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- PDB-5dvf: Crystal structure of unliganded periplasmic glucose binding prote... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5dvf | |||||||||
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Title | Crystal structure of unliganded periplasmic glucose binding protein (ppGBP) from P. putida CSV86 | |||||||||
![]() | Binding protein component of ABC sugar transporter | |||||||||
![]() | TRANSPORT PROTEIN / Periplasmic glucose binding protein / ABC transporter / Pseudomonas / crystallization | |||||||||
Function / homology | : / : / Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein / Periplasmic binding protein-like II / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / Binding protein component of ABC sugar transporter![]() | |||||||||
Biological species | ![]() | |||||||||
Method | ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Pandey, S. / Modak, A. / Phale, P.S. / Bhaumik, P. | |||||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: High Resolution Structures of Periplasmic Glucose-binding Protein of Pseudomonas putida CSV86 Reveal Structural Basis of Its Substrate Specificity Authors: Pandey, S. / Modak, A. / Phale, P.S. / Bhaumik, P. | |||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 301.6 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 255.8 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Components
#1: Protein | Mass: 45120.875 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: UNP residues 24-421 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.2 Å3/Da / Density % sol: 44.04 % / Description: Rod shaped crystals |
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Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 4.8 Details: 0.1 M phosphate citrate buffer and 2 M ammonium sulphate PH range: 4.2 - 4.8 / Temp details: 295 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() |
Detector | Type: RIGAKU RAXIS IV++ / Detector: IMAGE PLATE / Date: Jan 8, 2015 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.5418 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.5→20 Å / Num. obs: 28150 / % possible obs: 99.7 % / Redundancy: 7.24 % / Net I/σ(I): 9.27 |
Reflection shell | Resolution: 2.5→2.6 Å / Redundancy: 7.24 % / Mean I/σ(I) obs: 2.25 / % possible all: 100 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]()
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 27.309 Å2
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Refinement step | Cycle: 1 / Resolution: 2.5→19.68 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.5→2.564 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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