[日本語] English
- PDB-6loz: crystal structure of alpha-momorcharin in complex with adenine -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6loz
タイトルcrystal structure of alpha-momorcharin in complex with adenine
要素Ribosome-inactivating protein momordin I
キーワードPLANT PROTEIN / alpha-momorcharin / ribosome-inactivating protein / rRNA N-glycosidase / adenine
機能・相同性
機能・相同性情報


rRNA N-glycosylase / rRNA N-glycosylase activity / defense response / toxin activity / negative regulation of translation
類似検索 - 分子機能
Ribosome-inactivating protein conserved site / Shiga/ricin ribosomal inactivating toxins active site signature. / Ribosome-inactivating protein type 1/2 / Ribosome-inactivating protein / Ribosome-inactivating protein, subdomain 1 / Ribosome-inactivating protein, subdomain 2 / Ribosome-inactivating protein superfamily / Ribosome inactivating protein
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENINE / Ribosome-inactivating protein momordin I
類似検索 - 構成要素
生物種Momordica charantia (ゴーヤ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.08 Å
データ登録者Fan, X. / Jin, T.
引用ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / : 2020
タイトル: Atomic-resolution structures of type I ribosome inactivating protein alpha-momorcharin with different substrate analogs.
著者: Fan, X. / Wang, Y. / Guo, F. / Zhang, Y. / Jin, T.
履歴
登録2020年1月7日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年11月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Ribosome-inactivating protein momordin I
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,9193
ポリマ-31,5631
非ポリマー3562
4,972276
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area550 Å2
ΔGint7 kcal/mol
Surface area11420 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)131.167, 131.167, 37.145
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number146
Space group name H-MH3
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-676-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Ribosome-inactivating protein momordin I / Alpha-momorcharin / Alpha-MMC / rRNA N-glycosidase


分子量: 31562.961 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Momordica charantia (ゴーヤ) / 参照: UniProt: P16094, rRNA N-glycosylase
#2: 化合物 ChemComp-ADE / ADENINE


分子量: 135.127 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : C5H5N5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / : C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 276 / 由来タイプ: 天然 / : H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.87 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.2 M Magnesium Acetate, 20% PEG 8000, 0.1 M Sodium cacodylate, pH 6.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年12月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.08→50 Å / Num. obs: 96174 / % possible obs: 93.9 % / 冗長度: 3.4 % / CC1/2: 0.989 / Rmerge(I) obs: 0.084 / Net I/σ(I): 11
反射 シェル解像度: 1.08→1.12 Å / Rmerge(I) obs: 0.72 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 10245 / CC1/2: 0.649

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1F8Q
解像度: 1.08→24.038 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU B: 1.204 / SU ML: 0.028 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.038 / ESU R Free: 0.039 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2215 4939 5.135 %
Rwork0.2024 --
all0.203 --
obs-96174 93.841 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 16.437 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.259 Å2-0.129 Å2-0 Å2
2---0.259 Å20 Å2
3---0.84 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.08→24.038 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1924 0 24 276 2224
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0132032
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0171913
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7431.6612770
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.5751.584424
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8755255
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.88321.442104
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.27815341
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.4481516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.090.2275
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.022293
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02438
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2190.2413
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1720.21844
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1790.21032
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0820.2976
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1240.2133
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.2450.212
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1850.234
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1050.214
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9031.3121008
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.8991.3111007
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.3631.9721267
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.3631.9731268
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.611.5391024
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.6091.541025
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.4582.231503
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.4572.2311504
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it3.80816.7822347
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other3.58116.0872287
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.08-1.1070.373890.347197X-RAY DIFFRACTION99.8815
1.107-1.1380.3114020.3087000X-RAY DIFFRACTION99.9055
1.138-1.1710.2763380.276804X-RAY DIFFRACTION99.7347
1.171-1.2070.2643740.246595X-RAY DIFFRACTION99.5714
1.207-1.2460.2293630.2276359X-RAY DIFFRACTION99.5262
1.246-1.290.2173220.2116137X-RAY DIFFRACTION99.2014
1.29-1.3390.2163400.25951X-RAY DIFFRACTION99.2428
1.339-1.3930.2113030.1935691X-RAY DIFFRACTION98.7642
1.393-1.4550.2082850.1795448X-RAY DIFFRACTION98.7087
1.455-1.5260.1892950.1675172X-RAY DIFFRACTION98.6289
1.526-1.6090.1952600.1664937X-RAY DIFFRACTION97.8719
1.609-1.7060.1882620.1734655X-RAY DIFFRACTION97.4049
1.706-1.8240.1912050.1734312X-RAY DIFFRACTION97.0146
1.824-1.970.1941940.1813992X-RAY DIFFRACTION95.3531
1.97-2.1580.2121900.1753542X-RAY DIFFRACTION92.5825
2.158-2.4120.1961740.1813009X-RAY DIFFRACTION87.5894
2.412-2.7850.2361280.2072372X-RAY DIFFRACTION78.0275
2.785-3.4090.241830.2471389X-RAY DIFFRACTION53.9985
3.409-4.8150.387260.352443X-RAY DIFFRACTION22.3866
4.815-100.97960.603230X-RAY DIFFRACTION20.38
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -20.4994 Å / Origin y: -12.5941 Å / Origin z: -0.0161 Å
111213212223313233
T0.014 Å2-0.0055 Å20.0015 Å2-0.03 Å20.009 Å2--0.0057 Å2
L0.5383 °2-0.0486 °2-0.1692 °2-0.1108 °2-0.0147 °2--0.1079 °2
S-0.0309 Å °0.0172 Å °-0.0147 Å °0.0116 Å °0.0155 Å °-0.0022 Å °0.0246 Å °-0.0059 Å °0.0153 Å °
精密化 TLSグループSelection: ALL

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る