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- PDB-6meh: Crystal structure of broadly neutralizing antibody HEPC74 in comp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6meh
タイトルCrystal structure of broadly neutralizing antibody HEPC74 in complex with Hepatitis C virus envelope glycoprotein E2 ectodomain
要素
  • (antibody HEPC74 ...) x 2
  • E2 glycoprotein
キーワードIMMUNE SYSTEM / HCV glycoprotein / broadly neutralizing antibodies
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell lipid droplet / host cell mitochondrion / lipid droplet / viral nucleocapsid / host cell endoplasmic reticulum membrane / ribonucleoprotein complex / viral envelope / structural molecule activity / virion membrane / membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Hepatitis C virus, Core protein, C-terminal / Hepatitis C virus core protein / Hepatitis C virus, Non-structural protein E2/NS1 / Hepatitis C virus non-structural protein E2/NS1 / Hepatitis C virus, Envelope glycoprotein E1 / Hepatitis C virus envelope glycoprotein E1 / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Hepacivirus C (ウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.99 Å
データ登録者Flyak, A.I. / Bjorkman, P.J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI127469 米国
引用ジャーナル: Cell Host Microbe / 年: 2018
タイトル: HCV Broadly Neutralizing Antibodies Use a CDRH3 Disulfide Motif to Recognize an E2 Glycoprotein Site that Can Be Targeted for Vaccine Design.
著者: Flyak, A.I. / Ruiz, S. / Colbert, M.D. / Luong, T. / Crowe Jr., J.E. / Bailey, J.R. / Bjorkman, P.J.
履歴
登録2018年9月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年11月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年11月28日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22019年11月6日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: struct / Item: _struct.title
改定 1.32019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: E2 glycoprotein
H: antibody HEPC74 Heavy Chain
L: antibody HEPC74 Light Chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,3148
ポリマ－77,8023
非ポリマー1,5125
水7,260403
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7710 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area28200 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.309, 69.770, 168.577
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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抗体 , 2種, 2分子 HL

#2: 抗体 antibody HEPC74 Heavy Chain


分子量: 25385.461 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pTT5 / 細胞株 (発現宿主): HEK293-6E / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体 antibody HEPC74 Light Chain


分子量: 23470.111 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pTT5 / 細胞株 (発現宿主): HEK293-6E / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

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タンパク質 / 非ポリマー , 2種, 404分子 C

#1: タンパク質 E2 glycoprotein


分子量: 28946.479 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Hepacivirus C (ウイルス) / プラスミド: pCMV / 細胞株 (発現宿主): HEK293-6E / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A0A2P0NE26
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 403 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
糖 , 2種, 5分子

#4: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.92 % / Mosaicity: 0.36 °
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 1% tryptone, 0.001 M sodium azide, 0.05 M HEPES sodium pH 7.0, 20% PEG 3,350)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.99→84.29 Å / Num. obs: 53916 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 5.9 % / Biso Wilson estimate: 36.04 Å2 / CC1/2: 0.959 / Rmerge(I) obs: 0.112 / Rpim(I) all: 0.05 / Rrim(I) all: 0.123 / Net I/σ(I): 7.3 / Num. measured all: 317427 / Scaling rejects: 465
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
1.99-2.044.91.13832610.0260.6641.33787
9.11-84.295.60.0536750.9950.0240.05999.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
Aimless0.7.1データスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
MOSFLMデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4MWF, 6MEE

4mwf

6mee


解像度: 1.99→43.764 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.61
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2298 2692 5.01 %
Rwork0.1862 --
obs0.1883 53774 98.48 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 146.32 Å2 / Biso mean: 50.8678 Å2 / Biso min: 19.76 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.99→43.764 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4588 0 98 403 5089
Biso mean--83.42 48.69 -
残基数----603
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 19

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.9887-2.02480.35881260.30042176230282
2.0248-2.06380.31781320.26962691282399
2.0638-2.10590.2741320.23692662279499
2.1059-2.15170.22551320.22927022834100
2.1517-2.20170.27921630.230426612824100
2.2017-2.25680.35341360.270527012837100
2.2568-2.31780.35311360.29752623275998
2.3178-2.3860.24861630.22462679284299
2.386-2.4630.25971540.21182674282899
2.463-2.5510.25091310.20062682281399
2.551-2.65320.24631630.197126882851100
2.6532-2.77390.27761530.196627132866100
2.7739-2.92010.28951140.200227392853100
2.9201-3.1030.25711140.203927472861100
3.103-3.34250.22361380.19692736287499
3.3425-3.67880.23031310.17727732904100
3.6788-4.21070.20751780.159627202898100
4.2107-5.30360.16321600.125727832943100
5.3036-43.77420.19381360.16782932306899
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.3047-0.0987-0.1671.20830.48955.3430.0420.36420.1783-0.0844-0.0204-0.0213-0.5118-0.6906-0.01780.33410.110.02570.43920.05180.318613.444-8.121-36.968
23.5024-2.0741.11172.4316-0.45772.0029-0.04680.02620.11120.1171-0.0575-0.0653-0.11080.03550.10020.2516-0.01430.00560.17460.00590.2627.625-19.158-7.44
30.98110.2907-0.61631.56280.38083.4313-0.08550.5344-0.16830.0313-0.00010.15970.6009-1.04610.01860.38-0.2454-0.00090.7465-0.07520.33486.885-28.726-36.299
42.4193-0.1927-0.6642.7271.44025.1604-0.0542-0.1278-0.24070.0540.0440.06220.1868-0.028-0.00730.2125-0.0074-0.01980.12230.01970.302815.23-27.373-0.787
53.33421.32761.84811.68681.80333.7438-0.33670.11360.1957-0.0409-0.01680.1645-0.1306-0.00250.34940.4291-0.0230.04910.5650.01660.387113.83-13.421-58.516
68.22243.03434.62053.03342.73947.88880.0720.1466-2.0343-0.56320.6788-1.55711.12831.0116-0.32450.9328-0.04510.29130.6067-0.06061.059726.186-21.009-71.124
71.30290.07271.31341.74390.77671.6602-0.93650.5923-0.8154-0.63230.3486-0.27531.0573-1.3710.44250.72-0.35470.18520.7187-0.16970.50757.438-21.625-72.046
84.5387-0.2943-2.24713.3370.8955.966-0.82980.8555-0.8712-1.30020.1674-0.28270.8063-0.35230.56090.7723-0.26480.21740.5158-0.11440.581217.744-19.697-75.918
98.4676-3.68831.21877.32213.48219.4474-0.61191.0434-1.242-0.82550.6271-1.72891.21021.5857-0.17380.7969-0.16470.21790.7051-0.15860.760828.95-14.168-77.911
103.57590.6294-2.18063.046-2.44824.11330.08780.0811-0.0549-0.0469-0.11350.0819-0.25580.02840.0550.4473-0.14850.04250.3424-0.03440.336922.675-5.865-75.454
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN H AND RESID 1:125 )H1 - 125
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN H AND RESID 126:215 )H126 - 215
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN L AND RESID 1:108 )L1 - 108
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN L AND RESID 109:213 )L109 - 213
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN C AND RESID 418:451 )C418 - 451
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN C AND RESID 452:495 )C452 - 495
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN C AND RESID 496:538 )C496 - 538
8X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN C AND RESID 539:566 )C539 - 566
9X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN C AND RESID 567:606 )C567 - 606
10X-RAY DIFFRACTION10( CHAIN C AND RESID 607:645 )C607 - 645

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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