PDB-6lp0: crystal structure of alpha-momorcharin in complex with AMP

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6lp0

タイトル

crystal structure of alpha-momorcharin in complex with AMP

要素

Ribosome-inactivating protein momordin I

キーワード

PLANT PROTEIN / alpha-momorcharin / ribosome-inactivating protein / rRNA N-glycosidase / AMP

機能・相同性

機能・相同性情報

rRNA N-glycosylase / rRNA N-glycosylase activity / defense response / toxin activity / negative regulation of translation
類似検索 - 分子機能

生物種

Momordica charantia (ゴーヤ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.519 Å

データ登録者

Fan, X. / Jin, T.

引用

ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2020
タイトル: Atomic-resolution structures of type I ribosome inactivating protein alpha-momorcharin with different substrate analogs.
著者: Fan, X. / Wang, Y. / Guo, F. / Zhang, Y. / Jin, T.

履歴

登録	2020年1月7日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年11月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6lp0.cif.gz	103.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6lp0.ent.gz	73.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6lp0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lp/6lp0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lp/6lp0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6loqC 6lorC 6lovC 6lowC 6loyC 6lozC 1f8qS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4o0o-d 3bff-1 3bfc-1 3g34-2 4kwn-d 4h0z-d 3g30-d 1mri-d 3oph-d 4yp2-d 1bry-1 2wyx-d 6mz2-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#161 - 2013年5月リシン (Ricin) 類似性 (9) #69 - 2005年9月コレラ毒素 (Cholera Toxin) 類似性 (9) #129 - 2010年9月イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase) 類似性 (1) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1) #24 - 2001年12月グリコーゲンホスホリラーゼ (Glycogen Phosphorylase) 類似性 (1) #55 - 2004年7月 DNAリガーゼ (DNA Ligase) 類似性 (1) #16 - 2001年4月アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#161 - 2013年5月
リシン (Ricin)
類似性 (9)
#69 - 2005年9月
コレラ毒素 (Cholera Toxin)
類似性 (9)
#129 - 2010年9月
イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase)
類似性 (1)
#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (1)
#24 - 2001年12月
グリコーゲンホスホリラーゼ (Glycogen Phosphorylase)
類似性 (1)
#55 - 2004年7月
DNAリガーゼ (DNA Ligase)
類似性 (1)
#16 - 2001年4月
アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Ribosome-inactivating protein momordin I

ヘテロ分子

32.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	131.347, 131.347, 37.297
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	146
Space group name H-M	H3

#1: タンパク質

Ribosome-inactivating protein momordin I / Alpha-momorcharin / Alpha-MMC / rRNA N-glycosidase

分子量: 31562.961 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然)

Momordica charantia (ゴーヤ) / 参照: UniProt: P16094, rRNA N-glycosylase

#2: 化合物

ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP

分子量: 347.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₄N₅O₇P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: AMP*YM

#3: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

#4: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 202 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

Has protein modification

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.96 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.3 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.2 M Magnesium Acetate, 20% PEG 8000, 0.1 M Sodium cacodylate, pH 6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年12月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.519→50 Å / Num. obs: 29931 / % possible obs: 81.4 % / 冗長度: 2.7 % / CC_1/2: 0.969 / R_merge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 4.7
反射シェル	解像度: 1.52→1.57 Å / R_merge(I) obs: 0.346 / Mean I/σ(I) obs: 3.53 / Num. unique obs: 3589 / CC_1/2: 0.896

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1F8Q

1f8q

解像度: 1.519→15.734 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.908 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.87 / WR_factor R_free: 0.347 / WR_factor R_work: 0.283 / SU B: 4.672 / SU ML: 0.085 / Average fsc free: 0.8432 / Average fsc work: 0.8636 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.136 / ESU R Free: 0.137 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.299	1547	5.169 %
R_work	0.2461	28384	-
all	0.249	-	-
obs	-	29931	80.812 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 21.449 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.149 Å²	-0.575 Å²	0 Å²
2-	-	-1.149 Å²	0 Å²
3-	-	-	3.729 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.519→15.734 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1924	0	37	202	2163

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.013	2008
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	1887
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.663	1.672	2734
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.438	1.584	4363
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.415	5	246
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.041	21.442	104
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.023	15	334
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	26.008	15	16
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.08	0.2	275
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	2229
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	427
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.229	0.2	431
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.19	0.2	1874
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.17	0.2	996
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.081	0.2	923
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.168	0.2	114
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.307	0.2	30
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.316	0.2	49
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.194	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.084	1.891	984
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.081	1.889	983
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.632	2.835	1230
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.632	2.837	1231
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.747	2.15	1024
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.746	2.151	1025
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.691	3.144	1504
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.69	3.146	1505
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.217	23.45	2307
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.125	23.087	2278

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.519-1.558	0.322	123	0.26	2268	X-RAY DIFFRACTION	87.1673
1.558-1.601	0.292	105	0.25	2530	X-RAY DIFFRACTION	98.3209
1.601-1.647	0.277	131	0.243	2383	X-RAY DIFFRACTION	97.669
1.647-1.698	0.28	172	0.235	2320	X-RAY DIFFRACTION	97.3438
1.698-1.753	0.263	122	0.226	2220	X-RAY DIFFRACTION	97.0576
1.753-1.815	0.285	104	0.228	2133	X-RAY DIFFRACTION	94.5877
1.815-1.883	0.232	109	0.217	2038	X-RAY DIFFRACTION	94.4151
1.883-1.96	0.337	91	0.22	1955	X-RAY DIFFRACTION	92.6211
1.96-2.047	0.266	78	0.216	1753	X-RAY DIFFRACTION	87.149
2.047-2.147	0.255	92	0.216	1564	X-RAY DIFFRACTION	82.9659
2.147-2.263	0.272	91	0.214	1447	X-RAY DIFFRACTION	79.6891
2.263-2.4	0.274	86	0.241	1303	X-RAY DIFFRACTION	76.1096
2.4-2.566	0.311	68	0.244	1157	X-RAY DIFFRACTION	72.9601
2.566-2.771	0.315	59	0.253	989	X-RAY DIFFRACTION	66.7516
2.771-3.035	0.301	47	0.273	850	X-RAY DIFFRACTION	60.8548
3.035-3.392	0.349	33	0.296	596	X-RAY DIFFRACTION	47.6154
3.392-3.915	0.363	15	0.284	382	X-RAY DIFFRACTION	34.612
3.915-4.791	0.526	12	0.304	208	X-RAY DIFFRACTION	22.2898
4.791-6.758	0.495	7	0.359	223	X-RAY DIFFRACTION	30.3831
6.758-10	0.244	2		65	X-RAY DIFFRACTION

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 21.2002 Å / Origin y: 11.4001 Å / Origin z: 0.0029 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0264 Å²	-0.0044 Å²	0.0043 Å²	-	0.0312 Å²	-0.0052 Å²	-	-	0.002 Å²
L	0.1307 °²	0.0803 °²	-0.0422 °²	-	0.2662 °²	-0.0998 °²	-	-	0.0444 °²
S	0.007 Å °	-0.0078 Å °	-0.0043 Å °	-0.0059 Å °	-0.0105 Å °	-0.0059 Å °	0.0036 Å °	0.0084 Å °	0.0036 Å °

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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