PDB-6luf: Trans-acting mutant Y290A of the central AAA+ domain of the flage...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6luf

タイトル

Trans-acting mutant Y290A of the central AAA+ domain of the flagellar regulatory protein FlrC

要素

Flagellar regulatory protein C

キーワード

TRANSCRIPTION / Vibrio cholerae / Flagellar Synthesis / Mutation

機能・相同性

機能・相同性情報

phosphorelay signal transduction system / sequence-specific DNA binding / regulation of DNA-templated transcription / ATP hydrolysis activity / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Vibrio cholerae serotype O1 (コレラ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.45 Å

データ登録者

Dasgupta, J. / Chakraborty, S.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Oligomerization of flagellar regulatory protein FlrC is essential for cis-mediated ATP binding while c-di-GMP prefers its monomeric state
著者: Dasgupta, J. / Chakraborty, S.

履歴

登録	2020年1月27日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年3月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6luf.cif.gz	679 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6luf.ent.gz	565.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6luf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lu/6luf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lu/6luf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6luaC 4qhsS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7jwd-d 7jz5-d 6bti-d 5exs-d 6jdl-d 5o2k-4 7jvy-d 6j7e-d 5ajk-3 4fna-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (5) #97 - 2008年1月概日体内時計タンパク質 (Circadian Clock Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Flagellar regulatory protein C

B: Flagellar regulatory protein C

C: Flagellar regulatory protein C

D: Flagellar regulatory protein C

E: Flagellar regulatory protein C

F: Flagellar regulatory protein C

G: Flagellar regulatory protein C

ヘテロ分子

214 kDa, 7 ポリマー
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1

A: Flagellar regulatory protein C

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
30.5 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Flagellar regulatory protein C

ヘテロ分子

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3

C: Flagellar regulatory protein C

ヘテロ分子

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4

D: Flagellar regulatory protein C

ヘテロ分子

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5

E: Flagellar regulatory protein C

ヘテロ分子

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6

F: Flagellar regulatory protein C

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
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7

G: Flagellar regulatory protein C

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
30.5 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	80.927, 154.127, 194.063
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Flagellar regulatory protein C 分子量: 30102.564 Da / 分子数: 7 / 変異: Y390A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Vibrio cholerae serotype O1 (strain ATCC 39541 / Classical Ogawa 395 / O395) (コレラ菌) 株: ATCC 39541 / Classical Ogawa 395 / O395 / 遺伝子: flrC, VC0395_A1719 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0H3AHP1
#2: 化合物	ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP 分子量: 427.201 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₀P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.15 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.99 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 5% (w/v) PEG6000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: RRCAT INDUS-2 / ビームライン: PX-BL21 / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2018年8月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.45→48.01 Å / Num. obs: 32784 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.2 % / CC_1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 9.9
反射シェル	解像度: 3.45→3.64 Å / Num. unique obs: 4707 / CC_1/2: 0.811

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.8.4_1496	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4QHS

4qhs

解像度: 3.45→46.277 Å / SU ML: 0.41 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.97

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2341	1633	5 %
R_work	0.1877	-	-
obs	0.1901	32686	99.86 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.45→46.277 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13416	0	189	0	13605

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	13861
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.918	18796
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.622	5292
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.036	2146
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	2415

