PDB-6m87: Fab 10A6 in complex with MPTS

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6m87

タイトル

Fab 10A6 in complex with MPTS

要素

Fab 10A6 heavy chain
Fab 10A6 light chain

キーワード

IMMUNE SYSTEM / antibody dynamics

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / 8-methoxypyrene-1,3,6-trisulfonic acid

機能・相同性情報

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.609 Å

データ登録者

Stanfield, R.L. / Wilson, I.A.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2019
タイトル: Structure and Dynamics of Stacking Interactions in an Antibody Binding Site.
著者: Adhikary, R. / Zimmermann, J. / Stanfield, R.L. / Wilson, I.A. / Yu, W. / Oda, M. / Romesberg, F.E.

履歴

登録	2018年8月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年7月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年7月10日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2019年7月24日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 2.0	2019年12月18日	Group: Author supporting evidence / Polymer sequence / カテゴリ: entity_poly / pdbx_audit_support Item: _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.1	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6m87.cif.gz	490 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6m87.ent.gz	403.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6m87.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6m87_validation.pdf.gz	936.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6m87_full_validation.pdf.gz	956.6 KB	表示
XML形式データ	6m87_validation.xml.gz	85.7 KB	表示
CIF形式データ	6m87_validation.cif.gz	112.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m8/6m87 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m8/6m87	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1mexS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	7k8p-d 6ug9-2 5lgh-d 5l7x-d 1t66-1 4ncc-2 5tdn-2 6co3-d 6arp-1 3v0v-1 6c5i-d 3g6j-4 4ma3-1 3dif-2 6al4-3 6mee-1 307 6wk4-d 2fjf-4 6bhz-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Fab 10A6 light chain

B: Fab 10A6 heavy chain

C: Fab 10A6 light chain

E: Fab 10A6 light chain

G: Fab 10A6 light chain

I: Fab 10A6 light chain

K: Fab 10A6 light chain

D: Fab 10A6 heavy chain

F: Fab 10A6 heavy chain

H: Fab 10A6 heavy chain

J: Fab 10A6 heavy chain

L: Fab 10A6 heavy chain

ヘテロ分子

282 kDa, 12 ポリマー
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1

A: Fab 10A6 light chain

B: Fab 10A6 heavy chain

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
46.9 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Fab 10A6 light chain

D: Fab 10A6 heavy chain

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
46.9 kDa, 2 ポリマー
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3

E: Fab 10A6 light chain

F: Fab 10A6 heavy chain

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
46.9 kDa, 2 ポリマー
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4

G: Fab 10A6 light chain

H: Fab 10A6 heavy chain

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
46.9 kDa, 2 ポリマー
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5

I: Fab 10A6 light chain

J: Fab 10A6 heavy chain

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
46.9 kDa, 2 ポリマー
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6

K: Fab 10A6 light chain

L: Fab 10A6 heavy chain

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
46.9 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	186.485, 186.485, 89.909
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	145
Space group name H-M	P3₂

#1: 抗体	Fab 10A6 light chain 分子量: 23113.496 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#2: 抗体	Fab 10A6 heavy chain 分子量: 23264.797 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#3: 化合物	ChemComp-2M9 / 8-methoxypyrene-1,3,6-trisulfonic acid / 8-メトキシピレン-1,3,6-トリスルホン酸分子量: 472.466 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₁₂O₁₀S₃
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 148 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.26 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.31 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.1 / 詳細: 1.6M ammonium sulfate, 0.1M acetate, 20% glycerol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.03318 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年10月29日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.03318 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.6→44.8 Å / Num. obs: 106209 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.7 % / B_iso Wilson estimate: 60 Å² / CC_1/2: 0.879 / R_merge(I) obs: 0.098 / R_pim(I) all: 0.045 / R_rim(I) all: 0.108 / Net I/av σ(I): 20 / Net I/σ(I): 20
反射シェル	解像度: 2.6→2.64 Å / 冗長度: 5.7 % / R_merge(I) obs: 1.97 / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 5329 / CC_1/2: 0.384 / R_pim(I) all: 0.91 / R_rim(I) all: 2.16 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.12_2829)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1MEX

1mex

解像度: 2.609→44.792 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 85.79 / 位相誤差: 33.24

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2645	5164	4.86 %	RANDOM
R_work	0.2275	-	-	-
obs	0.243	106174	99.66 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.609→44.792 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	19358	0	210	148	19716

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	20087
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.613	27460
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	8.869	12024
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.044	3073
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	3638

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.6086-2.6536	0.349	276	0.3316	4820	X-RAY DIFFRACTION	90
2.6536-2.7018	0.3459	274	0.3307	5066	X-RAY DIFFRACTION	95
2.7018-2.7538	0.3647	232	0.3336	5079	X-RAY DIFFRACTION	96
2.7538-2.81	0.4044	250	0.3204	5042	X-RAY DIFFRACTION	95
2.81-2.871	0.4	250	0.3155	5100	X-RAY DIFFRACTION	95
2.871-2.9378	0.3368	264	0.3161	5021	X-RAY DIFFRACTION	95
2.9378-3.0113	0.3929	236	0.3191	5117	X-RAY DIFFRACTION	96
3.0113-3.0927	0.3367	226	0.3137	5125	X-RAY DIFFRACTION	96
3.0927-3.1836	0.3232	278	0.2952	5007	X-RAY DIFFRACTION	95
3.1836-3.2864	0.3284	302	0.2841	5058	X-RAY DIFFRACTION	94
3.2864-3.4038	0.3057	254	0.2828	5036	X-RAY DIFFRACTION	95
3.4038-3.54	0.351	244	0.2798	5048	X-RAY DIFFRACTION	95
3.54-3.701	0.3107	294	0.2623	5082	X-RAY DIFFRACTION	95
3.701-3.896	0.3106	228	0.2494	5094	X-RAY DIFFRACTION	96
3.896-4.14	0.2794	266	0.2303	5059	X-RAY DIFFRACTION	95
4.14-4.4593	0.2712	240	0.1945	5072	X-RAY DIFFRACTION	95
4.4593-4.9075	0.1993	284	0.1817	5040	X-RAY DIFFRACTION	95
4.9075-5.6163	0.2369	272	0.1857	5063	X-RAY DIFFRACTION	95
5.6163-7.071	0.2484	246	0.2067	5042	X-RAY DIFFRACTION	95
7.071-43.314	0.218	236	0.224	5049	X-RAY DIFFRACTION	95

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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