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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6m3h | ||||||
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タイトル | Crystal structure of mouse HPF1 | ||||||
![]() | Histone PARylation factor 1 | ||||||
![]() | NUCLEAR PROTEIN / cofactor / ADP-ribosylation / DNA damage response | ||||||
機能・相同性 | ![]() : / : / regulation of protein ADP-ribosylation / poly-ADP-D-ribose binding / site of DNA damage / double-strand break repair / histone binding / DNA damage response / chromatin binding / chromatin ...: / : / regulation of protein ADP-ribosylation / poly-ADP-D-ribose binding / site of DNA damage / double-strand break repair / histone binding / DNA damage response / chromatin binding / chromatin / zinc ion binding / nucleus 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Sun, F.H. / Yun, C.H. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: HPF1 remodels the active site of PARP1 to enable the serine ADP-ribosylation of histones. 著者: Sun, F.H. / Zhao, P. / Zhang, N. / Kong, L.L. / Wong, C.C.L. / Yun, C.H. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 88.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 59 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 39352.246 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() 発現宿主: ![]() 参照: UniProt: Q8CFE2 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.95 % |
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結晶化 | 温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法 詳細: 0.1M Tris-pH8.3, 0.2 M Potassium citrate tribasic monohydrate, 20% w/v PEG 3350, |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: Nonius Kappa CCD / 検出器: CCD / 日付: 2018年12月7日 |
放射 | モノクロメーター: Si(111) crystals / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97849 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.71→50 Å / Num. obs: 39364 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 5.7 % / Biso Wilson estimate: 21.62 Å2 / Rpim(I) all: 0.023 / Net I/σ(I): 31.1 |
反射 シェル | 解像度: 1.71→1.77 Å / Num. unique obs: 2485 / Rpim(I) all: 0.351 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 6M3G 解像度: 1.71→44.36 Å / SU ML: 0.1648 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.0794 / 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 25.28 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.71→44.36 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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