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万見
- PDB-6m05: Trimolecular G-quadruplex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6m05
タイトルTrimolecular G-quadruplex
要素DNA (5'-D(*GP*TP*TP*AP*GP*G)-3')
キーワードDNA / Trimolecular G-quadruplex / Human / Tolerance
機能・相同性DNA
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Jing, H.T. / Fu, W.Q. / Zhang, N.
資金援助 中国, 3件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)U1932157 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)21372223 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)U1232145 中国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2021
タイトル: NMR structural study on the self-trimerization of d(GTTAGG) into a dynamic trimolecular G-quadruplex assembly preferentially in Na+ solution with a moderate K+ tolerance.
著者: Jing, H. / Fu, W. / Hu, W. / Xu, S. / Xu, X. / He, M. / Liu, Y. / Zhang, N.
履歴
登録2020年2月20日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年1月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年8月4日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(*GP*TP*TP*AP*GP*G)-3')
B: DNA (5'-D(*GP*TP*TP*AP*GP*G)-3')
C: DNA (5'-D(*GP*TP*TP*AP*GP*G)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,5933
ポリマ－5,5933
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: TOCSY (Total Correlation Spectroscopy) , 13C,1H (Heteronculear Single Quantum Coherence), 15N,1H (Heteronculear Single Quantum Coherence).
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area1230 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area3910 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*TP*TP*AP*GP*G)-3')


分子量: 1864.252 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-1H NOESY
152isotropic12D 1H-1H NOESY
161isotropic12D 1H-15N HSQC
172isotropic12D 1H-13C HSQC aromatic

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution18 mM DNA (5'-D(*GP*TP*TP*AP*GP*G)-3'), 20 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 10 % v/v D2O, 90 v/v H2O, 90% H2O/10% D2OH2O_sample90% H2O/10% D2O
solution28 mM DNA (5'-D(*GP*TP*TP*AP*GP*G)-3'), 100 mM sodium chloride, 20 mM sodium phosphate, 100 % v/v D2O, 100% D2OD2O_sample100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
8 mMDNA (5'-D(*GP*TP*TP*AP*GP*G)-3')natural abundance1
20 mMsodium phosphatenatural abundance1
100 mMsodium chloridenatural abundance1
10 % v/vD2Onatural abundance1
90 v/vH2Onatural abundance1
8 mMDNA (5'-D(*GP*TP*TP*AP*GP*G)-3')natural abundance2
100 mMsodium chloridenatural abundance2
20 mMsodium phosphatenatural abundance2
100 % v/vD2Onatural abundance2
試料状態イオン強度: 100 mM / Label: 288K_condition / pH: 6.8 / 圧: 1 atm / 温度: 288 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
X-PLOR NIH3.0.3Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
CcpNmr Analysis2.4.2CCPNchemical shift assignment
TopSpin3.6.2Bruker Biospincollection
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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