PDB-6e29: Crystal structure of Myceliophteria_thermophila Cps50 (Swd1) beta...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6.0E+29

タイトル

Crystal structure of Myceliophteria_thermophila Cps50 (Swd1) beta-propeller domain

要素

SWD1-like protein

キーワード

PROTEIN BINDING / histone / epigenetics / COMPASS / histone H3 Lys-4 methylation / MLL1 / SET1

機能・相同性

機能・相同性情報

Set1C/COMPASS complex
類似検索 - 分子機能

生物種

Myceliophthora thermophila (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.818 Å

データ登録者

Joshi, M. / Yang, Y. / Brunzelle, J.S. / Couture, J.F.

引用

ジャーナル: Cell / 年: 2018
タイトル: Structure and Conformational Dynamics of a COMPASS Histone H3K4 Methyltransferase Complex.
著者: Qianhui Qu / Yoh-Hei Takahashi / Yidai Yang / Hongli Hu / Yan Zhang / Joseph S Brunzelle / Jean-Francois Couture / Ali Shilatifard / Georgios Skiniotis /

要旨: The methylation of histone 3 lysine 4 (H3K4) is carried out by an evolutionarily conserved family of methyltransferases referred to as complex of proteins associated with Set1 (COMPASS). The activity ...

履歴

登録	2018年7月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年7月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年8月29日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.2	2018年9月5日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first
改定 1.3	2020年1月22日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support
改定 1.4	2023年10月11日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6e29.cif.gz	545.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6e29.ent.gz	451.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6e29.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e2/6e29 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e2/6e29	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7303C 6bx3C 2h13S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2get-d 6jwf-2 5dj4-5 5t0n-5 2vfj-3 4ifa-d 3ly8-d 3igx-1 2r0s-d 5t0n-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#7 - 2000年7月ヌクレオソーム (Nucleosome) 類似性 (1)

登録構造単位

D: SWD1-like protein

A: SWD1-like protein

B: SWD1-like protein

C: SWD1-like protein

156 kDa, 4 ポリマー
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1

A: SWD1-like protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
39.1 kDa, 1 ポリマー
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2

B: SWD1-like protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
39.1 kDa, 1 ポリマー
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3

C: SWD1-like protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
39.1 kDa, 1 ポリマー
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4

D: SWD1-like protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
39.1 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	59.784, 88.900, 124.319
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 94.30, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	SWD1-like protein 分子量: 39111.344 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Myceliophthora thermophila (菌類) / 遺伝子: MYCTH_2294520 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G2Q1Q9
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 676 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.11 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.59 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 200 mM sodium citrate, 22% (w/v) polyethylene glycol 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1.07812 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2018年2月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.07812 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.818→45.1 Å / Num. obs: 116058 / % possible obs: 92 % / 冗長度: 6.9 % / R_sym value: 0.077 / Net I/σ(I): 13.8
反射シェル	解像度: 1.818→1.86 Å / R_sym value: 0.075

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.13_2998: ???)	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2H13

2h13

解像度: 1.818→45.026 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 24.05 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2156	5197	4.9 %
R_work	0.1676	-	-
obs	0.1701	105994	90.97 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.818→45.026 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10111	0	0	676	10787

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.014	10596
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.316	14445
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	3.575	8688
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.092	1618
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	1849

