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- PDB-5dvj: Crystal structure of galactose complexed periplasmic glucose bind... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5dvj
タイトルCrystal structure of galactose complexed periplasmic glucose binding protein (ppGBP) from P. putida CSV86
要素Binding protein component of ABC sugar transporter
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Periplasmic glucose binding protein / sugar ABC transporter / galactose bound complex / crystallization / Pseudomonas
機能・相同性
機能・相同性情報


: / Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein / Periplasmic binding protein-like II / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
beta-D-galactopyranose / Probable sugar-binding periplasmic protein
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas putida CSV86 (バクテリア)
手法X線回折 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Pandey, S. / Modak, A. / Phale, P.S. / Bhaumik, P.
資金援助 インド, 2件
組織認可番号国
Dept. of Biotechnology, Govt. of IndiaBT/PR4954/BRB/10/1063/2012 インド
Ramalingaswami Fellowship, Dept. of Biotechnology, Govt. of India インド
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2016
タイトル: High Resolution Structures of Periplasmic Glucose-binding Protein of Pseudomonas putida CSV86 Reveal Structural Basis of Its Substrate Specificity
著者: Pandey, S. / Modak, A. / Phale, P.S. / Bhaumik, P.
履歴
登録2015年9月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年2月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年2月24日Group: Database references
改定 1.22016年4月27日Group: Database references
改定 1.32020年7月29日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / citation ...chem_comp / citation / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_oper_list / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _citation.journal_id_CSD / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42024年10月16日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Binding protein component of ABC sugar transporter
B: Binding protein component of ABC sugar transporter
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,9788
ポリマ－90,2422
非ポリマー7376
水20,4111133
1
A: Binding protein component of ABC sugar transporter
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,5855
ポリマ－45,1211
非ポリマー4644
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area160 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area15310 Å2
手法PISA
2
B: Binding protein component of ABC sugar transporter
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,3933
ポリマ－45,1211
非ポリマー2722
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area15600 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)102.650, 118.880, 66.570
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-975-

HOH

21B-1060-

HOH

31B-1115-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Binding protein component of ABC sugar transporter / Periplasmic glucose binding protein / ppGBP


分子量: 45120.875 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 24-421 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas putida CSV86 (バクテリア)
株: CSV86 / 遺伝子: CSV86_10737 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: H7BRJ8
#2: 糖 ChemComp-GAL / beta-D-galactopyranose / beta-D-galactose / D-galactose / galactose / β-D-ガラクトピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DGalpbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-galactopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GalpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GalSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1133 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.53 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.8
詳細: 0.1 M phosphate citrate buffer, 2 M ammonium sulphate
PH範囲: 4.2-4.8 / Temp details: 295

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2014年11月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→20 Å / Num. obs: 76051 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 10.1 % / Net I/σ(I): 19.97
反射 シェル解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 10 % / Mean I/σ(I) obs: 3.66 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0032精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
REFMAC位相決定
精密化解像度: 1.8→19.81 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.924 / SU B: 6.415 / SU ML: 0.108 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.132 / ESU R Free: 0.133 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22936 3803 5 %RANDOM
Rwork0.17721 ---
obs0.1798 72247 99.86 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 22.599 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.31 Å20 Å2-0 Å2
2---0.74 Å2-0 Å2
3----1.57 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.8→19.81 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6002 0 46 1138 7186
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0196206
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.025829
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9021.9418460
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9313.00113394
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4085802
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.0425.889270
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.50415965
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.9091515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1180.2935
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0217202
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021389
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6520.7843181
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.6480.7843180
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.0461.1733977
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.0461.1743978
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.0040.8843025
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other0.990.8783017
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other1.5461.2774467
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.4339.0058406
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.177.2437708
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.846 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.314 274 -
Rwork0.267 5208 -
obs--99.98 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.6350.7346-1.25293.2867-2.32162.9079-0.1060.28-0.0645-0.35930.16490.11430.1181-0.4158-0.05890.0682-0.008-0.00880.1553-0.02870.062968.57419.89445.381
20.55650.25650.26191.43520.05312.78660.0512-0.0461-0.07550.1108-0.0318-0.174-0.028-0.0269-0.01940.0127-0.0074-0.01290.0099-0.00480.064479.88214.29860.885
33.8152-0.06411.224510.19723.75083.380.23750.2413-1.00060.98790.0211-0.77550.51750.4187-0.25860.2427-0.0135-0.18140.1216-0.01650.538878.267-9.15465.92
40.64750.1741-0.56040.617-0.18032.67610.0342-0.04510.0308-0.0645-0.0419-0.0192-0.2431-0.18940.00770.04260.0303-0.02350.0325-0.01950.069762.186-15.55742.83
55.0446-3.5372-3.0042.51121.63469.5792-0.3173-0.10120.59350.37240.123-0.4496-3.0211-1.48060.19431.31760.6766-0.29410.5585-0.12140.166553.92-7.49228.062
61.31940.3784-1.22570.8928-0.65133.696-0.03360.1176-0.0689-0.13460.0049-0.0349-0.1139-0.39320.02870.04560.0367-0.00920.0616-0.0210.033461.78-18.59541.963
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A26 - 84
2X-RAY DIFFRACTION2A85 - 402
3X-RAY DIFFRACTION3A403 - 421
4X-RAY DIFFRACTION4B26 - 238
5X-RAY DIFFRACTION5B239 - 266
6X-RAY DIFFRACTION6B267 - 421

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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