェル

解像度: 1.04→1.076 Å

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.4062	-	-
R_work	0.3543	-	-
obs	-	3026	65.12 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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