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- PDB-4imm: The crystal structure of BamB from Moraxella catarrhalis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4imm
タイトルThe crystal structure of BamB from Moraxella catarrhalis
要素Outer membrane assembly lipoprotein YfgL
キーワードCHAPERONE / 8-bladed beta-propeller / Protein-protein interactions
機能・相同性
機能・相同性情報


protein insertion into membrane / Gram-negative-bacterium-type cell outer membrane assembly / cell outer membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Outer membrane protein assembly factor BamB / Outer membrane protein assembly factor BamB / Pyrrolo-quinoline quinone repeat / Pyrrolo-quinoline quinone beta-propeller repeat / beta-propeller repeat / Quinoprotein alcohol dehydrogenase-like superfamily / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Outer membrane protein assembly factor BamB
類似検索 - 構成要素
生物種Moraxella catarrhalis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.33 Å
データ登録者Agnew, C.R.J. / Brady, R.L.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: The crystal structure of translocation complex component BamB from Moraxella catarrhalis
著者: Agnew, C.R.J. / Brady, R.L.
履歴
登録2013年1月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年3月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Outer membrane assembly lipoprotein YfgL
B: Outer membrane assembly lipoprotein YfgL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,25312
ポリマ－84,9702
非ポリマー28210
水1,62190
1
A: Outer membrane assembly lipoprotein YfgL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,6879
ポリマ－42,4851
非ポリマー2028
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Outer membrane assembly lipoprotein YfgL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,5653
ポリマ－42,4851
非ポリマー802
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.300, 78.620, 70.990
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.11, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Outer membrane assembly lipoprotein YfgL


分子量: 42485.152 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Moraxella catarrhalis (バクテリア)
株: RH4 / 遺伝子: yfgL, MCR_1168 / プラスミド: pOPINE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D5VCM9
#2: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 90 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.61 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 1M MES, pH6.5 1M Imidazole 0.03M Magnesium chloride 0.03M Calcium chloride 32% PEG 3000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 77 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年3月3日
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.33→41.544 Å / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 41.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.097 / Rsym value: 0.117 / Net I/σ(I): 15
反射 シェル解像度: 2.33→2.45 Å / % possible all: 99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DNAデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.1_1168)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.33→41.544 Å / SU ML: 0.28 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 25.19 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2413 3031 5.06 %Random
Rwork0.1889 ---
all0.19 ---
obs0.1916 59898 99.39 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.6 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.33→41.544 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4850 0 10 90 4950
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0144945
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0876736
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.9811712
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.068806
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004852
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.33-2.36650.33691040.2722493X-RAY DIFFRACTION94
2.3665-2.40530.30851110.26672510X-RAY DIFFRACTION98
2.4053-2.44670.30521250.24872618X-RAY DIFFRACTION99
2.4467-2.49120.30911460.25032560X-RAY DIFFRACTION99
2.4912-2.53910.2851670.2372600X-RAY DIFFRACTION100
2.5391-2.5910.30851380.22552557X-RAY DIFFRACTION100
2.591-2.64730.29391460.22192610X-RAY DIFFRACTION100
2.6473-2.70890.28871140.21932632X-RAY DIFFRACTION100
2.7089-2.77660.26141490.21182562X-RAY DIFFRACTION100
2.7766-2.85160.27681460.20412628X-RAY DIFFRACTION100
2.8516-2.93550.30151110.21672643X-RAY DIFFRACTION100
2.9355-3.03030.28771410.20922547X-RAY DIFFRACTION100
3.0303-3.13850.26981520.20752593X-RAY DIFFRACTION100
3.1385-3.26410.27521540.19812598X-RAY DIFFRACTION100
3.2641-3.41260.21471260.17672611X-RAY DIFFRACTION100
3.4126-3.59250.2611310.18082572X-RAY DIFFRACTION100
3.5925-3.81740.21621500.17742560X-RAY DIFFRACTION100
3.8174-4.11190.17271450.15912640X-RAY DIFFRACTION100
4.1119-4.52520.20331300.14072565X-RAY DIFFRACTION100
4.5252-5.1790.20911640.15682587X-RAY DIFFRACTION100
5.179-6.52090.21861560.18152587X-RAY DIFFRACTION100
6.5209-41.55040.20811250.17622594X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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