PDB-6loq: crystal structure of alpha-momorcharin in complex with cAMP

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6loq

タイトル

crystal structure of alpha-momorcharin in complex with cAMP

要素

Ribosome-inactivating protein momordin I

キーワード

PLANT PROTEIN / alpha-momorcharin / Alpha-MMC / ribosome-inactivating protein / rRNA N-glycosidase / cAMP

機能・相同性

機能・相同性情報

rRNA N-glycosylase / rRNA N-glycosylase activity / defense response / toxin activity / negative regulation of translation
類似検索 - 分子機能

生物種

Momordica charantia (ゴーヤ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.331 Å

データ登録者

Fan, X. / Jin, T.

引用

ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2020
タイトル: Atomic-resolution structures of type I ribosome inactivating protein alpha-momorcharin with different substrate analogs.
著者: Fan, X. / Wang, Y. / Guo, F. / Zhang, Y. / Jin, T.

履歴

登録	2020年1月7日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年11月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6loq.cif.gz	107.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6loq.ent.gz	77.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6loq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lo/6loq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lo/6loq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6lorC 6lovC 6lowC 6loyC 6lozC 6lp0C 1f8qS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4yp2-d 3g30-d 4zu0-d 6b5x-1 4lt4-d 5zfl-2 3nc8-d 3sh8-2 4rzj-d 3q4p-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#161 - 2013年5月リシン (Ricin) 類似性 (9) #69 - 2005年9月コレラ毒素 (Cholera Toxin) 類似性 (9) #48 - 2003年12月異化活性化タンパク質 (Catabolite Activator Protein) 類似性 (1) #152 - 2012年8月環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase) 類似性 (1) #251 - 2020年11月アデニリルシクラーゼ (Adenylyl Cyclase) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#161 - 2013年5月
リシン (Ricin)
類似性 (9)
#69 - 2005年9月
コレラ毒素 (Cholera Toxin)
類似性 (9)
#48 - 2003年12月
異化活性化タンパク質 (Catabolite Activator Protein)
類似性 (1)
#152 - 2012年8月
環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase)
類似性 (1)
#251 - 2020年11月
アデニリルシクラーゼ (Adenylyl Cyclase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Ribosome-inactivating protein momordin I

ヘテロ分子

31.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	130.471, 130.471, 39.673
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	146
Space group name H-M	H3

#1: タンパク質	Ribosome-inactivating protein momordin I / Alpha-momorcharin / Alpha-MMC / rRNA N-glycosidase 分子量: 31562.961 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cAMP / 由来: (天然) Momordica charantia (ゴーヤ) / 参照: UniProt: P16094, rRNA N-glycosylase
#2: 化合物	ChemComp-CMP / ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE / CYCLIC AMP / CAMP / cAMP 分子量: 329.206 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₂N₅O₆P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 196 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.06 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.26 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.2 M Magnesium Acetate, 20% PEG 8000, 0.1 M Sodium cacodylate, pH 6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年12月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.33→50 Å / Num. obs: 55352 / % possible obs: 96 % / 冗長度: 5 % / CC_1/2: 0.992 / R_merge(I) obs: 0.08 / R_pim(I) all: 0.044 / R_rim(I) all: 0.092 / Net I/σ(I): 14.2
反射シェル	解像度: 1.33→1.38 Å / R_merge(I) obs: 0.943 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 5700 / CC_1/2: 0.683 / R_pim(I) all: 0.46

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
HKL-2000	V718	データ削減
HKL-2000	V718	データスケーリング
MOLREP	V11.7	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1F8Q

1f8q

解像度: 1.331→24.604 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.95 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.857 / WR_factor R_free: 0.279 / WR_factor R_work: 0.236 / SU B: 2.801 / SU ML: 0.053 / Average fsc free: 0.8302 / Average fsc work: 0.8321 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.066 / ESU R Free: 0.071 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2572	2788	5.037 %
R_work	0.2157	52564	-
all	0.218	-	-
obs	-	55352	95.879 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 25.452 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.802 Å²	-0.401 Å²	0 Å²
2-	-	-0.802 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.602 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.331→24.604 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1932	0	22	196	2150

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.013	1993
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	1875
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.511	1.664	2713
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.425	1.575	4333
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.838	5	245
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.863	21.442	104
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.973	15	334
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	23.999	15	16
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.072	0.2	272
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	2210
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	423
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.21	0.2	379
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.174	0.2	1788
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.17	0.2	997
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.082	0.2	855
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.109	0.2	129
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.06	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.167	0.2	30
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.126	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.101	2.081	983
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.1	2.079	982
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.641	3.12	1227
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.641	3.122	1228
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.722	2.418	1010
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.722	2.418	1010
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.668	3.551	1486
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.667	3.556	1487
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.49	26.169	2268
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.489	26.175	2269

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.331-1.366	0.375	187	0.353	3975	X-RAY DIFFRACTION	97.3795
1.366-1.403	0.333	186	0.323	3970	X-RAY DIFFRACTION	100
1.403-1.444	0.311	197	0.29	3835	X-RAY DIFFRACTION	100
1.444-1.488	0.262	232	0.256	3702	X-RAY DIFFRACTION	100
1.488-1.537	0.251	173	0.222	3660	X-RAY DIFFRACTION	100
1.537-1.591	0.231	199	0.201	3515	X-RAY DIFFRACTION	100
1.591-1.651	0.237	186	0.2	3344	X-RAY DIFFRACTION	100
1.651-1.718	0.223	184	0.193	3217	X-RAY DIFFRACTION	100
1.718-1.794	0.23	179	0.193	3096	X-RAY DIFFRACTION	100
1.794-1.882	0.219	147	0.197	3005	X-RAY DIFFRACTION	99.9683
1.882-1.984	0.19	125		2806	X-RAY DIFFRACTION	98.6869
1.984-2.104	0.218	135	0.197	2693	X-RAY DIFFRACTION	99.894
2.104-2.249	0.222	148	0.194	2451	X-RAY DIFFRACTION	98.1866
2.249-2.429	0.232	117	0.192	2240	X-RAY DIFFRACTION	95.6575
2.429-2.66	0.265	129	0.199	2111	X-RAY DIFFRACTION	98.0736
2.66-2.974	0.236	111	0.203	1818	X-RAY DIFFRACTION	94.0517
2.974-3.433	0.262	63	0.225	1463	X-RAY DIFFRACTION	84.7778
3.433-4.201	0.306	44	0.233	776	X-RAY DIFFRACTION	53.1432
4.201-5.929	0.265	31		617	X-RAY DIFFRACTION	54.9153
5.929-10	0.775	15	0.346	270	X-RAY DIFFRACTION	43.7788

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -20.4672 Å / Origin y: -12.6721 Å / Origin z: 0.0318 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0246 Å²	-0.0159 Å²	-0.0057 Å²	-	0.0259 Å²	0.0119 Å²	-	-	0.0245 Å²
L	0.9848 °²	-0.178 °²	-0.3474 °²	-	0.5506 °²	-0.0482 °²	-	-	0.1529 °²
S	0.0436 Å °	0.0518 Å °	-0.0459 Å °	0.0708 Å °	-0.0437 Å °	0.0183 Å °	-0.0316 Å °	-0.018 Å °	0 Å °

精密化 TLSグループ

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