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- PDB-6mew: RFXANK ankyrin repeats in complex with a RFX7 peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6mew
タイトルRFXANK ankyrin repeats in complex with a RFX7 peptide
要素
  • DNA-binding protein RFXANK
  • RFX7 peptide
キーワードDNA BINDING PROTEIN / structural genomics / ankyrin repeats / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of MHC class II biosynthetic process / intercellular bridge / RNA polymerase II core promoter sequence-specific DNA binding / histone deacetylase binding / RNA polymerase II transcription regulator complex / sequence-specific double-stranded DNA binding / Ras protein signal transduction / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / chromatin ...positive regulation of MHC class II biosynthetic process / intercellular bridge / RNA polymerase II core promoter sequence-specific DNA binding / histone deacetylase binding / RNA polymerase II transcription regulator complex / sequence-specific double-stranded DNA binding / Ras protein signal transduction / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
DNA-binding, RFXANK / RFX-like DNA-binding protein / RFX DNA-binding domain / DNA-binding RFX-type winged-helix domain / RFX-type winged-helix DNA-binding domain profile. / Ankyrin repeat-containing domain / Ankyrin repeat / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. ...DNA-binding, RFXANK / RFX-like DNA-binding protein / RFX DNA-binding domain / DNA-binding RFX-type winged-helix domain / RFX-type winged-helix DNA-binding domain profile. / Ankyrin repeat-containing domain / Ankyrin repeat / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA-binding protein RFXANK / DNA-binding protein RFX7
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.78 Å
データ登録者Tempel, W. / Xu, C. / Dong, A. / Li, Y. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Min, J. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: to be published
タイトル: RFXANK ankyrin repeats in complex with a RFX7 peptide
著者: Tempel, W. / Xu, C. / Dong, A. / Li, Y. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Min, J.
履歴
登録2018年9月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2018年10月3日ID: 4QQM
改定 1.02018年10月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA-binding protein RFXANK
B: RFX7 peptide
C: DNA-binding protein RFXANK
D: RFX7 peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,85357
ポリマ－41,8534
非ポリマー053
水4,432246
1
A: DNA-binding protein RFXANK
B: RFX7 peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,92732
ポリマ－20,9272
非ポリマー030
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1730 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area9150 Å2
手法PISA
2
C: DNA-binding protein RFXANK
D: RFX7 peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,92725
ポリマ－20,9272
非ポリマー023
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1780 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area9370 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.230, 29.870, 97.890
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 102.120, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 DNA-binding protein RFXANK / Ankyrin repeat family A protein 1 / Regulatory factor X subunit B / RFX-B / Regulatory factor X- ...Ankyrin repeat family A protein 1 / Regulatory factor X subunit B / RFX-B / Regulatory factor X-associated ankyrin-containing protein


分子量: 18926.301 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RFXANK, ANKRA1, RFXB / プラスミド: pET28-MHL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-V2R-pRARE2 / 参照: UniProt: O14593
#2: タンパク質・ペプチド RFX7 peptide


分子量: 2000.364 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthetic peptide / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q2KHR2*PLUS
#3: 化合物...
ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 53 / 由来タイプ: 合成
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 246 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.2 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 25% PEG-3350, 0.2 M ammonium acetate, 0.1 M bis-tris

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS HTC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2013年5月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.78→34.71 Å / Num. obs: 35385 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 6.9 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Rpim(I) all: 0.025 / Rrim(I) all: 0.067 / Net I/σ(I): 19.5 / Num. measured all: 245359 / Scaling rejects: 4
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.78-1.816.50.4991200118580.8760.2060.5413.494.1
9.05-34.716.10.0319173130.9990.0130.03338.198.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0232精密化
Aimless0.7.2データスケーリング
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: selected coordinates from pdb entry 3uxg

3uxg


解像度: 1.78→34.7 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / SU B: 2.786 / SU ML: 0.087 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.123 / ESU R Free: 0.121 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: the structure of an isomorphous crystal was solved by molecular replacement, where ARP/WARP was subsequently used for phase improvement and automated model bulding. COOT was used for ...詳細: the structure of an isomorphous crystal was solved by molecular replacement, where ARP/WARP was subsequently used for phase improvement and automated model bulding. COOT was used for interactive model building. Model geometry was evaluated with MOLPROBITY.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2187 1957 5.6 %thin shells (sftools)
Rwork0.1759 ---
obs0.1782 33205 98.69 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 79.68 Å2 / Biso mean: 19.283 Å2 / Biso min: 8.79 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.78 Å20 Å2-0.29 Å2
2--0.24 Å2-0 Å2
3---0.61 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.78→34.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2709 0 53 246 3008
Biso mean--23.22 26.22 -
残基数----354
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0132852
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0172613
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8531.6283907
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.5181.5696060
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3525374
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.09423.862145
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.08115456
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.9161512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.10.2375
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.023260
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02572
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.7051.9181436
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.7031.9181436
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.3972.861798
LS精密化 シェル解像度: 1.78→1.826 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.313 217 -
Rwork0.246 2272 -
all-2489 -
obs--96.36 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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