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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3i8d | ||||||
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タイトル | The Pairing Geometry of the Hydrophobic Thymine Analog 2,4-Difluorotoluene in Duplex DNA as Analyzed by X-ray Crystallography | ||||||
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![]() | HYDROLASE/DNA / RNase-H / RNase-H DNA-complex / 2 / 4-Difluorotoluene / thymine isostere / hydrophobic base / Endonuclease / Hydrolase / Magnesium / Manganese / Metal-binding / Nuclease / HYDROLASE-DNA COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | ![]() DNA replication, removal of RNA primer / ribonuclease H / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / nucleic acid binding / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Egli, M. / Pallan, P.S. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Pairing geometry of the hydrophobic thymine analogue 2,4-difluorotoluene in duplex DNA as analyzed by X-ray crystallography. 著者: Pallan, P.S. / Egli, M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 90.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 64.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 468 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 487.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 19.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 26.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 3d0pS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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詳細 | The second part of the biological assembly is generated by the two fold axis rotation of chain A and B by: -x, y, -z. |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15243.206 Da / 分子数: 2 / 断片: RNase-H / 変異: D132N / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: BACILLUS HALODURANS, BH0863, RNase-H D132N mutant, rnhA 発現宿主: ![]() ![]() #2: DNA鎖 | 分子量: 3665.398 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 #3: 化合物 | ChemComp-GOL / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.37 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 0.1 M NaOAc 3H2O (pH 4.6) and 8% (w/v) PEG 4000 , VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年11月17日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9787 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.61→50 Å / Num. all: 53844 / Num. obs: 52821 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 0.053 / Net I/σ(I): 39.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.61→1.64 Å / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.56 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. measured all: 2686 / Num. unique all: 2203 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: using MOLREP 開始モデル: PDB ID 3D0P 解像度: 1.61→49.39 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.954 / SU B: 4.099 / SU ML: 0.064 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.088 / ESU R Free: 0.094 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: TLS refinement in REFMAC was used
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 16.68 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.61→49.39 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.613→1.655 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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