PDB-6m35: Crystal structure of sulfur oxygenase reductase from Sulfurisphae...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6m35

タイトル

Crystal structure of sulfur oxygenase reductase from Sulfurisphaera tokodaii

要素

Sulfur oxygenase/reductase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / spherical homo 24-mer

機能・相同性

sulfur oxygenase/reductase / sulfur oxygenase/reductase activity / Sulphur oxygenase reductase / Sulphur oxygenase reductase / Dimeric alpha-beta barrel / metal ion binding / : / Sulfur oxygenase/reductase

機能・相同性情報

生物種

Sulfurisphaera tokodaii (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.73 Å

データ登録者

Sato, Y. / Yabuki, T. / Arakawa, T. / Yamada, C. / Fushinobu, S. / Wakagi, T.

資金援助

日本, 2件

引用

ジャーナル: J Struct Biol X / 年: 2020
タイトル: Crystallographic and cryogenic electron microscopic structures and enzymatic characterization of sulfur oxygenase reductase from .
著者: Yuta Sato / Takashi Yabuki / Naruhiko Adachi / Toshio Moriya / Takatoshi Arakawa / Masato Kawasaki / Chihaya Yamada / Toshiya Senda / Shinya Fushinobu / Takayoshi Wakagi /

要旨: Sulfur oxygenase reductases (SORs) are present in thermophilic and mesophilic archaea and bacteria, and catalyze oxygen-dependent oxygenation and disproportionation of elemental sulfur. SOR has a ...

履歴

登録	2020年3月2日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年7月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年8月26日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: citation / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
改定 1.2	2023年11月29日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6m35.cif.gz	521.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6m35.ent.gz	429 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6m35.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6m35_validation.pdf.gz	4.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6m35_full_validation.pdf.gz	4.5 MB	表示
XML形式データ	6m35_validation.xml.gz	98 KB	表示
CIF形式データ	6m35_validation.cif.gz	138.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m3/6m35 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m3/6m35	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	30073C 30362C 6m3xC 2cb2S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3bxv-1 6qkm-1 6qne-1 2yaw-1 2yax-1 6m3x-d 2yav-1 2cb2-1 6qmv-1 6qjc-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Sulfur oxygenase/reductase

B: Sulfur oxygenase/reductase

C: Sulfur oxygenase/reductase

D: Sulfur oxygenase/reductase

E: Sulfur oxygenase/reductase

F: Sulfur oxygenase/reductase

G: Sulfur oxygenase/reductase

H: Sulfur oxygenase/reductase

ヘテロ分子

288 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Sulfur oxygenase/reductase

B: Sulfur oxygenase/reductase

C: Sulfur oxygenase/reductase

D: Sulfur oxygenase/reductase

E: Sulfur oxygenase/reductase

F: Sulfur oxygenase/reductase

G: Sulfur oxygenase/reductase

H: Sulfur oxygenase/reductase

ヘテロ分子

A: Sulfur oxygenase/reductase

B: Sulfur oxygenase/reductase

C: Sulfur oxygenase/reductase

D: Sulfur oxygenase/reductase

E: Sulfur oxygenase/reductase

F: Sulfur oxygenase/reductase

G: Sulfur oxygenase/reductase

H: Sulfur oxygenase/reductase

ヘテロ分子

A: Sulfur oxygenase/reductase

B: Sulfur oxygenase/reductase

C: Sulfur oxygenase/reductase

D: Sulfur oxygenase/reductase

E: Sulfur oxygenase/reductase

F: Sulfur oxygenase/reductase

G: Sulfur oxygenase/reductase

H: Sulfur oxygenase/reductase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, > 16 mer, microscopy, cryo-EM
864 kDa, 24 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	299.806, 299.806, 299.806
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	197
Space group name H-M	I23

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: PRO / Beg label comp-ID: PRO / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Refine code: _ / Auth seq-ID: 2 - 311 / Label seq-ID: 2 - 311

NCSアンサンブル:

