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- PDB-6lqf: Crystal structure of Arabidopsis ARID5 ARID-PHD cassette in compl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6lqf
タイトルCrystal structure of Arabidopsis ARID5 ARID-PHD cassette in complex with H3K4me3 peptide and DNA
要素
  • 15-mer peptide from Histone H3.2
  • AT-rich interactive domain-containing protein 4
  • DNA (5'-D(*TP*TP*TP*AP*GP*AP*TP*CP*TP*AP*AP*A)-3')
キーワードGENE REGULATION / ARID5 / PHD finger / ARID domain
機能・相同性
機能・相同性情報


chromocenter / plastid / structural constituent of chromatin / nucleosome / protein heterodimerization activity / DNA binding / extracellular region / nucleus / metal ion binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
AT-rich interactive domain-containing protein 4 / ARID DNA-binding domain / ARID DNA-binding domain superfamily / ARID/BRIGHT DNA binding domain / ARID domain profile. / BRIGHT, ARID (A/T-rich interaction domain) domain / ARID/BRIGHT DNA binding domain / Zinc finger, PHD-type / PHD zinc finger / Histone H3 signature 1. ...AT-rich interactive domain-containing protein 4 / ARID DNA-binding domain / ARID DNA-binding domain superfamily / ARID/BRIGHT DNA binding domain / ARID domain profile. / BRIGHT, ARID (A/T-rich interaction domain) domain / ARID/BRIGHT DNA binding domain / Zinc finger, PHD-type / PHD zinc finger / Histone H3 signature 1. / Histone H3 signature 2. / Histone H3 / Histone H3/CENP-A / Zinc finger, FYVE/PHD-type / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 / Histone-fold / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Histone H3.1 / AT-rich interactive domain-containing protein 4
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Liu, R. / Du, J.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China31622032 中国
引用ジャーナル: Plant Cell / 年: 2020
タイトル: Dual Recognition of H3K4me3 and DNA by the ISWI Component ARID5 Regulates the Floral Transition in Arabidopsis.
著者: Tan, L.M. / Liu, R. / Gu, B.W. / Zhang, C.J. / Luo, J. / Guo, J. / Wang, Y. / Chen, L. / Du, X. / Li, S. / Shao, C.R. / Su, Y.N. / Cai, X.W. / Lin, R.N. / Li, L. / Chen, S. / Du, J. / He, X.J.
履歴
登録2020年1月13日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年6月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年8月19日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: citation / struct_conn / struct_conn_type
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: AT-rich interactive domain-containing protein 4
P: 15-mer peptide from Histone H3.2
B: DNA (5'-D(*TP*TP*TP*AP*GP*AP*TP*CP*TP*AP*AP*A)-3')
C: DNA (5'-D(*TP*TP*TP*AP*GP*AP*TP*CP*TP*AP*AP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,0617
ポリマ－31,8654
非ポリマー1963
水3,747208
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4010 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area13020 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.173, 59.428, 92.958
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 AT-rich interactive domain-containing protein 4 / ARID domain-containing protein 4


分子量: 22936.092 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: ARID4, At3g43240, F7K15.90 / プラスミド: pSUMO / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q6NQ79
#2: タンパク質・ペプチド 15-mer peptide from Histone H3.2 / H3(1-15)K4me3 peptide / Histone H3.1


分子量: 1607.877 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: P59226
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*TP*TP*AP*GP*AP*TP*CP*TP*AP*AP*A)-3')


分子量: 3660.428 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 208 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.48 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5 / 詳細: 0.1 M sodium acetate, pH 5.0, 15% MPD

