[English] 日本語
Yorodumi- PDB-6ir2: Crystal structure of red fluorescent protein mCherry complexed wi... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6ir2 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Crystal structure of red fluorescent protein mCherry complexed with the nanobody LaM2 at 1.4 Angstron resolution | |||||||||
Components |
| |||||||||
Keywords | FLUORESCENT PROTEIN / Complex / Nanobody / red fluorescent protein mCherry / LaM2 | |||||||||
Function / homology | Function and homology information | |||||||||
Biological species | Anaplasma marginale (bacteria) Camelus bactrianus (Bactrian camel) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.393 Å | |||||||||
Authors | Ding, Y. / Wang, Z.Y. / Hu, R.T. / Chen, X. | |||||||||
Funding support | China, 2items
| |||||||||
Citation | Journal: Protein Sci. / Year: 2021 Title: Structural insights into the binding of nanobodies LaM2 and LaM4 to the red fluorescent protein mCherry. Authors: Wang, Z. / Li, L. / Hu, R. / Zhong, P. / Zhang, Y. / Cheng, S. / Jiang, H. / Liu, R. / Ding, Y. | |||||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6ir2.cif.gz | 96.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb6ir2.ent.gz | 69.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6ir2.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6ir2_validation.pdf.gz | 436.9 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 6ir2_full_validation.pdf.gz | 440.1 KB | Display | |
Data in XML | 6ir2_validation.xml.gz | 21.1 KB | Display | |
Data in CIF | 6ir2_validation.cif.gz | 32.2 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ir/6ir2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ir/6ir2 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 6ir1C 2h5qS 3k1kS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
---|---|
Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
Unit cell |
|
-Components
#1: Protein | Mass: 25714.033 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Anaplasma marginale (bacteria) / Gene: mCherry / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: X5DSL3 |
---|---|
#2: Antibody | Mass: 13806.167 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Camelus bactrianus (Bactrian camel) / Production host: Escherichia coli (E. coli) |
#3: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.11 Å3/Da / Density % sol: 41.58 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.4 Details: 0.2M Magnesium chloride hexahydrate, 0.1M Tris pH 8.5, 25%(w/v) Polyethylene glycol 3,350. |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRF / Beamline: BL19U1 / Wavelength: 0.9793 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Jun 1, 2018 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9793 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.393→30 Å / Num. obs: 65784 / % possible obs: 97.9 % / Redundancy: 11.2 % / Rmerge(I) obs: 0.139 / Rpim(I) all: 0.043 / Rrim(I) all: 0.145 / Χ2: 2.585 / Net I/σ(I): 7.5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
|
-Processing
Software |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 2H5Q,3K1K Resolution: 1.393→29.396 Å / SU ML: 0.14 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / Phase error: 22.47
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 60.38 Å2 / Biso mean: 20.2168 Å2 / Biso min: 8.38 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.393→29.396 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 23
|