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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6m79 | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of Arabidopsis CRY under blue light-mediated activation | ||||||
![]() | Cryptochrome-2 | ||||||
![]() | TRANSCRIPTION / blue-light activated / Arabidopsis thaliana / CRY2 tetramer | ||||||
機能・相同性 | ![]() flavin adenine dinucleotide metabolic process / long-day photoperiodism, flowering / response to absence of light / circadian regulation of calcium ion oscillation / response to strigolactone / regulation of meristem growth / response to low fluence blue light stimulus by blue low-fluence system / regulation of leaf morphogenesis / blue light signaling pathway / regulation of photoperiodism, flowering ...flavin adenine dinucleotide metabolic process / long-day photoperiodism, flowering / response to absence of light / circadian regulation of calcium ion oscillation / response to strigolactone / regulation of meristem growth / response to low fluence blue light stimulus by blue low-fluence system / regulation of leaf morphogenesis / blue light signaling pathway / regulation of photoperiodism, flowering / positive regulation of flower development / regulation of flower development / phototropism / stomatal movement / response to blue light / deoxyribodipyrimidine photo-lyase activity / blue light photoreceptor activity / response to water deprivation / plant-type vacuole / entrainment of circadian clock by photoperiod / response to light stimulus / FAD binding / circadian regulation of gene expression / regulation of circadian rhythm / PML body / circadian rhythm / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / chromatin organization / defense response to virus / nuclear body / chromatin remodeling / protein homodimerization activity / DNA binding / ATP binding / identical protein binding / nucleus / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å | ||||||
![]() | Ma, L. / Guan, Z.Y. / Yin, P. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural insights into the photoactivation of Arabidopsis CRY2. 著者: Ling Ma / Zeyuan Guan / Qiang Wang / Xuhui Yan / Jing Wang / Zhizheng Wang / Jianbo Cao / Delin Zhang / Xin Gong / Ping Yin / ![]() 要旨: The blue-light receptor cryptochrome (CRY) in plants undergoes oligomerization to transduce blue-light signals after irradiation, but the corresponding molecular mechanism remains poorly understood. ...The blue-light receptor cryptochrome (CRY) in plants undergoes oligomerization to transduce blue-light signals after irradiation, but the corresponding molecular mechanism remains poorly understood. Here, we report the cryogenic electron microscopy structure of a blue-light-activated CRY2 tetramer at a resolution of 3.1 Å, which shows how the CRY2 tetramer assembles. Our study provides insights into blue-light-mediated activation of CRY2 and a theoretical basis for developing regulators of CRYs for optogenetic manipulation. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 529.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 370.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.5 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 57.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 83.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 69579.930 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: CRY2, PHH1, SEL20, At1g04400, F19P19.14 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q96524 #2: 化合物 | ChemComp-AMP / #3: 化合物 | ChemComp-FAD / 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | 配列の詳細 | These conflicts are derived from GenBank AAB04996. | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: blue-light activated Arabidopsis thaliana CRY2 tetramer タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
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解析
ソフトウェア |
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C2 (2回回転対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 209604 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | 交差検証法: NONE 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 9.98 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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