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Yorodumi- PDB-3tev: The crystal structure of glycosyl hydrolase from Deinococcus radi... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3tev | ||||||
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Title | The crystal structure of glycosyl hydrolase from Deinococcus radiodurans R1 | ||||||
Components | Glycosyl hyrolase, family 3 | ||||||
Keywords | HYDROLASE / PSI-BIOLOGY / midwest center for structural genomics / structural genomic / MCSG | ||||||
Function / homology | Function and homology information peptidoglycan turnover / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / carbohydrate metabolic process Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Deinococcus radiodurans (radioresistant) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 2.3 Å | ||||||
Authors | Chang, C. / Hatzos-Skintges, C. / Kohler, M. / Clancy, S. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
Citation | Journal: To be Published Title: The crystal structure of glycosyl hydrolase from Deinococcus radiodurans R1 Authors: Chang, C. / Hatzos-Skintges, C. / Kohler, M. / Clancy, S. / Joachimiak, A. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3tev.cif.gz | 254.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3tev.ent.gz | 218.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3tev.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/te/3tev ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/te/3tev | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data | |
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Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 38068.625 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Deinococcus radiodurans (radioresistant) Strain: R1 / Gene: DR_1333 / Plasmid: pMCSG7 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3)magic / References: UniProt: Q9RUP9 #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.85 Å3/Da / Density % sol: 68.04 % |
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Crystal grow | Temperature: 286 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 Details: 24% PEG1500, 20% glycerol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 286K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.97915 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Jul 23, 2011 |
Radiation | Monochromator: Si(111) double crystal / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97915 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.3→50 Å / Num. all: 51153 / Num. obs: 51087 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.109 / Net I/σ(I): 33.8 |
Reflection shell | Resolution: 2.3→2.34 Å / Redundancy: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.826 / Mean I/σ(I) obs: 2.76 / Num. unique all: 2561 / % possible all: 100 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 2.3→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 10.381 / SU ML: 0.114 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.164 Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 129.48 Å2 / Biso mean: 49.4493 Å2 / Biso min: 26.95 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.3→50 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.302→2.361 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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