PDB-4liw: CcmK1 Carboxysome Shell Protein from Synechocystis PCC6803, L11K ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4liw

タイトル

CcmK1 Carboxysome Shell Protein from Synechocystis PCC6803, L11K Point Mutant

要素

Carbon dioxide-concentrating mechanism protein CcmK homolog 1

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / bacterial microcompartment / carboxysome / BMC shell protein / twinning / translational NCS

機能・相同性

機能・相同性情報

structural constituent of carboxysome shell / carboxysome / carbon fixation / photosynthesis
類似検索 - 分子機能

生物種

Synechocystis sp. PCC 6803 substr. Kazusa (バクテリア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Thompson, M.C. / Yeates, T.O.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2014
タイトル: A challenging interpretation of a hexagonally layered protein structure.
著者: Thompson, M.C. / Yeates, T.O.

履歴

登録	2013年7月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年1月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年2月12日	Group: Database references
改定 1.2	2018年4月4日	Group: Data collection / Source and taxonomy / カテゴリ: diffrn_source / entity_src_gen Item: _diffrn_source.type / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain
改定 1.3	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4liw.cif.gz	83 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4liw.ent.gz	63.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4liw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4liw_validation.pdf.gz	447.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4liw_full_validation.pdf.gz	449.1 KB	表示
XML形式データ	4liw_validation.xml.gz	9.2 KB	表示
CIF形式データ	4liw_validation.cif.gz	12 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/li/4liw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/li/4liw	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3dncS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3dn9-d 3bn4-d 3cim-2 5fgr-d 3dnc-1 5l38-1 4qig-2 3cim-1 4qig-1 3nwg-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#114 - 2009年6月ヴォールト (Vaults) 類似性 (8) #165 - 2013年9月人工設計されたタンパク質製の籠 (Designed Protein Cages) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Carbon dioxide-concentrating mechanism protein CcmK homolog 1

B: Carbon dioxide-concentrating mechanism protein CcmK homolog 1

ヘテロ分子

21.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Carbon dioxide-concentrating mechanism protein CcmK homolog 1

B: Carbon dioxide-concentrating mechanism protein CcmK homolog 1

ヘテロ分子

A: Carbon dioxide-concentrating mechanism protein CcmK homolog 1

B: Carbon dioxide-concentrating mechanism protein CcmK homolog 1

ヘテロ分子

A: Carbon dioxide-concentrating mechanism protein CcmK homolog 1

B: Carbon dioxide-concentrating mechanism protein CcmK homolog 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
64.7 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	70.020, 70.020, 56.250
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	173
Space group name H-M	P6₃

詳細

THE BIOLOGICAL UNIT IS A HEXAMER, WHICH CAN BE GENERATED BY APPLYING THE FOLLOWING SYMMETRY OPERATIONS TO THE TWO CHAINS (A AND B) IN THE ASYMMETRIC UNIT. CHAIN A: (X, Y, Z), (-X+Y, -X+1, Z), AND (-Y+1, X-Y+1, Z). CHAIN B: (X, Y, Z), (-Y-1, X-Y+1, Z), AND (-X+Y, -X+1, Z).

#1: タンパク質	Carbon dioxide-concentrating mechanism protein CcmK homolog 1 分子量: 10740.304 Da / 分子数: 2 / 変異: L11K / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Synechocystis sp. PCC 6803 substr. Kazusa (バクテリア) 株: PCC6803 / 遺伝子: ccmK1, sll1029 / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P72760
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 51 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.85 Å³/Da / 溶媒含有率: 33.62 %
結晶化	温度: 298 K / pH: 9.5 詳細: 0.1M N-cyclohexyl-2-aminoethanesulfonic acid, 1.26M ammonium sulfate, 0.15M sodium chloride, 0.01M guanidinium chloride, pH 9.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS HTC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2011年11月22日
放射	モノクロメーター: CONFOCAL MIRRORS VARIMAX HF / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
Reflection twin	Operator: K,H,-L / Fraction: 0.6
反射	解像度: 1.6→41.24 Å / Num. obs: 20387 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(I): -3 / B_iso Wilson estimate: 25.05 Å² / R_merge(I) obs: 0.055 / Net I/σ(I): 34.07
反射シェル	解像度: 1.6→1.64 Å / R_merge(I) obs: 0.244 / Mean I/σ(I) obs: 5.55 / % possible all: 84.6

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHASER	2.5.4	位相決定
PHENIX	dev_1334	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3DNC

3dnc

解像度: 1.6→41.24 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.16 / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 34.4 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
詳細: REFINEMENT WAS CARRIED OUT WITH HYDROGEN ATOMS IN THE RIDING POSITIONS FOR THE PURPOSES OF MAINTAINING GOOD GEOMETRY AND INCLUDING THEIR SCATTERING CONTRIBUTIONS IN CALCULATED STRUCTURE ...

