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- PDB-3ey1: A Conformational Transition in the Structure of a 2'-Thiomethyl-M... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ey1
タイトルA Conformational Transition in the Structure of a 2'-Thiomethyl-Modified DNA Visualized at High Resolution
要素
  • 5'-D(*CP*GP*CP*GP*AP*AP*(USM)P*(USM)P*CP*GP*CP*G)-3'
  • Ribonuclease H
キーワードHYDROLASE/DNA / RNase H-DNA COMPLEX / PROTEIN-DNA COMPLEX / ENDONUCLEASE / 2'-THIOMETHYL URIDINE RIBONUCLEIC ACID / Hydrolase / Magnesium / Manganese / Metal-binding / Nuclease / HYDROLASE-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA replication, removal of RNA primer / ribonuclease H / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / nucleic acid binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ribonuclease H, Bacteroides-type / Ribonuclease H1, N-terminal / Ribonuclease H1, N-terminal domain superfamily / Ribonuclease H1 N-terminal domain / : / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Ribosomal protein L9/RNase H1, N-terminal / RNase H type-1 domain profile. / Ribonuclease H domain / Nucleotidyltransferase; domain 5 ...Ribonuclease H, Bacteroides-type / Ribonuclease H1, N-terminal / Ribonuclease H1, N-terminal domain superfamily / Ribonuclease H1 N-terminal domain / : / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Ribosomal protein L9/RNase H1, N-terminal / RNase H type-1 domain profile. / Ribonuclease H domain / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Ribonuclease H
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus halodurans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Egli, M. / Pallan, P.S.
引用ジャーナル: Chem.Commun.(Camb.) / 年: 2009
タイトル: A conformational transition in the structure of a 2'-thiomethyl-modified DNA visualized at high resolution.
著者: Pallan, P.S. / Prakash, T.P. / Li, F. / Eoff, R.L. / Manoharan, M. / Egli, M.
履歴
登録2008年10月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年4月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年9月6日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribonuclease H
B: 5'-D(*CP*GP*CP*GP*AP*AP*(USM)P*(USM)P*CP*GP*CP*G)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,9205
ポリマ－19,6442
非ポリマー2763
水1,856103
1
A: Ribonuclease H
B: 5'-D(*CP*GP*CP*GP*AP*AP*(USM)P*(USM)P*CP*GP*CP*G)-3'
ヘテロ分子

A: Ribonuclease H
B: 5'-D(*CP*GP*CP*GP*AP*AP*(USM)P*(USM)P*CP*GP*CP*G)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,84010
ポリマ－39,2874
非ポリマー5536
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area5620 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area17070 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.930, 66.620, 38.770
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.30, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Ribonuclease H / RNase H


分子量: 15916.004 Da / 分子数: 1 / 断片: RNase H domain, UNP residues 59-196 / 変異: D132N / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus halodurans (バクテリア)
遺伝子: rnhA, BH0863 / 参照: UniProt: Q9KEI9, ribonuclease H
#2: DNA鎖 5'-D(*CP*GP*CP*GP*AP*AP*(USM)P*(USM)P*CP*GP*CP*G)-3'


分子量: 3727.522 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: Chemically synthesized modified dodecamer DNA (oligonucleotide)
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 103 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.07 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 0.1 M Sodium Acetate (pH 4.6), 0.2 M ammonium sulphate, 25% PEG 4000., VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1Sodium Acetate11
2ammonium sulphate11
3PEG 400011
4Sodium Acetate12
5ammonium sulphate12
6PEG 400012

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データ収集

回折平均測定温度: 120 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.9785 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年10月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9785 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→50 Å / Num. all: 26658 / Num. obs: 26499 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.052 / Net I/σ(I): 363.5
反射 シェル解像度: 1.6→1.66 Å / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.29 / Mean I/σ(I) obs: 9.9 / Num. unique all: 2562 / % possible all: 96.9

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解析

ソフトウェア
名称分類
MAR345データ収集
MOLREP位相決定
SHELXL-97精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3D0P, USING THE PROTEIN MOLECULE ALONE.

3d0p


解像度: 1.6→50 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(I): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.261 2634 -Random
Rwork0.193 ---
obs0.193 23865 100 %-
all-26449 --
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1114 245 18 103 1480
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.026

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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