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→50 Å / Num. obs: 49942 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.062 / Rpim(I) all: 0.03 / Rrim(I) all: 0.069 / Χ2: 1.14 / Net I/σ(I): 9.5 / Num. measured all: 246245
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.5-1.534.70.74624730.7790.3690.8360.57697.9
1.53-1.554.90.62224400.8710.3010.6940.46797.7
1.55-1.585.20.45424840.9370.210.5020.45399.9
1.58-1.625.10.34225140.9740.1590.3790.48499.8
1.62-1.655.20.29925140.9750.1380.330.52199.8
1.65-1.695.10.24124730.9850.1120.2670.5299.8
1.69-1.7350.2225100.9830.1040.2440.57599.8
1.73-1.784.80.17725190.9870.0860.1970.57399.8
1.78-1.834.90.15525200.9880.0740.1720.60299.8
1.83-1.895.20.14224970.9910.0650.1570.72699.7
1.89-1.965.20.13725090.9910.0640.1510.93999.4
1.96-2.045.10.10125250.9940.0470.1120.84499.3
2.04-2.1350.0925120.9950.0430.1011.15999
2.13-2.244.80.07424690.9960.0360.0831.27897.7
2.24-2.385.30.06925090.9960.0320.0761.61198.8
2.38-2.565.20.06125280.9960.0280.0671.95998.6
2.56-2.8250.05525240.9970.0260.0612.33997.8
2.82-3.234.70.04724920.9980.0220.0522.71997.3
3.23-4.074.50.0425220.9980.020.0452.70396.2
4.07-503.60.03724080.9970.0210.0432.52587.2

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.9_1692精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-3000データ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.5→25.035 Å / SU ML: 0.1 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 21.07
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1916 2418 5.05 %
Rwork0.175 --
obs0.1759 47917 94.77 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 118.23 Å2 / Biso mean: 30.0566 Å2 / Biso min: 14.34 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.5→25.035 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1436 486 3 208 2133
Biso mean--22.77 44.3 -
残基数----205
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0142012
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.6122816
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.077299
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01283
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.975766
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.5-1.53070.28091280.2658266895
1.5307-1.56390.27851350.2331269396
1.5639-1.60030.24671570.2101269397
1.6003-1.64030.2511350.1995268596
1.6403-1.68470.19551210.1835269496
1.6847-1.73420.2221510.1861268896
1.7342-1.79020.22251520.176265095
1.7902-1.85420.19441260.1762268896
1.8542-1.92840.18441510.1848267096
1.9284-2.01610.20621520.1806268796
2.0161-2.12230.19851520.178268896
2.1223-2.25520.20941450.1772268395
2.2552-2.42920.20651400.1818272696
2.4292-2.67340.19061350.1876269695
2.6734-3.05970.20371440.1856266494
3.0597-3.85260.18191370.1571269593
3.8526-250.15091570.1533253185
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.9276-0.2636-0.71670.45150.06280.7322-0.03260.069-0.059-0.11820.0885-0.3120.13530.1886-00.19620.0178-0.03370.2196-0.00440.217639.823815.26528.1628
20.43520.0679-0.01150.42740.21790.24290.05090.0082-0.02810.0707-0.03580.0388-0.0166-0.03340.00010.14830.00260.00380.1626-0.00470.155625.209422.875932.6924
30.105-0.08030.01430.09050.03230.2099-0.0254-0.05440.09490.37210.016-0.2841-0.03520.06230.00010.2153-0.017-0.06210.1937-0.01640.214738.267933.661638.8455
40.3259-0.1451-0.00350.4167-0.1450.2264-0.13150.03630.32490.07680.08820.1213-0.20.0347-00.2344-0.0146-0.02110.2038-0.01380.230227.504446.577935.6167
50.8788-0.22110.4582.8988-0.76084.30980.1357-0.07830.05710.175-0.0471-0.3753-0.01860.40650.03860.1145-0.0059-0.00810.1431-0.02140.104229.375236.794338.6019
60.60.0577-0.09270.1336-0.27410.46580.1670.0077-0.08790.0722-0.2495-0.19470.1765-0.16230.00010.194-0.01290.06380.1883-0.0160.229913.22720.812342.0656
70.60610.31330.06690.2061-0.11070.38330.11220.1304-0.08060.1471-0.27380.00730.1209-0.1494-0.01080.2315-0.02740.06070.2132-0.05850.195311.982720.646241.3061
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 555 through 596 )A555 - 596
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 597 through 661 )A597 - 661
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 662 through 690 )A662 - 690
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 691 through 729 )A691 - 729
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'P' and (resid 1 through 6 )P1 - 6
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 1 through 12 )B1 - 12
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'C' and (resid 1 through 12 )C1 - 12

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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