#1: タンパク質	Sulfur oxygenase/reductase 分子量: 35763.344 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Sulfurisphaera tokodaii (strain DSM 16993 / JCM 10545 / NBRC 100140 / 7) (古細菌) 株: DSM 16993 / JCM 10545 / NBRC 100140 / 7 / 遺伝子: sor, ST1127, STK_11270 / プラスミド: pET-17b / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): AI / 参照: UniProt: Q972K4, sulfur oxygenase/reductase
#2: 化合物	ChemComp-FE / FE (III) ION 分子量: 55.845 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1257 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.92 Å³/Da / 溶媒含有率: 68.66 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.1 詳細: 1.2 M ammonium sulfate, 100 mM MES-NaOH (pH 6.1), 4% dioxane

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月27日
放射	モノクロメーター: Numerical link type Si(111) double crystal プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.73→48.7 Å / Num. obs: 460150 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 20.7 % / B_iso Wilson estimate: 21.484 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.126 / R_pim(I) all: 0.028 / Net I/σ(I): 17.4
反射シェル	解像度: 1.73→1.76 Å / 冗長度: 19.5 % / R_merge(I) obs: 2.112 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 22755 / CC_1/2: 0.626 / R_pim(I) all: 0.491 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2CB2

2cb2

解像度: 1.73→48.68 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.971 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.964 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.07 / ESU R Free: 0.07
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1792	23051	5 %	RANDOM
R_work	0.162	-	-	-
obs	0.1629	437088	99.99 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 101.29 Å² / B_iso mean: 27.21 Å² / B_iso min: 17.28 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2
1-	0 Å²	0 Å²
2-	-	0 Å²
3-	-	-

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.73→48.68 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	20040	0	103	1257	21400
B_iso mean	-	-	45.73	35.06	-
残基数	-	-	-	-	2480

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.013	20702
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.035	0.017	18988
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.688	1.646	28076
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.288	1.565	44116
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.122	5	2472
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.494	22.687	1072
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.993	15	3488
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.863	15	104
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.098	0.2	2520
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	22920
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.017	0.02	4368

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	10643	0.02
1	2	B	10643	0.02
2	1	A	10665	0.02
2	2	C	10665	0.02
3	1	A	10646	0.02
3	2	D	10646	0.02
4	1	A	10641	0.02
4	2	E	10641	0.02
5	1	A	10667	0.02
5	2	F	10667	0.02
6	1	A	10654	0.02
6	2	G	10654	0.02
7	1	A	10656	0.02
7	2	H	10656	0.02
8	1	B	10671	0.02
8	2	C	10671	0.02
9	1	B	10624	0.02
9	2	D	10624	0.02
10	1	B	10667	0.02
10	2	E	10667	0.02
11	1	B	10642	0.02
11	2	F	10642	0.02
12	1	B	10670	0.02
12	2	G	10670	0.02
13	1	B	10674	0.02
13	2	H	10674	0.02
14	1	C	10644	0.02
14	2	D	10644	0.02
15	1	C	10687	0.02
15	2	E	10687	0.02
16	1	C	10666	0.02
16	2	F	10666	0.02
17	1	C	10692	0.02
17	2	G	10692	0.02
18	1	C	10693	0.01
18	2	H	10693	0.01
19	1	D	10638	0.02
19	2	E	10638	0.02
20	1	D	10655	0.02
20	2	F	10655	0.02
21	1	D	10641	0.03
21	2	G	10641	0.03
22	1	D	10647	0.02
22	2	H	10647	0.02
23	1	E	10655	0.02
23	2	F	10655	0.02
24	1	E	10680	0.02
24	2	G	10680	0.02
25	1	E	10683	0.02
25	2	H	10683	0.02
26	1	F	10661	0.02
26	2	G	10661	0.02
27	1	F	10658	0.02
27	2	H	10658	0.02
28	1	G	10687	0.02
28	2	H	10687	0.02

LS精密化シェル

解像度: 1.73→1.775 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.274	1668	-
R_work	0.261	32265	-
all	-	33933	-
obs	-	-	100 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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