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- PDB-6luq: Haloperidol bound D2 dopamine receptor structure inspired discove... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6luq
タイトルHaloperidol bound D2 dopamine receptor structure inspired discovery of subtype selective ligands
要素chimera of D(2) dopamine receptor and Endolysin
キーワードMEMBRANE PROTEIN / GPCR / Dopamine Receptor / Haloperidol / D2 Dopamine Receptor
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of locomotion involved in locomotory behavior / negative regulation of dopamine receptor signaling pathway / positive regulation of dopamine uptake involved in synaptic transmission / negative regulation of circadian sleep/wake cycle, sleep / acid secretion / positive regulation of glial cell-derived neurotrophic factor production / dopamine neurotransmitter receptor activity, coupled via Gi/Go / auditory behavior / nervous system process involved in regulation of systemic arterial blood pressure / regulation of synapse structural plasticity ...regulation of locomotion involved in locomotory behavior / negative regulation of dopamine receptor signaling pathway / positive regulation of dopamine uptake involved in synaptic transmission / negative regulation of circadian sleep/wake cycle, sleep / acid secretion / positive regulation of glial cell-derived neurotrophic factor production / dopamine neurotransmitter receptor activity, coupled via Gi/Go / auditory behavior / nervous system process involved in regulation of systemic arterial blood pressure / regulation of synapse structural plasticity / response to histamine / positive regulation of renal sodium excretion / adenohypophysis development / neuron-neuron synaptic transmission / hyaloid vascular plexus regression / cerebral cortex GABAergic interneuron migration / regulation of potassium ion transport / negative regulation of neuron migration / Dopamine receptors / adenylate cyclase-inhibiting dopamine receptor signaling pathway / negative regulation of cellular response to hypoxia / orbitofrontal cortex development / response to inactivity / dopamine binding / regulation of dopamine uptake involved in synaptic transmission / branching morphogenesis of a nerve / negative regulation of voltage-gated calcium channel activity / negative regulation of dopamine secretion / positive regulation of growth hormone secretion / heterotrimeric G-protein binding / behavioral response to ethanol / dopaminergic synapse / drinking behavior / peristalsis / G protein-coupled receptor complex / phospholipase C-activating dopamine receptor signaling pathway / grooming behavior / positive regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / positive regulation of urine volume / striatum development / negative regulation of adenylate cyclase activity / positive regulation of multicellular organism growth / negative regulation of synaptic transmission, glutamatergic / G protein-coupled receptor internalization / non-motile cilium / response to morphine / adult walking behavior / response to iron ion / ciliary membrane / dopamine uptake involved in synaptic transmission / regulation of synaptic transmission, GABAergic / arachidonic acid secretion / temperature homeostasis / pigmentation / postsynaptic modulation of chemical synaptic transmission / heterocyclic compound binding / dopamine metabolic process / positive regulation of neuroblast proliferation / negative regulation of cytosolic calcium ion concentration / regulation of dopamine secretion / positive regulation of cytokinesis / associative learning / positive regulation of receptor internalization / behavioral response to cocaine / lateral plasma membrane / endocytic vesicle / G-protein alpha-subunit binding / neuroblast proliferation / response to axon injury / response to light stimulus / GABA-ergic synapse / potassium channel regulator activity / sperm flagellum / negative regulation of protein secretion / negative regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / negative regulation of insulin secretion / prepulse inhibition / long-term memory / axon terminus / adenylate cyclase-activating adrenergic receptor signaling pathway / regulation of sodium ion transport / release of sequestered calcium ion into cytosol / viral release from host cell by cytolysis / synapse assembly / response to amphetamine / presynaptic modulation of chemical synaptic transmission / negative regulation of blood pressure / negative regulation of innate immune response / excitatory postsynaptic potential / regulation of heart rate / peptidoglycan catabolic process / negative regulation of cell migration / axonogenesis / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / acrosomal vesicle / negative regulation of protein phosphorylation / response to cocaine / epithelial cell proliferation / positive regulation of long-term synaptic potentiation / locomotory behavior
類似検索 - 分子機能
Dopamine D2 receptor / Dopamine receptor family / Endolysin T4 type / T4-type lysozyme / Glycoside hydrolase, family 24 / Lysozyme domain superfamily / Phage lysozyme / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like ...Dopamine D2 receptor / Dopamine receptor family / Endolysin T4 type / T4-type lysozyme / Glycoside hydrolase, family 24 / Lysozyme domain superfamily / Phage lysozyme / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / Lysozyme-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-GMJ / OLEIC ACID / Endolysin / D(2) dopamine receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Enterobacteria phage T4 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Fan, L. / Tan, L. / Chen, Z. / Qi, J. / Nie, F. / Luo, Z. / Cheng, J. / Wang, S.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
Chinese Academy of SciencesXDB19000000 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Haloperidol bound D2dopamine receptor structure inspired the discovery of subtype selective ligands.
著者: Fan, L. / Tan, L. / Chen, Z. / Qi, J. / Nie, F. / Luo, Z. / Cheng, J. / Wang, S.
履歴
登録2020年1月30日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年3月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年3月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity_name_com / pdbx_initial_refinement_model
Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: chimera of D(2) dopamine receptor and Endolysin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,3856
ポリマ－48,8791
非ポリマー1,5065
水18010
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area440 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area20930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.433, 72.820, 150.269
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 chimera of D(2) dopamine receptor and Endolysin / Dopamine D2 receptor / Lysis protein / Lysozyme / Muramidase


