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Yorodumi- PDB-6lua: Cis-mutant R349A of the central AAA+ domain of the flagellar regu... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 6lua | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Cis-mutant R349A of the central AAA+ domain of the flagellar regulatory protein FlrC | ||||||
Components | Flagellar regulatory protein C | ||||||
Keywords | TRANSCRIPTION / Flagellar gene transcription protein / mutation / Vibrio cholerae | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationphosphorelay signal transduction system / sequence-specific DNA binding / regulation of DNA-templated transcription / ATP hydrolysis activity / ATP binding / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | Vibrio cholerae serotype O1 (bacteria) | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.1 Å | ||||||
Authors | Dasgupta, J. / Chakraborty, S. | ||||||
Citation | Journal: To Be PublishedTitle: Oligomerization of flagellar regulatory protein FlrC is essential for cis-mediated ATP binding while c-di-GMP prefers its monomeric state Authors: Dasgupta, J. / Chakraborty, S. #1: Journal: J.Biol.Chem. / Year: 2015Title: Unique ATPase site architecture triggers cis-mediated synchronized ATP binding in heptameric AAA+-ATPase domain of flagellar regulatory protein FlrC. Authors: Dey, S. / Biswas, M. / Sen, U. / Dasgupta, J. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 6lua.cif.gz | 671.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb6lua.ent.gz | 559.9 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 6lua.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 6lua_validation.pdf.gz | 1.8 MB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 6lua_full_validation.pdf.gz | 1.8 MB | Display | |
| Data in XML | 6lua_validation.xml.gz | 57.2 KB | Display | |
| Data in CIF | 6lua_validation.cif.gz | 76.6 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lu/6lua ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lu/6lua | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 6lufC ![]() 4qhsS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 1 |
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| Unit cell |
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Components
| #1: Protein | Mass: 30108.545 Da / Num. of mol.: 7 / Mutation: R349A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Vibrio cholerae serotype O1 (strain ATCC 39541 / Classical Ogawa 395 / O395) (bacteria)Strain: ATCC 39541 / Classical Ogawa 395 / O395 / Gene: flrC, VC0395_A1719 / Production host: ![]() #2: Chemical | ChemComp-EDO / #3: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 3.16 Å3/Da / Density % sol: 61.14 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 10% (w/v) PEG6000, in 0.1M HEPES (pH 7.0) and 3% Glycerol |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: RRCAT INDUS-2 / Beamline: PX-BL21 / Wavelength: 0.979 Å |
| Detector | Type: MARMOSAIC 225 mm CCD / Detector: CCD / Date: Mar 11, 2019 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.979 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 3.1→48.65 Å / Num. obs: 45041 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 5.5 % / CC1/2: 0.992 / Rmerge(I) obs: 0.163 / Rpim(I) all: 0.076 / Net I/σ(I): 11.1 |
| Reflection shell | Resolution: 3.1→3.21 Å / Num. unique obs: 4337 / CC1/2: 0.738 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: 4QHS Resolution: 3.1→48.65 Å / SU ML: 0.38 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 25.34
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.1→48.65 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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