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- PDB-6mfj: Crystal structure of the ADCC potent antibody DH677.3 Fab elicite... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6mfj
タイトルCrystal structure of the ADCC potent antibody DH677.3 Fab elicited in the RV305 vaccine trial.
要素
  • DH677.3 Fab heavy chain
  • DH677.3 Fab light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / ANTI-HIV-1 ENV ANTIBODY DH677.3 / CD4I ANTIBODY / ADCC / HIV-1 ENV / RV305 VACCINE TRIAL
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.62 Å
データ登録者Young, B. / Tolbert, W.D. / Pazgier, M.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01AI116274 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)P01AI120756 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01AI129769 米国
引用ジャーナル: J.Virol. / 年: 2020
タイトル: Boosting with AIDSVAX B/E Enhances Env Constant Region 1 and 2 Antibody-Dependent Cellular Cytotoxicity Breadth and Potency.
著者: Easterhoff, D. / Pollara, J. / Luo, K. / Tolbert, W.D. / Young, B. / Mielke, D. / Jha, S. / O'Connell, R.J. / Vasan, S. / Kim, J. / Michael, N.L. / Excler, J.L. / Robb, M.L. / Rerks-Ngarm, S. ...著者: Easterhoff, D. / Pollara, J. / Luo, K. / Tolbert, W.D. / Young, B. / Mielke, D. / Jha, S. / O'Connell, R.J. / Vasan, S. / Kim, J. / Michael, N.L. / Excler, J.L. / Robb, M.L. / Rerks-Ngarm, S. / Kaewkungwal, J. / Pitisuttithum, P. / Nitayaphan, S. / Sinangil, F. / Tartaglia, J. / Phogat, S. / Kepler, T.B. / Alam, S.M. / Wiehe, K. / Saunders, K.O. / Montefiori, D.C. / Tomaras, G.D. / Moody, M.A. / Pazgier, M. / Haynes, B.F. / Ferrari, G.
履歴
登録2018年9月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年9月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22020年4月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp / citation / citation_author
Item: _chem_comp.type / _citation.country ..._chem_comp.type / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _entity.pdbx_description ..._chem_comp.name / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: DH677.3 Fab heavy chain
L: DH677.3 Fab light chain
A: DH677.3 Fab heavy chain
B: DH677.3 Fab light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,9836
ポリマ－95,5404
非ポリマー4422
水2,522140
1
H: DH677.3 Fab heavy chain
L: DH677.3 Fab light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,9913
ポリマ－47,7702
非ポリマー2211
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3520 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area19670 Å2
手法PISA
2
A: DH677.3 Fab heavy chain
B: DH677.3 Fab light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,9913
ポリマ－47,7702
非ポリマー2211
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3540 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area19370 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.658, 70.520, 84.305
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.33, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: 抗体 DH677.3 Fab heavy chain


分子量: 24504.537 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK 293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 DH677.3 Fab light chain


分子量: 23265.709 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK 293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 140 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.07 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 20% PEG 3000 100 mM HEPES pH 7.5 200 mM sodium chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年1月18日
放射モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.62→50 Å / Num. obs: 28247 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 3.4 % / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.15 / Rpim(I) all: 0.096 / Net I/σ(I): 13
反射 シェル解像度: 2.62→2.67 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.391 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique obs: 1351 / CC1/2: 0.84 / Rpim(I) all: 0.252 / % possible all: 98

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0232精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3QEG

3qeg


解像度: 2.62→43.03 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.937 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.879 / SU B: 29.576 / SU ML: 0.295 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.35 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26134 1308 4.6 %RANDOM
Rwork0.19859 ---
obs0.20152 26929 97.85 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 37.691 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.71 Å20 Å2-2.07 Å2
2--1.89 Å2-0 Å2
3----0.55 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.62→43.03 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6563 0 28 140 6731
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0136759
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0176023
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4161.6539215
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2891.57214050
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.2865859
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.48522.881295
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.387151059
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.9481528
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0570.2910
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.027565
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021391
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6082.3253442
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.6082.3253440
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.0573.4844293
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.0573.4844293
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.8092.4063317
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other0.8092.4063318
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other1.3993.5764921
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined3.11744.11826595
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other3.10644.09626566
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.616→2.684 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.337 100 -
Rwork0.278 1912 -
obs--96.13 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.5236-1.2477-0.1411.66940.23070.95830.22110.2416-0.1278-0.2694-0.136-0.0064-0.038-0.0157-0.08510.149-0.0175-0.02290.149-0.02220.0243-39.518718.3297-30.9323
22.9595-0.4901-0.84930.56240.21041.02990.04110.04430.0502-0.016-0.0401-0.0983-0.05270.0766-0.0010.0203-0.0092-0.00650.03210.0140.022-29.901116.7474-15.3084
31.9186-0.7989-1.80552.02981.73053.0750.01960.24430.0154-0.0976-0.09310.2176-0.0909-0.30790.07360.03990.0142-0.03490.17470.03670.059-66.3435-6.3632-18.4037
43.0729-0.4271-1.26270.63360.2581.1887-0.0251-0.1814-0.07730.0480.0260.09030.06030.0448-0.00080.0202-0.0074-0.00840.06040.01340.0269-59.8457-6.0274-0.9117
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1H1 - 214
2X-RAY DIFFRACTION2L1 - 213
3X-RAY DIFFRACTION3A1 - 214
4X-RAY DIFFRACTION4B1 - 212

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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