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万見
- PDB-6m2h: A reaction intermediate of sirohydrochlorin nickelochelatase CfbA... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6m2h
タイトルA reaction intermediate of sirohydrochlorin nickelochelatase CfbA in complex with Ni2+ and sirohydrochlorin
要素Sirohydrochlorin cobaltochelatase
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / Chelatase
機能・相同性
機能・相同性情報


sirohydrochlorin nickelchelatase / sirohydrochlorin cobaltochelatase / sirohydrochlorin cobaltochelatase activity / anaerobic cobalamin biosynthetic process / methanogenesis / cobalt ion binding / nickel cation binding
類似検索 - 分子機能
Sirohydrochlorin cobaltochelatase / : / Sirohydrochlorin cobaltochelatase CbiX-like / CbiX
類似検索 - ドメイン・相同性
NICKEL (II) ION / Chem-SHN / Sirohydrochlorin cobaltochelatase
類似検索 - 構成要素
生物種Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Fujishiro, T.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)19H04639 日本
引用ジャーナル: Chem Sci / 年: 2021
タイトル: The nickel-sirohydrochlorin formation mechanism of the ancestral class II chelatase CfbA in coenzyme F430 biosynthesis.
著者: Fujishiro, T. / Ogawa, S.
履歴
登録2020年2月27日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年1月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年7月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume ..._citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sirohydrochlorin cobaltochelatase
B: Sirohydrochlorin cobaltochelatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,0885
ポリマ－33,1082
非ポリマー9803
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4910 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area11260 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.880, 68.880, 83.000
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number76
Space group name H-MP41
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: ARG / End label comp-ID: ARG / Refine code: _ / Auth seq-ID: 1 - 143 / Label seq-ID: 1 - 143

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

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要素

#1: タンパク質 Sirohydrochlorin cobaltochelatase / CbiXS / Sirohydrochlorin nickelchelatase


分子量: 16554.045 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii (strain ATCC 43067 / DSM 2661 / JAL-1 / JCM 10045 / NBRC 100440) (メタン生成菌)
遺伝子: cbiX, cfbA, MJ0970 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C41
参照: UniProt: Q58380, sirohydrochlorin cobaltochelatase, sirohydrochlorin nickelchelatase
#2: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#3: 化合物 ChemComp-SHN / 3,3',3'',3'''-[(7S,8S,12S,13S)-3,8,13,17-tetrakis(carboxymethyl)-8,13-dimethyl-7,8,12,13-tetrahydroporphyrin-2,7,12,18-tetrayl]tetrapropanoic acid


分子量: 862.832 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C42H46N4O16 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.63 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5
詳細: 0.1M ammonium sulfate, 0.3M Na-formate, 0.1M Na-acetate, 3% (w/v) gamma-PGA, 5% (w/v) PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 1.485766 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月22日
放射モノクロメーター: liquid-nitrogen-cooled Si(111) double-crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.485766 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→48.71 Å / Num. obs: 7105 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 12.831 % / Biso Wilson estimate: 92.576 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.117 / Rrim(I) all: 0.122 / Χ2: 0.929 / Net I/σ(I): 16.3 / Num. measured all: 91166 / Scaling rejects: 186
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
3.1-3.213.7610.9313.0189866536530.830.967100
3.2-3.313.4350.7094.3476045665660.890.738100
3.3-3.412.7070.5585.5262394914910.9450.583100
3.4-3.511.450.636651414574490.9610.66898.2
3.5-412.7570.25411.7820538162016100.990.26699.4
4-612.9570.12123.4630216233223320.9960.126100
6-1012.6330.07231.3398797827820.9980.075100
10-48.7111.5450.06135.2325632242220.9970.06499.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2XWS

2xws


解像度: 3.1→48.71 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.956 / WRfactor Rfree: 0.2377 / WRfactor Rwork: 0.1749 / FOM work R set: 0.8291 / SU B: 15.968 / SU ML: 0.284 / SU Rfree: 0.3725 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.373 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2194 356 5 %RANDOM
Rwork0.1708 ---
obs0.1732 6748 99.72 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 252.73 Å2 / Biso mean: 97.846 Å2 / Biso min: 47.45 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.04 Å20 Å20 Å2
2--0.04 Å20 Å2
3----0.07 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.1→48.71 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1888 0 64 0 1952
Biso mean--189.61 --
残基数----238
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0121989
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.971.6872690
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4265234
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.92520.81698
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg22.99715364
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.7421518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1240.2266
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.021494
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 3566 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.09 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 3.1→3.18 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.277 27 -
Rwork0.206 499 -
all-526 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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