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Yorodumi- PDB-6meh: Crystal structure of broadly neutralizing antibody HEPC74 in comp... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6meh | |||||||||
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Title | Crystal structure of broadly neutralizing antibody HEPC74 in complex with Hepatitis C virus envelope glycoprotein E2 ectodomain | |||||||||
Components |
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Keywords | IMMUNE SYSTEM / HCV glycoprotein / broadly neutralizing antibodies | |||||||||
Function / homology | Function and homology information host cell lipid droplet / host cell mitochondrion / lipid droplet / viral nucleocapsid / host cell endoplasmic reticulum membrane / ribonucleoprotein complex / viral envelope / host cell nucleus / apoptotic process / virion membrane ...host cell lipid droplet / host cell mitochondrion / lipid droplet / viral nucleocapsid / host cell endoplasmic reticulum membrane / ribonucleoprotein complex / viral envelope / host cell nucleus / apoptotic process / virion membrane / structural molecule activity / cytoplasm Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Hepacivirus C Homo sapiens (human) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.99 Å | |||||||||
Authors | Flyak, A.I. / Bjorkman, P.J. | |||||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: Cell Host Microbe / Year: 2018 Title: HCV Broadly Neutralizing Antibodies Use a CDRH3 Disulfide Motif to Recognize an E2 Glycoprotein Site that Can Be Targeted for Vaccine Design. Authors: Flyak, A.I. / Ruiz, S. / Colbert, M.D. / Luong, T. / Crowe Jr., J.E. / Bailey, J.R. / Bjorkman, P.J. | |||||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6meh.cif.gz | 264 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6meh.ent.gz | 209.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6meh.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6meh_validation.pdf.gz | 1 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6meh_full_validation.pdf.gz | 1 MB | Display | |
Data in XML | 6meh_validation.xml.gz | 27.8 KB | Display | |
Data in CIF | 6meh_validation.cif.gz | 40.5 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/me/6meh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/me/6meh | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 6medC 6meeSC 6mefC 6megC 6meiC 6mejC 6mekC 4mwfS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-Antibody , 2 types, 2 molecules HL
#2: Antibody | Mass: 25385.461 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Plasmid: pTT5 / Cell line (production host): HEK293-6E / Production host: Homo sapiens (human) |
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#3: Antibody | Mass: 23470.111 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Plasmid: pTT5 / Cell line (production host): HEK293-6E / Production host: Homo sapiens (human) |
-Protein / Non-polymers , 2 types, 404 molecules C
#1: Protein | Mass: 28946.479 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Hepacivirus C / Plasmid: pCMV / Cell line (production host): HEK293-6E / Production host: Homo sapiens (human) / References: UniProt: A0A2P0NE26 |
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#6: Water | ChemComp-HOH / |
-Sugars , 2 types, 5 molecules
#4: Polysaccharide | Source method: isolated from a genetically manipulated source #5: Sugar | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.51 Å3/Da / Density % sol: 50.92 % / Mosaicity: 0.36 ° |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7 Details: 1% tryptone, 0.001 M sodium azide, 0.05 M HEPES sodium pH 7.0, 20% PEG 3,350) |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRL / Beamline: BL12-2 / Wavelength: 1 Å | ||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Jun 20, 2018 | ||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.99→84.29 Å / Num. obs: 53916 / % possible obs: 98.7 % / Redundancy: 5.9 % / Biso Wilson estimate: 36.04 Å2 / CC1/2: 0.959 / Rmerge(I) obs: 0.112 / Rpim(I) all: 0.05 / Rrim(I) all: 0.123 / Net I/σ(I): 7.3 / Num. measured all: 317427 / Scaling rejects: 465 | ||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4MWF, 6MEE Resolution: 1.99→43.764 Å / SU ML: 0.25 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / Phase error: 24.61
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 146.32 Å2 / Biso mean: 50.8678 Å2 / Biso min: 19.76 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.99→43.764 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 19
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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