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- PDB-4d4q: Crystal Structure of Kti13/AtS1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4d4q
タイトルCrystal Structure of Kti13/AtS1
要素PROTEIN ATS1
キーワードTRANSLATION / TRNA MODIFICATION / DIPHTHAMIDE MODIFICATION
機能・相同性
機能・相同性情報


protein histidyl modification to diphthamide / tRNA wobble uridine modification / ubiquitin protein ligase activity / ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein ubiquitination / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Regulator of chromosome condensation (RCC1) repeat / : / Regulator of chromosome condensation (RCC1) repeat / Regulator of chromosome condensation (RCC1) signature 2. / Regulator of chromosome condensation, RCC1 / Regulator of chromosome condensation (RCC1) repeat profile. / Regulator of chromosome condensation 1/beta-lactamase-inhibitor protein II
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.395 Å
データ登録者Glatt, S. / Mueller, C.W.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2015
タイトル: Structure of the Kti11/Kti13 Heterodimer and its Double Role in Modifications of tRNA and Eukaryotic Elongation Factor 2.
著者: Glatt, S. / Zabel, R. / Vonkova, I. / Kumar, A. / Netz, D.J. / Pierik, A.J. / Rybin, V. / Lill, R. / Gavin, A. / Balbach, J. / Breunig, K.D. / Muller, C.W.
履歴
登録2014年10月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年1月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年3月29日Group: Structure summary
改定 1.22024年10月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN ATS1
B: PROTEIN ATS1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,8332
ポリマ－73,8332
非ポリマー00
水724
1
A: PROTEIN ATS1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,9161
ポリマ－36,9161
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: PROTEIN ATS1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,9161
ポリマ－36,9161
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)35.750, 96.600, 97.350
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.62, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 PROTEIN ATS1 / KTI13 / ALPHA-TUBULIN SUPPRESSOR 1


分子量: 36916.438 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): STAR RARE / 参照: UniProt: P31386
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.1 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 100 MM HEPES PH 7.5 AND 6% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.979
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年4月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 25887 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 9.33 % / Biso Wilson estimate: 61.08 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 11.88
反射 シェル解像度: 2.4→2.46 Å / 冗長度: 8.95 % / % possible all: 98.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2.395→43.302 Å / SU ML: 0.41 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 36.53 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2606 1295 5 %
Rwork0.2341 --
obs0.2355 25852 99.65 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.395→43.302 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4844 0 0 4 4848
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0025081
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.4926898
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.2421802
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.036733
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002915
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3951-2.4910.42981400.41152662X-RAY DIFFRACTION99
2.491-2.60430.33691430.35072708X-RAY DIFFRACTION100
2.6043-2.74160.33981460.32282758X-RAY DIFFRACTION100
2.7416-2.91340.39751410.30842683X-RAY DIFFRACTION100
2.9134-3.13820.36571450.29732738X-RAY DIFFRACTION100
3.1382-3.45390.29911440.2732741X-RAY DIFFRACTION100
3.4539-3.95340.24951450.22052755X-RAY DIFFRACTION100
3.9534-4.97970.20191440.19042736X-RAY DIFFRACTION100
4.9797-43.30870.22281470.19332776X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.1213-0.3437-2.32065.57442.69496.7639-0.26280.0198-0.46280.16090.00490.21380.6706-0.33520.20440.3573-0.06450.03080.34180.0390.194910.5464-0.145115.9716
22.1378-1.37280.20655.49291.56033.76370.02190.2759-0.2854-0.2546-0.1112-0.4461.3223-0.14170.19890.8801-0.03240.13740.3532-0.07960.410716.7508-7.82230.5711
35.4939-0.83570.74254.67910.63076.7704-0.10231.183-0.4464-1.53560.10430.06450.7462-0.81080.10431.1945-0.27560.11530.6812-0.21790.440710.2701-2.5708-9.2188
42.81860.1091-1.27192.5677-0.63725.8951-0.06860.75420.1386-0.91830.06660.1457-0.3175-0.83940.00350.68080.0801-0.00890.56210.08140.28389.038717.53561.5146
52.9714-0.2641-2.59322.54291.44352.9722-0.4905-0.3815-0.59321.52-0.04850.62391.67770.22810.5611.20390.06950.34970.64620.01580.51663.55428.177942.7495
61.9301-0.56542.08382.9093-0.29722.2959-0.6093-1.0222-0.79660.8066-0.03950.83491.89560.33510.41041.92210.33310.72780.73270.03390.7018-1.57812.142658.902
75.1678-1.44392.30526.9191-2.45923.7239-0.5396-2.5957-0.58761.92810.89840.48121.11610.69580.24281.81080.58150.28741.253-0.05310.48094.428517.530365.5599
86.2592-0.7973-2.19345.62711.91345.513-0.1384-1.18951.23530.46460.82250.009-0.99151.2248-0.32051.5334-0.08870.32240.6758-0.40640.81253.68932.576354.4717
95.6771.7681-1.05553.29021.97412.12430.22311.14670.7162-0.67180.6573-0.0193-1.87790.1698-0.76541.34430.1080.26430.62240.07650.60632.979332.416536.4891
106.35421.9389-2.35732.49742.99798.9189-0.03060.38661.398-0.68830.41750.0869-1.66780.9417-0.24570.79040.12990.08320.41460.09410.5127.813124.233235.1397
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN 'A' AND (RESID 1 THROUGH 114 )
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN 'A' AND (RESID 115 THROUGH 139 )
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN 'A' AND (RESID 140 THROUGH 183 )
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN 'A' AND (RESID 184 THROUGH 333 )
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN 'B' AND (RESID 1 THROUGH 114 )
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN 'B' AND (RESID 115 THROUGH 147 )
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN 'B' AND (RESID 148 THROUGH 173 )
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN 'B' AND (RESID 174 THROUGH 258 )
9X-RAY DIFFRACTION9CHAIN 'B' AND (RESID 259 THROUGH 295 )
10X-RAY DIFFRACTION10CHAIN 'B' AND (RESID 296 THROUGH 333 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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