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.4501-3.5516	0.3729	113	0.2894	2570	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5516-3.6662	0.3045	158	0.2527	2536	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6662-3.7972	0.3007	134	0.2256	2533	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7972-3.9491	0.2494	134	0.2122	2568	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9491-4.1288	0.2406	119	0.1974	2570	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1288-4.3463	0.2125	135	0.19	2562	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3463-4.6184	0.2084	126	0.1602	2566	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6184-4.9746	0.2331	139	0.163	2603	X-RAY DIFFRACTION	100
4.9746-5.4745	0.2287	134	0.1749	2578	X-RAY DIFFRACTION	100
5.4745-6.265	0.2271	148	0.1856	2608	X-RAY DIFFRACTION	100
6.265-7.8868	0.1976	133	0.1702	2639	X-RAY DIFFRACTION	100
7.8868-46.277	0.1875	160	0.1454	2720	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.2819	1.3226	2.197	2.8435	-0.3973	4.7361	-0.4938	1.1173	-0.5748	-0.2009	0.4306	-0.0637	-0.055	0.5137	0.0503	0.45	-0.0135	0.0253	0.4562	-0.0576	0.3833	16.2392	61.664	-42.4437
2	3.7324	0.1845	-0.8025	2.5257	-1.5318	4.1143	0.0316	-0.1355	-0.1771	0.2341	-0.1675	-0.0665	0.1049	0.2052	0.1481	0.2828	-0.0088	0.0082	0.3036	0.0048	0.3462	27.1427	58.6058	-25.2628
3	1.3102	0.608	-0.2027	3.2682	0.2011	0.0507	0.1528	0.2883	0.1768	-0.1324	-0.174	0.0815	-0.0437	0.019	-0.0212	0.5858	-0.0129	-0.0722	0.4453	0.0646	0.399	10.5854	48.2877	-49.8213
4	6.0753	-1.389	1.0014	9.0563	4.5145	7.9945	0.0675	0.4132	-0.3148	0.1843	0.1825	0.4267	0.0429	0.4629	0.0098	0.5011	-0.056	-0.0216	0.3709	-0.0026	0.3756	10.7595	37.0594	-50.9913
5	3.8167	2.2422	-0.4328	1.7582	0.5062	2.2924	0.1121	0.0196	-0.3541	-0.0423	0.0283	0.0118	-0.1594	0.085	-0.0379	0.4993	0.054	-0.0998	0.4526	0.0154	0.4385	18.487	20.179	-45.1432
6	4.9241	-1.9107	-0.7113	2.3299	1.8758	4.8966	0.0857	-0.257	0.2096	0.0473	-0.026	-0.1638	0.3053	0.3453	-0.0259	0.3409	0.0439	-0.0101	0.3105	-0.018	0.3809	31.0137	30.948	-28.7932
7	0.9423	-0.3927	1.2922	2.2011	0.6064	2.0921	-0.1587	-0.0487	0.1902	0.3159	0.0508	0.3163	0.2841	-0.0672	0.0869	0.3803	0.0108	-0.0351	0.3931	0.0214	0.2893	15.4558	30.2536	-35.6653
8	5.1157	-1.9375	1.5615	4.4986	-1.5657	3.8951	0.0849	0.2059	-0.2283	-0.4034	0.1865	-0.0148	0.1477	-0.0256	-0.2629	0.3949	-0.0591	0.0543	0.3229	-0.0887	0.3959	11.1748	-0.5417	-34.698
9	6.5375	3.216	-1.5882	3.0352	-1.4819	0.6818	-0.1956	-0.6014	-0.8671	0.3628	-0.2901	-0.7689	-0.0718	0.3571	0.4972	0.788	-0.1435	0.0197	0.481	0.0388	0.453	16.1205	-7.8847	-13.2798
10	3.6596	-0.527	1.3224	3.9591	1.2266	1.9701	-0.0904	-0.0817	0.0466	-0.0381	-0.0094	-0.1166	-0.2351	-0.0391	0.0995	0.3274	0.0001	0.024	0.3538	0.0149	0.308	27.12	9.3731	-13.9604
11	1.0889	0.269	-0.5368	-0.0077	-0.3294	3.404	0.2028	0.1611	-0.2834	0.1375	-0.0334	-0.1637	0.1874	0.0593	-0.1905	0.6319	-0.0093	0.0227	0.3911	-0.0582	0.4361	10.6645	-11.6612	1.7853
12	9.7906	2.2505	2.2311	9.397	1.2436	6.3089	0.3435	-0.3218	-0.44	0.5945	-0.4918	-0.1975	0.5018	-0.5418	0.2037	0.5282	0.046	-0.0053	0.3461	0.0155	0.2889	10.6876	-12.2949	14.6732
13	4.5509	1.0482	-1.2065	1.5403	-1.2751	1.1044	-0.2106	-0.8486	0.1066	-0.0361	-0.0257	-0.0924	-0.0407	0.2874	0.244	0.5554	-0.025	-0.0208	0.441	-0.0386	0.4217	18.521	-1.6236	27.7505
14	4.5117	0.0766	1.8262	5.089	-2.1806	1.7251	-0.172	0.0667	0.417	0.0496	0.0028	-0.1722	-0.1167	0.3494	0.2169	0.3548	-0.0539	-0.0224	0.4928	-0.0404	0.3335	29.9958	10.805	14.1506
15	0.3504	0.7353	-0.7939	1.1954	-1.8411	3.1625	0.1212	0.0567	-0.2398	0.2348	-0.0047	0.2317	-0.4352	-0.2916	-0.0023	0.436	-0.0635	-0.0436	0.4518	-0.0696	0.4593	11.6145	5.9647	15.8065
16	4.379	1.3955	1.5085	3.7568	-0.0193	3.7766	0.0072	0.0252	-0.0932	0.3762	-0.1403	0.0393	0.2148	0.1122	0.1316	0.4285	0.0308	0.056	0.3647	0.0812	0.3071	11.2002	13.4176	45.7386
17	8.0847	-5.4233	-3.4913	3.7093	2.6305	6.2338	0.3527	-0.1846	0.3848	-0.1007	0.1922	-0.2476	-0.2225	0.1552	-0.6806	0.3306	0.0091	0.0233	0.404	-0.0168	0.3723	12.0432	36.1493	52.8058
18	2.2144	1.1566	-0.229	1.8013	-0.1985	4.2783	-0.02	0.0238	0.0403	-0.0197	0.0124	-0.0064	-0.0905	0.0223	0.0622	0.2869	0.0067	-0.0276	0.272	-0.003	0.3591	25.7744	32.1982	33.6208
