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- PDB-6ckt: Crystal structure of 2,3,4,5-tetrahydropyridine-2,6-dicarboxylate... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6ckt | ||||||
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Title | Crystal structure of 2,3,4,5-tetrahydropyridine-2,6-dicarboxylate N-succinyltransferase from Legionella pneumophila Philadelphia 1 | ||||||
![]() | 2,3,4,5-tetrahydropyridine-2,6-dicarboxylate N-succinyltransferase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / SSGCID / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease | ||||||
Function / homology | ![]() 2,3,4,5-tetrahydropyridine-2,6-dicarboxylate N-succinyltransferase / 2,3,4,5-tetrahydropyridine-2,6-dicarboxylate N-succinyltransferase activity / diaminopimelate biosynthetic process / lysine biosynthetic process via diaminopimelate / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | ||||||
![]() | ![]() Title: Crystal structure of 2,3,4,5-tetrahydropyridine-2,6-dicarboxylate N-succinyltransferase from Legionella pneumophila Philadelphia 1 Authors: Abendroth, J. / Allaire, M. / Mayclin, S.J. / Lorimer, D.D. / Horanyi, P.S. / Edwards, T.E. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 124.1 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 93.6 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 437.5 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
Full document | ![]() | 440 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 13.5 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 18.4 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 3tk8S S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | |
Other databases |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Components
#1: Protein | Mass: 31138.324 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Strain: Philadelphia 1 / ATCC 33152 / DSM 7513 / Gene: dapD, lpg0888 / Plasmid: LepnA.00002.a.B1 Production host: ![]() ![]() Strain (production host): BL21(DE3) References: UniProt: Q5ZX45, 2,3,4,5-tetrahydropyridine-2,6-dicarboxylate N-succinyltransferase | ||
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#2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.27 Å3/Da / Density % sol: 45.9 % |
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Crystal grow | Temperature: 285 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8 Details: Optimization screen based on RigakuReagents JCSG+ screen B4 and Microlytic MCSG1 screen B4: 11% PEG 8000, 100Mm HEPES free acid/NaOH pH 7.0: LepnA.00002.a.B1.PS38381 at 20mg/ml: cryo: 25% EG: ...Details: Optimization screen based on RigakuReagents JCSG+ screen B4 and Microlytic MCSG1 screen B4: 11% PEG 8000, 100Mm HEPES free acid/NaOH pH 7.0: LepnA.00002.a.B1.PS38381 at 20mg/ml: cryo: 25% EG: tray 298088d1: puck FVT5-8 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Feb 7, 2018 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Single crystal, cylindrically bent, Si(220) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97741 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.8→37.428 Å / Num. obs: 25336 / % possible obs: 99.8 % / Redundancy: 5.028 % / Biso Wilson estimate: 35.31 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.031 / Rrim(I) all: 0.035 / Χ2: 1.056 / Net I/σ(I): 20.77 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB entry 3tk8 as per Morda Resolution: 1.8→37.428 Å / SU ML: 0.2 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.99 / Phase error: 25.48
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 117.12 Å2 / Biso mean: 52.3286 Å2 / Biso min: 19.25 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.8→37.428 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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