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8182-1.8389	0.3227	198	0.2577	3644	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8389-1.8605	0.3311	204	0.2422	3669	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8605-1.8832	0.3178	182	0.2284	3681	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8832-1.907	0.2861	162	0.2127	3183	X-RAY DIFFRACTION	98
1.907-1.9321	0.2239	37	0.1952	939	X-RAY DIFFRACTION	97
1.9321-1.9586	0.2308	176	0.1749	3650	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9586-1.9866	0.2534	200	0.1774	3721	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9866-2.0162	0.2693	195	0.1759	3607	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0162-2.0477	0.2297	190	0.1741	3649	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0477-2.0813	0.2691	63	0.1823	1345	X-RAY DIFFRACTION	36
2.0813-2.1172	0.2346	200	0.1725	3665	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1172-2.1557	0.2446	204	0.1658	3660	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1557-2.1971	0.2341	158	0.1726	3685	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1971-2.242	0.2419	168	0.1717	2948	X-RAY DIFFRACTION	98
2.242-2.2907	0.1956	74	0.1791	1835	X-RAY DIFFRACTION	98
2.2907-2.344	0.2627	161	0.1757	3606	X-RAY DIFFRACTION	98
2.344-2.4026	0.2487	184	0.1876	3631	X-RAY DIFFRACTION	97
2.4026-2.4676	0.243	162	0.1873	3469	X-RAY DIFFRACTION	94
2.4676-2.5402	0.2452	187	0.1913	3626	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5402-2.6222	0.2777	210	0.1912	3678	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6222-2.7159	0.2454	170	0.19	3705	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7159-2.8246	0.2759	191	0.195	3695	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8246-2.9531	0.2396	195	0.1875	3663	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9531-3.1088	0.2388	194	0.1837	3696	X-RAY DIFFRACTION	99
3.1088-3.3035	0.2313	205	0.1715	3669	X-RAY DIFFRACTION	99
3.3035-3.5585	0.1921	191	0.1515	3191	X-RAY DIFFRACTION	86
3.5585-3.9164	0.1885	176	0.1383	3204	X-RAY DIFFRACTION	87
3.9164-4.4827	0.1431	192	0.124	3654	X-RAY DIFFRACTION	98
4.4827-5.646	0.1386	173	0.1299	3640	X-RAY DIFFRACTION	97
5.646-45.0394	0.2147	195	0.1852	3789	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.1567	0.4137	-1.1373	4.0421	-1.4005	5.0575	0.0232	-0.0388	0.067	-0.1809	0.0158	-0.049	0.2157	0.0274	-0.1115	0.1868	0.0052	0.0082	0.17	-0.0321	0.1597	24.0564	21.8194	67.0798
2	2.9232	1.0297	1.3813	3.205	1.0284	2.2634	-0.0391	-0.1355	0.2161	-0.0313	-0.094	0.327	-0.1444	-0.1634	0.1217	0.1707	0.0194	0.03	0.1419	-0.0164	0.1735	11.9822	25.4096	62.6276
3	3.0545	0.1407	0.3278	3.4225	0.1754	3.4465	-0.0237	0.0313	-0.1369	-0.1307	-0.0773	0.5443	0.2195	-0.3689	0.0589	0.1777	-0.0399	-0.0123	0.2011	-0.0095	0.2469	2.2884	12.3191	52.4265
4	4.3954	-1.1469	0.6388	3.0205	-0.8216	3.8605	0.0439	0.207	-0.137	-0.1599	-0.0979	0.1887	0.0214	-0.1426	0.0819	0.1591	-0.0077	0.0126	0.1384	-0.0484	0.153	11.9216	6.7867	49.1598
5	3.1927	-0.2611	0.6943	3.9756	-0.7866	4.1181	0.1239	0.19	-0.2128	-0.0528	0.0253	0.1459	0.1692	-0.0437	-0.1179	0.1657	0.012	0.0349	0.1186	-0.0153	0.1362	22.9709	3.0388	54.1175
6	2.3089	-0.4342	-0.8145	2.8902	1.4872	2.0298	-0.055	-0.3553	-0.0212	0.3646	0.0872	-0.3252	0.1486	0.283	0.0669	0.2234	0.0194	-0.0333	0.2227	0.0211	0.1959	29.5403	12.5308	67.0094
7	2.6343	0.1347	0.1985	3.3981	0.0679	4.0541	0.1912	0.2611	-0.0383	-0.1772	-0.2416	-0.1387	0.2365	0.4816	0.0563	0.1982	0.0722	0.015	0.2949	-0.0261	0.2585	46.9728	15.149	38.8281
8	1.9964	-1.0799	0.7651	2.0995	0.0338	2.0805	0.5911	0.4126	-0.5706	-0.7134	-0.2307	0.379	0.8192	0.4577	-0.279	0.5031	0.1432	-0.1458	0.3311	-0.0881	0.4219	36.9423	12.7448	24.8145
9	1.9044	-2.2827	2.236	4.2696	-2.4613	3.8156	0.2161	0.1249	-0.2588	-0.542	-0.0788	0.3708	0.0936	-0.0202	-0.1082	0.2861	0.0514	-0.0208	0.253	0.0358	0.2881	22.8231	33.1797	21.4512
10	2.6332	-1.4229	0.986	3.3485	-0.9158	3.2422	0.0083	0.0821	0.1898	0.0773	-0.0606	-0.0862	-0.3199	0.0625	0.0467	0.1943	-0.0218	0.0203	0.2014	0.0408	0.175	37.9885	29.6751	40.9234
11	3.2537	0.0193	1.1055	4.3211	0.6507	5.5219	-0.0434	-0.5418	-0.0513	0.1847	-0.0047	0.4667	-0.2156	-0.2851	0.0435	0.2042	0.0098	0.0463	0.2868	0.0017	0.2348	0.2887	16.5559	4.9317
12	1.8284	-0.5481	-0.0746	1.7269	-0.2061	1.2052	-0.0301	-0.1366	0.201	0.0441	-0.0133	-0.1343	-0.072	0.1019	0.0439	0.1623	-0.0297	-0.0197	0.198	-0.0333	0.1758	9.8723	25.773	-4.0806
13	2.8085	-0.2826	1.3315	2.4665	0.0525	4.1774	-0.0893	0.1664	0.0639	-0.1141	-0.0156	-0.1819	-0.206	0.3443	0.0733	0.1864	-0.0192	-0.0078	0.1684	0.033	0.2069	21.9609	70.8206	22.2726
14	3.5308	0.2684	0.2294	2.2388	-0.259	2.3198	-0.2013	-0.0925	0.4442	0.2088	0.0418	-0.1175	-0.6326	-0.0633	0.1166	0.3388	0.0296	-0.0877	0.1963	-0.0419	0.2539	16.8515	77.7322	32.158
15	2.708	0.5885	0.4698	2.5789	0.1361	2.784	-0.0891	-0.577	-0.0437	0.4739	0.0534	0.2893	-0.0194	-0.3032	0.0213	0.251	0.0643	0.0454	0.4012	0.0213	0.2029	2.1829	63.7691	39.5286
16	4.9836	-0.4408	-0.7128	3.2899	0.8708	3.8789	-0.0691	-0.3145	-0.1905	0.136	0.0615	0.5265	-0.0328	-0.3726	-0.0045	0.1816	-0.0085	0.0192	0.2473	0.071	0.2448	1.581	54.1382	26.4968
17	1.7439	0.6174	0.4848	4.5589	-0.2011	1.8328	0.0369	0.0915	-0.1216	-0.0839	-0.0012	-0.2527	0.1365	0.1452	-0.0318	0.1947	0.0331	0.0149	0.2189	0.0193	0.1757	19.8903	56.8683	19.8077

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'D' and (resid 18 through 43 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'D' and (resid 44 through 127 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'D' and (resid 128 through 191 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'D' and (resid 192 through 233 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'D' and (resid 234 through 304 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'D' and (resid 305 through 344 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 15 through 43 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 44 through 146 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 147 through 211 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 212 through 343 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 18 through 43 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 44 through 343 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 16 through 43 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 44 through 105 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 106 through 211 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 212 through 264 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 265 through 343 )

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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