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- PDB-3i8d: The Pairing Geometry of the Hydrophobic Thymine Analog 2,4-Difluo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3i8d
タイトルThe Pairing Geometry of the Hydrophobic Thymine Analog 2,4-Difluorotoluene in Duplex DNA as Analyzed by X-ray Crystallography
要素
  • 5'-D(*CP*GP*CP*GP*AP*AP*TP*(DFT)P*CP*GP*CP*G)-3'
  • Ribonuclease H
キーワードHYDROLASE/DNA / RNase-H / RNase-H DNA-complex / 2 / 4-Difluorotoluene / thymine isostere / hydrophobic base / Endonuclease / Hydrolase / Magnesium / Manganese / Metal-binding / Nuclease / HYDROLASE-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA replication, removal of RNA primer / ribonuclease H / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / nucleic acid binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ribonuclease H, Bacteroides-type / Ribonuclease H1, N-terminal / Ribonuclease H1, N-terminal domain superfamily / Ribonuclease H1 N-terminal domain / : / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Ribosomal protein L9/RNase H1, N-terminal / RNase H type-1 domain profile. / Ribonuclease H domain / Nucleotidyltransferase; domain 5 ...Ribonuclease H, Bacteroides-type / Ribonuclease H1, N-terminal / Ribonuclease H1, N-terminal domain superfamily / Ribonuclease H1 N-terminal domain / : / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Ribosomal protein L9/RNase H1, N-terminal / RNase H type-1 domain profile. / Ribonuclease H domain / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Ribonuclease H
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus halodurans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / using MOLREP / 解像度: 1.61 Å
データ登録者Egli, M. / Pallan, P.S.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2009
タイトル: Pairing geometry of the hydrophobic thymine analogue 2,4-difluorotoluene in duplex DNA as analyzed by X-ray crystallography.
著者: Pallan, P.S. / Egli, M.
履歴
登録2009年7月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年9月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software / Item: _software.name
改定 1.32021年10月13日Group: Advisory / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms ...database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年9月6日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribonuclease H
B: 5'-D(*CP*GP*CP*GP*AP*AP*TP*(DFT)P*CP*GP*CP*G)-3'
C: Ribonuclease H
D: 5'-D(*CP*GP*CP*GP*AP*AP*TP*(DFT)P*CP*GP*CP*G)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,1868
ポリマ－37,8174
非ポリマー3684
水4,161231
1
A: Ribonuclease H
B: 5'-D(*CP*GP*CP*GP*AP*AP*TP*(DFT)P*CP*GP*CP*G)-3'
ヘテロ分子

A: Ribonuclease H
B: 5'-D(*CP*GP*CP*GP*AP*AP*TP*(DFT)P*CP*GP*CP*G)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,0016
ポリマ－37,8174
非ポリマー1842
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area5840 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area15820 Å2
手法PISA
2
C: Ribonuclease H
D: 5'-D(*CP*GP*CP*GP*AP*AP*TP*(DFT)P*CP*GP*CP*G)-3'
ヘテロ分子

C: Ribonuclease H
D: 5'-D(*CP*GP*CP*GP*AP*AP*TP*(DFT)P*CP*GP*CP*G)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,37010
ポリマ－37,8174
非ポリマー5536
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
Buried area6910 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area15580 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)96.178, 66.714, 77.571
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 121.04, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
詳細The second part of the biological assembly is generated by the two fold axis rotation of chain A and B by: -x, y, -z.

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要素

#1: タンパク質 Ribonuclease H / RNase H


分子量: 15243.206 Da / 分子数: 2 / 断片: RNase-H / 変異: D132N / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus halodurans (バクテリア)
遺伝子: BACILLUS HALODURANS, BH0863, RNase-H D132N mutant, rnhA
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9KEI9, ribonuclease H
#2: DNA鎖 5'-D(*CP*GP*CP*GP*AP*AP*TP*(DFT)P*CP*GP*CP*G)-3'


分子量: 3665.398 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 231 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.37 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 0.1 M NaOAc 3H2O (pH 4.6) and 8% (w/v) PEG 4000 , VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.9787 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年11月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9787 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.61→50 Å / Num. all: 53844 / Num. obs: 52821 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 0.053 / Net I/σ(I): 39.4
反射 シェル解像度: 1.61→1.64 Å / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.56 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. measured all: 2686 / Num. unique all: 2203

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345データ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.5.0093精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: using MOLREP
開始モデル: PDB ID 3D0P

3d0p


解像度: 1.61→49.39 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.954 / SU B: 4.099 / SU ML: 0.064 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.088 / ESU R Free: 0.094 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: TLS refinement in REFMAC was used
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23837 2690 5.1 %RANDOM
Rwork0.19721 ---
obs0.19929 50108 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 16.68 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.58 Å20 Å2-0.69 Å2
2---0.94 Å20 Å2
3---0.82 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.61→49.39 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2154 486 24 231 2895
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.030.0222745
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.5362.1813811
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2415262
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.77225.30698
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.63715395
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.398158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1850.2416
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0160.0211892
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4571.51310
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.35922127
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.42931435
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.6644.51682
LS精密化 シェル解像度: 1.613→1.655 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.394 158 -
Rwork0.329 2922 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.74610.16830.46283.7545-0.16812.12690.0484-0.0075-0.08310.2655-0.0966-0.0531-0.03710.4430.04820.0566-0.0192-0.01510.15460.04290.020621.2488-1.24382.6758
23.39740.6534-1.07930.1289-0.25651.3937-0.03470.02060.23150.00960.00540.0289-0.20440.01170.02930.1763-0.001-0.04660.04410.00230.18241.13358.58680.088
31.46750.57740.47375.3768-0.11551.0123-0.02680.0692-0.01110.14020.0680.1862-0.00710.0844-0.04120.0310.00560.00460.04230.01640.017449.53752.352436.1506
45.75990.8823-0.86640.1379-0.10540.4733-0.2099-0.05880.2732-0.03740.00060.05570.03690.08530.20930.13250.0015-0.07710.0680.00690.451329.454712.203532.9187
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A62 - 193
2X-RAY DIFFRACTION1A601
3X-RAY DIFFRACTION1A1 - 242
4X-RAY DIFFRACTION2B1 - 12
5X-RAY DIFFRACTION2B13 - 218
6X-RAY DIFFRACTION3C62 - 193
7X-RAY DIFFRACTION3C602 - 604
8X-RAY DIFFRACTION3C14 - 258
9X-RAY DIFFRACTION4D1 - 12
10X-RAY DIFFRACTION4D13 - 232

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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