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- PDB-5v3z: Crystal Structure of the D1607N mutant form of Thioesterase domai... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5v3z | ||||||
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Title | Crystal Structure of the D1607N mutant form of Thioesterase domain of Mtb Pks13 | ||||||
![]() | Polyketide synthase Pks13 (Termination polyketide synthase) | ||||||
![]() | TRANSFERASE / Thioesterase domain / D1607N mutant / Pks13 / Mycobacterium / polyketide synthase / mycolic acid condensation / TB Structural Genomics Consortium / TBSGC / alpha/beta hydrolase / thioesterase | ||||||
Function / homology | ![]() DIM/DIP cell wall layer assembly / fatty acid synthase activity / secondary metabolite biosynthetic process / biosynthetic process / hydrolase activity, acting on ester bonds / phosphopantetheine binding / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / Transferases; Acyltransferases; Transferring groups other than aminoacyl groups / nucleotidyltransferase activity / fatty acid biosynthetic process ...DIM/DIP cell wall layer assembly / fatty acid synthase activity / secondary metabolite biosynthetic process / biosynthetic process / hydrolase activity, acting on ester bonds / phosphopantetheine binding / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / Transferases; Acyltransferases; Transferring groups other than aminoacyl groups / nucleotidyltransferase activity / fatty acid biosynthetic process / Transferases; Transferring phosphorus-containing groups; Nucleotidyltransferases / plasma membrane / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Aggarwal, A. / Sacchettini, J.C. | ||||||
![]() | ![]() Title: Development of a Novel Lead that Targets M. tuberculosis Polyketide Synthase 13. Authors: Aggarwal, A. / Parai, M.K. / Shetty, N. / Wallis, D. / Woolhiser, L. / Hastings, C. / Dutta, N.K. / Galaviz, S. / Dhakal, R.C. / Shrestha, R. / Wakabayashi, S. / Walpole, C. / Matthews, D. / ...Authors: Aggarwal, A. / Parai, M.K. / Shetty, N. / Wallis, D. / Woolhiser, L. / Hastings, C. / Dutta, N.K. / Galaviz, S. / Dhakal, R.C. / Shrestha, R. / Wakabayashi, S. / Walpole, C. / Matthews, D. / Floyd, D. / Scullion, P. / Riley, J. / Epemolu, O. / Norval, S. / Snavely, T. / Robertson, G.T. / Rubin, E.J. / Ioerger, T.R. / Sirgel, F.A. / van der Merwe, R. / van Helden, P.D. / Keller, P. / Bottger, E.C. / Karakousis, P.C. / Lenaerts, A.J. / Sacchettini, J.C. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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PDB format | ![]() | 184.6 KB | Display | ![]() |
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Others | ![]() |
-Validation report
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Data in XML | ![]() | 26.3 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 37.1 KB | Display | |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 5v3wSC ![]() 5v3xC ![]() 5v3yC ![]() 5v40C ![]() 5v41C ![]() 5v42C S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLN / Beg label comp-ID: GLN / End auth comp-ID: ARG / End label comp-ID: ARG / Auth seq-ID: 1451 - 1726 / Label seq-ID: 4 - 279
|
-
Components
#1: Protein | Mass: 31776.758 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: thioesterase domain (UNP residues 113-395) / Mutation: D1607N Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() References: UniProt: A0A0T9CRX1, UniProt: I6X8D2*PLUS, Transferases; Transferring phosphorus-containing groups; Nucleotidyltransferases #2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-SO4 / | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.21 Å3/Da / Density % sol: 44.25 % |
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Crystal grow | Temperature: 290 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 Details: 0.1 M HEPES, 2%-4% v/v PEG400, 1.8-2 M ammonium sulfate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Mar 20, 2013 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.979 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.88→50 Å / Num. obs: 43322 / % possible obs: 93.2 % / Redundancy: 4.9 % / Biso Wilson estimate: 29.53 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.126 / Rpim(I) all: 0.07 / Rrim(I) all: 0.134 / Χ2: 0.924 / Net I/av σ(I): 9.129 / Net I/σ(I): 4.6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB entry 5V3W Resolution: 1.881→44.364 Å / SU ML: 0.25 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / Phase error: 23.42
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 90.2 Å2 / Biso mean: 36.3567 Å2 / Biso min: 14.73 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.881→44.364 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 15
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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