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- PDB-6lrt: Crystal structure of isocitrate lyase (Caur_3889) from Chloroflex... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6lrt
タイトルCrystal structure of isocitrate lyase (Caur_3889) from Chloroflexus aurantiacus in complex with isocitrate and manganese ion
要素Isocitrate lyase
キーワードLYASE / isocitrate lyase / manganese ion / TIM-barrel
機能・相同性
機能・相同性情報


isocitrate lyase / isocitrate lyase activity / carboxylic acid metabolic process / tricarboxylic acid cycle / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Isocitrate lyase / Isocitrate lyase family / Isocitrate lyase/phosphorylmutase, conserved site / Isocitrate lyase signature. / ICL/PEPM domain / Phosphoenolpyruvate-binding domains / Pyruvate kinase-like domain superfamily / Pyruvate/Phosphoenolpyruvate kinase-like domain superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ISOCITRIC ACID / : / Isocitrate lyase
類似検索 - 構成要素
生物種Chloroflexus aurantiacus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Lee, S.H. / Kim, K.J.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural studies reveal the molecular mechanism of isocitrate lyase from Chloroflexus aurantiacus
著者: Lee, S.H. / Kim, K.J.
履歴
登録2020年1月16日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年7月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Isocitrate lyase
D: Isocitrate lyase
G: Isocitrate lyase
J: Isocitrate lyase
M: Isocitrate lyase
P: Isocitrate lyase
S: Isocitrate lyase
V: Isocitrate lyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)389,37136
ポリマ－386,2898
非ポリマー3,08228
水12,016667
1
A: Isocitrate lyase
D: Isocitrate lyase
G: Isocitrate lyase
J: Isocitrate lyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)194,68518
ポリマ－193,1454
非ポリマー1,54114
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area35010 Å2
ΔGint-174 kcal/mol
Surface area48100 Å2
手法PISA
2
M: Isocitrate lyase
P: Isocitrate lyase
S: Isocitrate lyase
V: Isocitrate lyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)194,68518
ポリマ－193,1454
非ポリマー1,54114
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area35170 Å2
ΔGint-176 kcal/mol
Surface area48090 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)157.314, 157.314, 197.707
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number144
Space group name H-MP31

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要素

#1: タンパク質
Isocitrate lyase


分子量: 48286.129 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chloroflexus aurantiacus (strain ATCC 29366 / DSM 635 / J-10-fl) (バクテリア)
遺伝子: Caur_3889 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A9WDE7
#2: 化合物
ChemComp-ICT / ISOCITRIC ACID / D-イソくえん酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 667 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.36 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 35% MPD, 0.1M sodium acetate/acetic acid pH4.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.97934 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2018年2月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→50 Å / Num. obs: 115739 / % possible obs: 95.9 % / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.112 / Rpim(I) all: 0.074 / Rrim(I) all: 0.135 / Χ2: 1.977 / Net I/σ(I): 8 / Num. measured all: 331936
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.9-2.952.40.30155380.8120.2210.3761.28891.7
2.95-32.40.29354880.8130.2150.3651.34191.7
3-3.062.40.29955200.8010.220.3731.43691.3
3.06-3.122.40.27455790.850.2010.3411.36192.1
3.12-3.192.50.23655590.8860.1720.2931.47192.1
3.19-3.272.50.21956060.9050.1570.2711.53793.7
3.27-3.352.50.18856540.9220.1340.2321.58192.8
3.35-3.442.60.17256490.9390.1210.2111.66394.5
3.44-3.542.60.14757840.9630.1020.181.74795.4
3.54-3.652.80.1359130.9690.0890.1581.81396.8
3.65-3.782.90.1458070.9620.0940.172.5397.4
3.78-3.942.90.11459020.9780.0760.1382.14697.5
3.94-4.1130.10259030.9820.0660.1222.19997.6
4.11-4.333.20.10459460.9780.0670.1242.61898.9
4.33-4.63.40.09560200.9810.060.1132.60699.2
4.6-4.963.40.08359820.9880.0510.0982.06399.5
4.96-5.463.30.08759680.9880.0550.1031.83599.2
5.46-6.243.30.0959760.9890.0570.1071.78399.3
6.24-7.863.30.07560400.990.0470.0891.97999.4
7.86-503.40.06259050.9920.0390.0742.85798

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
REFMAC5.8.0238精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3E5B

3e5b


解像度: 2.9→32.05 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.935 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.876 / SU B: 14.684 / SU ML: 0.271 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 2.361 / ESU R Free: 0.367
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2464 5601 4.8 %RANDOM
Rwork0.1756 ---
obs0.179 110130 95.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 142.7 Å2 / Biso mean: 36.915 Å2 / Biso min: 5.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.86 Å20.43 Å20 Å2
2--0.86 Å20 Å2
3----2.77 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.9→32.05 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数26328 0 184 683 27195
Biso mean--53.02 30.39 -
残基数----3384
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.01327068
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.01724408
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6891.64436684
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3371.56956320
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.71153376
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.43321.6751576
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.064154224
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.54115224
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0730.23488
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0231216
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.026160
LS精密化 シェル解像度: 2.905→2.98 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.322 361 -
Rwork0.234 7785 -
all-8146 -
obs--91.58 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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