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.195	1034	5.07 %
R_work	0.18	-	-
obs	0.192	20387	98 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 21.53 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→41.24 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1359	0	5	51	1415

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.012	1408
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.315	1916
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.749	516
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.068	235
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	247

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6013-1.6857	0.2825	134	0.2804	2493	X-RAY DIFFRACTION	85
1.6857-1.7913	0.2853	149	0.28	2788	X-RAY DIFFRACTION	94
1.7913-1.9296	0.2605	144	0.2497	2758	X-RAY DIFFRACTION	94
1.9296-2.1238	0.1816	151	0.2128	2803	X-RAY DIFFRACTION	94
2.1238-2.4311	0.2234	150	0.2011	2804	X-RAY DIFFRACTION	95
2.4311-3.0627	0.1898	154	0.1777	2805	X-RAY DIFFRACTION	95
3.0627-41.2529	0.1801	151	0.1505	2873	X-RAY DIFFRACTION	95

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.6832	-1.0445	-0.4626	2.1735	0.2359	1.3208	-0.0687	0.0087	0.0502	0.0934	-0.0322	0.1005	0.009	0.0143	0.0829	0.1233	0.0005	-0.0041	0.1136	0.0033	0.0476	-1.6509	60.0537	6.2345
2	0.3712	0.0298	-0.072	1.4729	0.7973	0.5817	0.0406	-0.1117	0.0844	0.0488	-0.1582	0.0811	-0.0405	-0.0301	0.0915	0.1137	-0.0254	0.0016	0.1276	0.0097	0.1087	8.4844	62.986	7.916
3	2.1316	0.7334	0.238	0.9881	-1.0454	1.7196	0.0153	-0.4489	0.0861	0.2528	-0.1435	-0.0233	-0.0368	-0.018	0.0479	0.1298	0.0117	0.03	0.1529	-0.0073	0.1847	1.3175	59.0468	13.1891
4	1.7157	-0.3169	-0.3104	2.5399	-0.2564	1.1079	-0.0637	0.0248	-0.0392	0.1052	-0.1	-0.0509	0.0946	-0.0723	0.196	0.0729	-0.0058	0.0006	0.1256	-0.004	0.0871	-0.4836	56.7686	8.0639
5	3.6991	-1.722	-2.1324	2.5716	1.0563	2.5727	0.0159	-0.1376	0.3003	-0.0129	0.1132	0.0651	-0.3453	0.0227	-0.0955	0.1728	0.0099	-0.0044	0.127	-0.0199	0.2191	-0.4925	71.6463	6.5772
6	2.0048	2.892	-2.6239	2.8783	1.4174	2.6302	0.1524	0.2829	0.3168	-0.2016	0.0081	0.1634	-0.3262	0.0232	-0.0161	0.2281	-0.0004	0.0101	0.1345	0.0313	0.1033	6.9974	65.1776	-0.7478
7	2.5306	0.8475	-0.8949	5.7469	-0.2862	2.303	-0.0797	0.0205	0.3445	-0.1093	-0.0918	-0.1297	-0.0562	-0.0397	0.1038	0.1627	0.0173	0.0153	0.177	0.0321	0.1533	12.3361	60.5357	-2.7232
8	1.734	0.1391	0.3071	0.7325	-0.6217	0.6587	-0.0468	0.2506	0.1327	-0.1485	-0.02	0.1161	-0.0188	0.0662	0.0514	0.1182	0.0018	-0.014	0.1135	0.008	0.0615	-3.5428	61.3142	1.8974
9	8.0257	3.6095	-2.5555	7.5099	-0.616	0.9692	-0.1386	-0.338	-0.1907	0.5026	-0.128	-0.051	-0.2109	0.1357	0.159	0.1961	0.1107	0.0916	0.0994	-0.0633	0.2914	-14.8503	66.3045	14.4491
10	3.3835	-0.8455	0.6753	2.1144	-0.0578	0.98	-0.0116	-0.3528	-0.0576	-0.0258	-0.126	-0.2109	-0.0001	-0.0244	0.1925	0.2514	0.0012	0.0456	0.2316	0.0209	0.0951	-9.0435	58.0911	17.8335
11	1.9336	1.1758	0.7368	2.8939	1.2529	1.5163	-0.0074	-0.1518	0.3532	0.0495	-0.0531	-0.057	0.0329	0.0217	0.0069	0.0948	-0.0103	-0.0016	0.1293	-0.0141	0.1161	17.4007	54.4479	7.7962