分子量: 48879.402 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Enterobacteria phage T4 (ファージ)
遺伝子: DRD2, e, T4Tp126
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P14416, UniProt: D9IEF7, lysozyme
#2: 化合物 ChemComp-GMJ / 4-[4-(4-chlorophenyl)-4-hydroxypiperidin-1-yl]-1-(4-fluorophenyl)butan-1-one / Haloperidol / ハロペリド-ル


分子量: 375.864 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H23ClFNO2 / 詳細: Haloperidol / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 薬剤, 抗精神病薬*YM
#3: 化合物
ChemComp-OLA / OLEIC ACID / オレイン酸


分子量: 282.461 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H34O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.42 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法
詳細: 100 mM Tris/HCl pH 7.5, 150 mM sodium malonate, 30% PEG400

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→50 Å / Num. obs: 10160 / % possible obs: 93.1 % / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.2 / Net I/σ(I): 7.3
反射 シェル解像度: 3.1→3.2 Å / Rmerge(I) obs: 1.13 / Num. unique obs: 1028

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0253精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6CM4

6cm4


解像度: 3.1→33.386 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.93 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.919 / SU B: 22.498 / SU ML: 0.373 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.437 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.229 468 4.747 %RANDOM
Rwork0.2152 ---
all0.216 ---
obs-9858 93.114 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 71.564 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.871 Å20 Å20 Å2
2--1.617 Å20 Å2
3----3.488 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→33.386 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3168 0 106 10 3284
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0133337
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.0173142
X-RAY DIFFRACTIONr_ext_dist_refined_d00.011
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2751.6474541
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.6011.5727176
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5925417
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.27520.476147
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.64515470
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.4621521
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0470.2469
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr_other1.6220.28
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0520.023701
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0450.02746
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2220.2924
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.20.23097
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.180.21732
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0880.21391
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1740.292
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.1830.22
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.1820.222
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2230.270
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1040.22
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
3.1-3.180.375330.3196900.3217750.6870.6993.29030.301
3.18-3.2660.353350.3126560.3147200.7110.75795.97220.288
3.266-3.360.303290.2686670.277380.8560.83794.30890.244
3.36-3.4620.285320.2685970.2686770.8670.86692.90990.236
3.462-3.5750.332320.246180.2446900.7770.87794.20290.205
3.575-3.6980.182200.2075930.2066600.9420.91392.87880.174
3.698-3.8360.229250.2075710.2086390.9180.9393.27070.18
3.836-3.9910.213380.195310.1926010.9270.94594.67550.168
3.991-4.1660.192290.1945430.1946080.9570.94194.07890.168
4.166-4.3650.194280.1854930.1865580.9530.94693.36920.174
4.365-4.5970.195310.1914870.1915540.950.95293.50180.176
4.597-4.870.198160.1714520.1725110.9580.95591.58510.158
4.87-5.1990.263260.1894330.1924970.920.95292.35410.175
5.199-5.6040.226180.2154060.2154620.9530.94691.77490.195
5.604-6.1220.276120.2543780.2554180.9380.94193.30140.226
6.122-6.8150.285180.243430.2423880.9520.94193.04120.216
6.815-7.8160.144100.193100.1883500.9710.96191.42860.197
7.816-9.4440.172120.162700.163040.9710.96892.76320.174
9.444-12.8510.141160.1982150.1942580.9680.95189.53490.222
12.851-33.3860.41180.3241360.3291650.7560.88587.27270.353

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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