PDB-6ks5: Crystal structure of Legionella pneumophila deubiquitinase Ceg23

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6ks5

タイトル

Crystal structure of Legionella pneumophila deubiquitinase Ceg23

要素

Type IV secretion protein Dot

キーワード

HYDROLASE / enzyme

機能・相同性

membrane => GO:0016020 / membrane / Type IV secretion protein Dot / Type IV secretion protein Dot

機能・相同性情報

生物種

Legionella pneumophila (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.8 Å

データ登録者

Qiu, J.Z. / Ouyang, S.Y.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2020
タイトル: The bacterial deubiquitinase Ceg23 regulates the association of Lys-63-linked polyubiquitin molecules on theLegionellaphagosome.
著者: Ma, K. / Zhen, X. / Zhou, B. / Gan, N. / Cao, Y. / Fan, C. / Ouyang, S. / Luo, Z.Q. / Qiu, J.

履歴

登録	2019年8月23日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年1月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年3月4日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年3月27日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6ks5.cif.gz	249.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6ks5.ent.gz	203.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6ks5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6ks5_validation.pdf.gz	435.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6ks5_full_validation.pdf.gz	443.4 KB	表示
XML形式データ	6ks5_validation.xml.gz	22.6 KB	表示
CIF形式データ	6ks5_validation.cif.gz	30.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ks/6ks5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ks/6ks5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6ir2-d 1l0s-6 6lzj-d 2xi9-2 6ots-d 3r5s-d 5a4e-2 1oaz-1 1jw9-d 5dvf-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Type IV secretion protein Dot

B: Type IV secretion protein Dot

81.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Type IV secretion protein Dot

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, 20 mM Tris 150 mM NaCl
40.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Type IV secretion protein Dot

登録者が定義した集合体
40.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	67.350, 71.610, 142.870
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Type IV secretion protein Dot 分子量: 40798.734 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Legionella pneumophila (バクテリア) 遺伝子: C3927_07335 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2S6F7D4, UniProt: Q5ZV21*PLUS

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.11 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.74 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 詳細: 20% polyethylene glycol 4000, 0.2 M sodium cacodylate (pH 6.0) and 0.2 M NaCl

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.979191 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2018年7月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979191 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.8→64.02 Å / Num. obs: 17475 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 12.8 % / CC_1/2: 0.995 / R_merge(I) obs: 0.122 / R_pim(I) all: 0.036 / R_sym value: 0.128 / Net I/σ(I): 2
反射シェル	解像度: 2.8→2.87 Å / Num. unique obs: 1226 / CC_1/2: 0.901 / % possible all: 97

-
位相決定

位相決定	手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.15.2_3472	精密化
HKL-2000		データスケーリング
SHELX		位相決定
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
HKL-2000		データ削減

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.8→40.441 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 33.94 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.299	901	5.17 %
R_work	0.2735	16517	-
obs	0.2748	17418	98.8 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 158.83 Å² / B_iso mean: 86.992 Å² / B_iso min: 30 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.8→40.441 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4705	0	0	0	4705
残基数	-	-	-	-	614

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
2.8-2.9754	0.3487	144	0.3566	2666	97
2.9754-3.205	0.335	152	0.343	2685	99
3.205-3.5274	0.3756	160	0.3409	2713	99
3.5274-4.0374	0.3217	137	0.2893	2755	99
4.0374-5.0852	0.3263	150	0.2481	2793	100
5.0852-40.441	0.2363	158	0.2473	2905	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.9284	0.2789	1.5734	2.2759	-1.5709	2.3918	-0.2727	-0.7088	-0.135	-0.1489	-0.3327	0.3982	-1.2026	-0.9475	0.1465	0.8758	0.1443	0.1325	0.9769	-0.0638	0.6264	-20.6248	15.1913	-19.2563
2	3.441	-4.3528	1.4811	7.8474	2.5547	7.8401	0.2794	0.1036	0.0452	-0.224	-0.0949	-0.204	0.5233	0.3122	-0.1075	0.3411	-0.0023	0.0215	0.5026	-0.0044	0.4355	-15.4116	-1.7086	-43.2829
3	2.904	3.3962	-0.0421	7.1201	-2.6037	3.4936	-0.3893	-0.0977	0.6037	0.0496	0.2258	0.3032	-1.2386	-0.4144	0.3551	0.9022	0.192	0.0823	0.7346	-0.078	0.5241	-20.8128	20.9455	-33.3393
4	4.7116	0.768	-3.6038	6.0109	1.3804	4.3593	0.3712	-0.5742	0.0881	-1.4208	-0.6762	0.1235	-1.5832	0.5737	0.4239	0.9327	-0.1304	-0.0951	0.7894	-0.0181	0.5078	-7.3076	19.0962	-11.7162
5	0.5805	-0.016	0.5018	8.0649	-2.0365	4.7909	-0.1347	0.3315	0.6063	0.199	0.0592	0.6359	-0.477	0.1094	0.1452	0.4425	-0.0025	-0.139	0.6731	0.0854	0.7604	-30.233	19.7935	-75.43
6	3.091	3.7627	2.4625	3.8967	2.3403	2.6207	-0.4442	-0.0666	0.0485	0.6311	0.2727	0.2904	-0.4899	0.2639	0.243	0.87	0.1217	-0.0599	0.5952	-0.0039	0.7628	-17.8595	34.705	-54.5757
7	8.8666	-0.094	0.929	6.0152	-1.8928	9.2406	-0.0353	-0.4701	-0.0667	0.4667	0.4347	0.2825	-0.045	0.04	-0.408	0.57	0.1405	0.0592	0.5881	0.0663	0.5081	-25.067	9.7247	-60.6853
8	5.779	-0.4851	4.5477	5.9073	-1.0586	6.66	-0.1957	1.2367	0.4382	-0.1439	-0.3263	-0.9074	0.3137	0.8885	0.4695	0.7096	-0.0309	0.0021	0.8853	0.0975	0.5545	-17.8908	14.8211	-84.7218

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 15 through 113 )	A	15 - 113
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 114 through 213 )	A	114 - 213
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 214 through 279 )	A	214 - 279
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 280 through 337 )	A	280 - 337
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 11 through 113 )	B	11 - 113
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 114 through 231 )	B	114 - 231
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 232 through 279 )	B	232 - 279
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 280 through 335 )	B	280 - 335

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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