PDB-6m2f: Sirohydrochlorin nickelochelatase CfbA in complex with nickel-sir...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6m2f

タイトル

Sirohydrochlorin nickelochelatase CfbA in complex with nickel-sirohydrochlorin

要素

Sirohydrochlorin cobaltochelatase

キーワード

BIOSYNTHETIC PROTEIN / Chelatase

機能・相同性

機能・相同性情報

sirohydrochlorin nickelchelatase / sirohydrochlorin cobaltochelatase / sirohydrochlorin cobaltochelatase activity / anaerobic cobalamin biosynthetic process / methanogenesis / cobalt ion binding / nickel cation binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Fujishiro, T.

資金援助

日本, 1件

引用

ジャーナル: Chem Sci / 年: 2021
タイトル: The nickel-sirohydrochlorin formation mechanism of the ancestral class II chelatase CfbA in coenzyme F430 biosynthesis.
著者: Fujishiro, T. / Ogawa, S.

履歴

登録	2020年2月27日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2021年1月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年7月7日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume ..._citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2023年11月29日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6m2f.cif.gz	115.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6m2f.ent.gz	87.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6m2f.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6m2f_validation.pdf.gz	952.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6m2f_full_validation.pdf.gz	963.3 KB	表示
XML形式データ	6m2f_validation.xml.gz	13 KB	表示
CIF形式データ	6m2f_validation.cif.gz	16.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m2/6m2f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m2/6m2f	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6m25C 6m26C 6m27C 6m28C 6m29C 6m2aC 6m2eC 6m2gC 6m2hC 2xwsS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6m28-d 6m2e-d 6m2g-d 6m26-d 6m27-d 6m2h-d 2xvx-d 5v3x-1 5h5a-4 2v9f-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Sirohydrochlorin cobaltochelatase

B: Sirohydrochlorin cobaltochelatase

ヘテロ分子

34 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	68.240, 68.240, 82.010
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	76
Space group name H-M	P4₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: ARG / End label comp-ID: ARG / Refine code: _ / Auth seq-ID: 1 - 143 / Label seq-ID: 1 - 143

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B

#1: タンパク質	Sirohydrochlorin cobaltochelatase / CbiXS / Sirohydrochlorin nickelchelatase 分子量: 16554.045 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii (strain ATCC 43067 / DSM 2661 / JAL-1 / JCM 10045 / NBRC 100440) (メタン生成菌) 遺伝子: cbiX, cfbA, MJ0970 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C41 参照: UniProt: Q58380, sirohydrochlorin cobaltochelatase, sirohydrochlorin nickelchelatase
#2: 化合物	ChemComp-F0L / nickel-sirohydrochlorin 分子量: 919.509 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄₂H₄₄N₄NiO₁₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.88 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.35 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.8 / 詳細: 0.3M Na-malonate, 0.1M Tris, 8% (w/v) gamma-PGA

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SPring-8

/ ビームライン: BL44XU / 波長: 1.48539 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月22日

放射

モノクロメーター: liquid-nitrogen-cooled Si(111) double-crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.48539 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.4→48.25 Å / Num. obs: 14774 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.854 % / B_iso Wilson estimate: 79.866 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.064 / R_rim(I) all: 0.07 / Χ²: 1.039 / Net I/σ(I): 14.81 / Num. measured all: 198167

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
2.4-2.5	7.15	0.733	2.71	23839	3334	3334	0.793	0.791	100
2.5-2.6	7.077	0.501	3.99	20070	2836	2836	0.911	0.542	100
2.6-2.7	7.083	0.35	5.54	17255	2436	2436	0.958	0.377	100
2.7-2.8	7.016	0.243	7.54	14712	2097	2097	0.982	0.262	100
2.8-2.9	6.893	0.197	9.46	12615	1830	1830	0.982	0.213	100
2.9-3	6.752	0.144	11.74	10581	1567	1567	0.991	0.156	100
3-3.1	6.314	0.108	14.33	8833	1399	1399	0.994	0.118	100
3.1-3.2	6.555	0.098	16.5	7990	1221	1219	0.993	0.106	99.8
3.2-3.3	6.34	0.085	18.53	6708	1058	1058	0.994	0.093	100
3.3-3.4	7.093	0.077	21.22	7008	988	988	0.996	0.084	100
3.4-3.5	7.07	0.075	22.03	5684	806	804	0.997	0.081	99.8
3.5-4	6.941	0.066	24.72	21463	3093	3092	0.997	0.071	100
4-6	6.507	0.059	26.26	28632	4402	4400	0.997	0.064	100
6-10	6.897	0.055	28.23	10028	1455	1454	0.998	0.06	99.9
10-48.25	6.89	0.049	28.41	2749	402	399	0.998	0.053	99.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
REFMAC	5.8.0258	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
XDS		データ削減
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2XWS

2xws

解像度: 2.4→48.25 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.971 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.967 / SU B: 16.888 / SU ML: 0.176 / SU R Cruickshank DPI: 0.2647 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.265 / ESU R Free: 0.204 / 詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2223	739	5 %	RANDOM
R_work	0.1895	-	-	-
obs	0.1911	14035	99.97 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 225 Å² / B_iso mean: 84.743 Å² / B_iso min: 43.43 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.01 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.01 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.01 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.4→48.25 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1920	0	63	6	1989
B_iso mean	-	-	159.13	74.01	-
残基数	-	-	-	-	242

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.012	2020
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.732	1.692	2748
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.964	5	238
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.231	21	100
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	23.871	15	370
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	24.147	15	18
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.166	0.2	270
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.012	0.02	1524

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 3611 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.12 Å / Weight position: 0.05

Dom-ID	Auth asym-ID
1	A
2	B

LS精密化シェル

解像度: 2.4→2.462 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.299	54	-
R_work	0.29	1030	-
all	-	1084	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.9195	-0.4122	0.1539	0.3957	1.0158	3.6482	-0.0943	0.4647	-0.2629	-0.0583	-0.0846	0.1349	-0.268	0.0121	0.179	0.0292	-0.0352	-0.0181	0.2232	0.0343	0.1423	-17.441	13.2004	-15.1562
2	0.0767	0.1098	0.4251	0.3492	0.1556	3.6499	0.0708	0.0509	0.023	0.1399	-0.0377	0.0591	0.4396	0.6229	-0.0331	0.1447	0.0785	-0.0109	0.134	-0.0148	0.1174	-13.5604	8.8494	-4.943
3	0.2749	-0.3365	-0.8705	1.8997	-0.023	3.6145	-0.05	-0.0373	-0.0971	0.4596	-0.1199	0.1968	-0.0812	0.2384	0.1699	0.2093	-0.0289	-0.0229	0.0277	0.0064	0.1431	-21.0345	16.8346	15.4908
4	5.8281	-2.2357	1.4442	4.1839	3.3326	5.1246	0.1465	-0.418	-0.4062	0.3242	-0.1939	0.1605	0.301	-0.7533	0.0474	0.1848	0.1147	-0.1064	0.3521	-0.0521	0.149	-32.3759	17.9344	6.5982
5	1.1379	-0.4284	-2.0366	0.5441	1.8376	6.9163	-0.0616	0.3717	-0.1244	-0.1998	-0.0704	-0.0016	-0.6565	-0.3725	0.132	0.2096	-0.0951	0.03	0.1747	-0.0089	0.0823	-19.4141	22.0625	3.6657

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 62
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	63 - 143
3	X-RAY DIFFRACTION	3	B	1 - 63
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	64 - 112
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	113 - 143

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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