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- PDB-6lz2: Crystal structure of a thermostable green fluorescent protein (TG... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6lz2
タイトルCrystal structure of a thermostable green fluorescent protein (TGP) with a synthetic nanobody (Sb44)
要素
  • Thermostable green fluorescent protein
  • synthetic nanobody (sybody) 44 against the thermostable green fluorescent protein (TGP)
キーワードFLUORESCENT PROTEIN / complex / GFP / nanobody / single-chain antibody / sybody / synthetic antibody / TGP / thermostable green fluorescent protein
機能・相同性ACETATE ION
機能・相同性情報
生物種Galaxea fascicularis (アザミサンゴ)
Lama glama (ラマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.03 Å
データ登録者Cai, H. / Yao, H. / Li, T. / Hutter, C. / Tang, Y. / Li, Y. / Seeger, M. / Li, D.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, China)31870726 中国
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2020
タイトル: An improved fluorescent tag and its nanobodies for membrane protein expression, stability assay, and purification.
著者: Cai, H. / Yao, H. / Li, T. / Hutter, C.A.J. / Li, Y. / Tang, Y. / Seeger, M.A. / Li, D.
履歴
登録2020年2月17日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年12月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_validate_torsion / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id
改定 2.12023年11月29日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
改定 2.22024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thermostable green fluorescent protein
B: synthetic nanobody (sybody) 44 against the thermostable green fluorescent protein (TGP)
C: Thermostable green fluorescent protein
D: synthetic nanobody (sybody) 44 against the thermostable green fluorescent protein (TGP)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,12313
ポリマ－84,5344
非ポリマー5889
水8,449469
1
A: Thermostable green fluorescent protein
B: synthetic nanobody (sybody) 44 against the thermostable green fluorescent protein (TGP)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,3725
ポリマ－42,2672
非ポリマー1053
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2130 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area14670 Å2
手法PISA
2
C: Thermostable green fluorescent protein
D: synthetic nanobody (sybody) 44 against the thermostable green fluorescent protein (TGP)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,7518
ポリマ－42,2672
非ポリマー4836
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2580 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area15160 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.610, 83.486, 184.562
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

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タンパク質 / 抗体 , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 Thermostable green fluorescent protein


分子量: 26699.957 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: uniprot A8CLT2
由来: (組換発現) Galaxea fascicularis (アザミサンゴ)
遺伝子: Green fluorescent GFP-like protein / プラスミド: pEC / 詳細 (発現宿主): pET based vector / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#2: 抗体 synthetic nanobody (sybody) 44 against the thermostable green fluorescent protein (TGP)


分子量: 15567.152 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / プラスミド: pEC / 詳細 (発現宿主): pET based vector / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)

-
非ポリマー , 5種, 478分子

#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 469 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.7 % / 解説: 0.2-mm plate clusters
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.2M ammonium acetate, 25 %(w/v) polyethylene glycol 3350, 0.1M Bis-Tris pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年1月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.03→49.53 Å / Num. obs: 52046 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 13.1 % / Biso Wilson estimate: 34.87 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.127 / Rpim(I) all: 0.037 / Χ2: 0.94 / Net I/σ(I): 13.9
反射 シェル解像度: 2.03→2.09 Å / 冗長度: 11.9 % / Rmerge(I) obs: 1.694 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 3497 / CC1/2: 0.67 / CC star: 0.896 / Rpim(I) all: 0.504 / Χ2: 0.84 / % possible all: 91.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4tza, 5m13

4tza

5m13


解像度: 2.03→45.04 Å / SU ML: 0.2348 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.3682
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2149 1990 3.84 %Random selection
Rwork0.1747 ---
obs0.1763 51766 99.28 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 39.4 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.03→45.04 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5308 0 38 469 5815
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00745663
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.92997672
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0573785
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00541002
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.9526824
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.03-2.090.31471270.27263216X-RAY DIFFRACTION90.89
2.09-2.140.29321410.23123520X-RAY DIFFRACTION99.97
2.14-2.210.2811400.21373505X-RAY DIFFRACTION99.89
2.21-2.280.26931420.20923541X-RAY DIFFRACTION99.95
2.28-2.360.23421410.19633520X-RAY DIFFRACTION99.86
2.36-2.450.23331430.19873570X-RAY DIFFRACTION99.97
2.45-2.560.28271420.20713532X-RAY DIFFRACTION99.95
2.56-2.70.26511410.19253537X-RAY DIFFRACTION99.95
2.7-2.870.251430.19813589X-RAY DIFFRACTION99.95
2.87-3.090.26381430.19863568X-RAY DIFFRACTION100
3.09-3.40.19191430.17553578X-RAY DIFFRACTION100
3.4-3.890.2011450.15653619X-RAY DIFFRACTION100
3.89-4.90.17931470.12973674X-RAY DIFFRACTION100
4.9-45.040.16311520.16083807X-RAY DIFFRACTION99.45

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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