12	1.4403	0.5379	-0.0224	1.9978	0.3437	1.2074	0.0236	-0.2006	0.0662	-0.0985	0.0123	-0.212	0.0445	0.117	-0.0467	0.0968	0.0268	0.0167	0.1415	0.0126	0.0934	20.4277	42.7783	5.982
13	4.6227	-1.3833	-2.3249	1.2648	-0.2514	2.2314	0.0603	-0.2234	0.3109	0.2363	-0.0042	-0.3595	-0.1418	0.131	-0.0417	0.1089	0.0099	-0.0331	0.207	-0.073	0.1659	26.9146	51.3865	13.2618
14	2.0191	0.6087	-0.0018	1.8342	0.1876	0.936	-0.0294	-0.2665	0.0115	0.0543	-0.0913	0.016	0.0638	-0.0322	0.0304	0.097	0.0089	-0.0002	0.1148	0.0015	0.0741	12.3686	47.787	8.9645
15	0.9787	0.1717	-0.2998	3.1912	1.9753	1.5679	-0.0273	-0.1005	0.312	-0.0108	0.0339	-0.2383	-0.0882	0.0715	-0.0356	0.0132	-0.0024	0.0408	0.1764	-0.001	0.4465	26.8209	57.6342	7.1057
16	2.8727	-1.3267	1.9572	5.0065	2.3624	3.7607	0.0725	0.1409	0.2161	-0.2185	0.0684	-0.2744	-0.1834	0.3099	-0.0536	0.1665	0.0045	0.0619	0.2318	0.009	0.133	25.4905	47.2169	-0.046
17	4.4725	-1.0297	-0.1121	4.5008	0.0723	3.613	-0.0797	0.1591	0.0779	-0.1312	0.0355	-0.2854	-0.1543	0.1288	0.0336	0.1751	0.0056	0.0342	0.1978	-0.0073	0.0792	22.1228	40.2906	-2.7527
18	2.1739	0.287	0.2133	3.5761	0.9472	1.0678	0.04	0.1141	0.5583	0.0038	0.0106	-0.2863	-0.0048	0.201	-0.1249	0.1096	-0.0029	0.0062	0.0547	0.012	0.1819	15.9624	59.8286	7.187
19	3.5347	-1.7266	-2.7526	0.8645	1.557	3.9464	-0.0546	-0.25	-0.3091	0.1496	0.083	0.0531	0.3306	-0.0209	0.0223	0.429	0.0236	0.2319	0.234	-0.0039	-0.7189	9.7197	61.5154	18.4095
20	1.3972	0.26	-1.0853	3.0503	0.2463	0.9082	0.0064	-0.2077	-0.1088	0.189	0.0631	-0.326	0.0852	0.1416	0.0108	0.7284	0.3085	0.4086	0.1113	-0.1686	-0.0642	10.955	55.7808	16.3933

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 2:12)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 13:27)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 28:37)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 38:48)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 49:60)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 61:64)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain A and resid 65:70)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain A and resid 71:79)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain A and resid 80:83)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain A and resid 84:94)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain B and resid 3:10)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain B and resid 11:23)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain B and resid 24:32)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain B and resid 33:47)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(chain B and resid 48:58)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(chain B and resid 59:64)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	(chain B and resid 65:71)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	(chain B and resid 72:83)
19	X-RAY DIFFRACTION	19	(chain B and resid 84:87)
20	X-RAY DIFFRACTION	20	(chain B and resid 88:92)

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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