19	1.4728	0.2776	-0.2404	5.235	1.6952	0.9218	0.1503	-0.2022	0.1411	0.2332	0.1245	0.1854	0.0548	0.1234	-0.2575	0.3626	0.012	0.0128	0.3242	-0.0277	0.2581	10.8457	55.1225	47.5992
20	4.5984	-1.3103	0.5461	1.9525	0.5049	0.5714	-0.1581	0.2568	0.7806	-0.0988	0.1403	-0.2332	-0.3151	0.0296	-0.0234	0.5751	0.0184	0.0845	0.5045	0.0271	0.4484	18.3423	74.5864	32.92
21	2.2417	-0.7473	-0.4341	2.9569	1.6934	2.7608	0.1	0.0637	-0.1604	-0.2095	0.0195	-0.2061	-0.1378	0.0696	-0.1336	0.3097	-0.0222	-0.0109	0.3275	0.0774	0.3585	24.8902	59.3583	24.9959
22	4.2837	0.9823	-3.2478	4.6349	-0.9695	6.8634	0.3971	-0.178	0.1323	0.3738	-0.0171	-0.4217	-0.881	0.106	-0.5097	0.5705	0.0743	-0.0547	0.3726	-0.0339	0.4267	11.0478	89.2178	14.4762
23	4.7794	0.0943	0.7426	2.4235	-0.2892	2.923	-0.0823	0.7323	0.4207	0.2685	-0.1801	-0.2326	0.0995	-0.0153	0.2228	0.5181	0.1247	0.0108	0.5185	0.0458	0.4499	16.4625	86.3996	-7.9085
24	3.9383	-0.7505	-0.8898	3.9168	-0.6688	0.8107	0.0363	0.1988	-0.1524	-0.1846	-0.1924	-0.3602	0.1209	0.1195	0.1865	0.3523	-0.0089	0.0437	0.5442	-0.0393	0.3452	31.0203	70.7339	-4.7376
25	6.9782	-0.5584	-4.3406	3.5633	1.3458	3.1224	0.0086	-1.1002	0.304	0.1047	-0.0211	-0.479	0.4408	0.5238	-0.2506	0.5095	0.1047	-0.0943	0.492	0.0834	0.3387	30.9136	69.0684	7.0616
26	0.9911	-0.9693	-1.0098	3.0877	-0.5056	1.3988	-0.1242	-0.1298	-0.1797	-0.089	0.0222	0.237	-0.0333	-0.3431	0.1431	0.3463	0.0544	0.0503	0.4626	0.0056	0.3013	15.5363	75.3178	-0.0732
27	3.7872	0.1337	-2.3908	2.8545	-0.0588	6.1078	0.2474	-0.3427	-0.2261	0.3737	-0.2923	-0.0815	-0.6853	-0.1184	0.0609	0.4482	-0.0094	-0.0509	0.3555	0.0914	0.3396	12.0717	81.7744	-28.5179
28	8.7369	-2.9401	-1.1745	2.1535	-0.6079	6.8307	-0.5842	0.4795	-0.2882	-0.8761	-0.2404	0.0766	-0.1147	-0.7878	0.3532	0.4731	-0.0491	0.0042	0.566	0.055	0.3205	8.8811	79.0686	-37.2593

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 130 through 174 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 175 through 292 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 293 through 346 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 347 through 376 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 130 through 182 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 183 through 259 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 260 through 305 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 306 through 376 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resid 131 through 174 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 175 through 292 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 293 through 350 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 351 through 376 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'D' and (resid 131 through 182 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'D' and (resid 183 through 274 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'D' and (resid 275 through 305 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'D' and (resid 306 through 376 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'E' and (resid 131 through 149 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'E' and (resid 150 through 292 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'E' and (resid 293 through 376 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'F' and (resid 131 through 182 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'F' and (resid 183 through 305 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'F' and (resid 306 through 376 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'G' and (resid 131 through 174 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'G' and (resid 175 through 236 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'G' and (resid 237 through 259 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'G' and (resid 260 through 305 )
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'G' and (resid 306 through 361 )
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'G' and (resid 362 through 376 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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