PDB-6loz: crystal structure of alpha-momorcharin in complex with adenine

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6loz

タイトル

crystal structure of alpha-momorcharin in complex with adenine

要素

Ribosome-inactivating protein momordin I

キーワード

PLANT PROTEIN / alpha-momorcharin / ribosome-inactivating protein / rRNA N-glycosidase / adenine

機能・相同性

機能・相同性情報

rRNA N-glycosylase / rRNA N-glycosylase activity / defense response / toxin activity / negative regulation of translation
類似検索 - 分子機能

生物種

Momordica charantia (ゴーヤ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.08 Å

データ登録者

Fan, X. / Jin, T.

引用

ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2020
タイトル: Atomic-resolution structures of type I ribosome inactivating protein alpha-momorcharin with different substrate analogs.
著者: Fan, X. / Wang, Y. / Guo, F. / Zhang, Y. / Jin, T.

履歴

登録	2020年1月7日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年11月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6loz.cif.gz	107.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6loz.ent.gz	77.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6loz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6loz_validation.pdf.gz	762.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6loz_full_validation.pdf.gz	767.6 KB	表示
XML形式データ	6loz_validation.xml.gz	13.8 KB	表示
CIF形式データ	6loz_validation.cif.gz	20.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lo/6loz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lo/6loz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6loqC 6lorC 6lovC 6lowC 6loyC 6lp0C 1f8qS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5njv-4 5gz7-d 5oyo-2 4g1y-d 2hbh-d 2px2-2 4op0-2 4mwz-1 3p2s-d 3u70-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#161 - 2013年5月リシン (Ricin) 類似性 (9) #69 - 2005年9月コレラ毒素 (Cholera Toxin) 類似性 (9) #210 - 2017年6月アデニンリボスイッチの動き (Adenine Riboswitch in Action) 類似性 (1) #130 - 2010年10月リボスイッチ (Riboswitches) 類似性 (1) #156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#161 - 2013年5月
リシン (Ricin)
類似性 (9)
#69 - 2005年9月
コレラ毒素 (Cholera Toxin)
類似性 (9)
#210 - 2017年6月
アデニンリボスイッチの動き (Adenine Riboswitch in Action)
類似性 (1)
#130 - 2010年10月
リボスイッチ (Riboswitches)
類似性 (1)
#156 - 2012年12月
ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Ribosome-inactivating protein momordin I

ヘテロ分子

31.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	131.167, 131.167, 37.145
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	146
Space group name H-M	H3

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-676- HOH

#1: タンパク質

Ribosome-inactivating protein momordin I / Alpha-momorcharin / Alpha-MMC / rRNA N-glycosidase

分子量: 31562.961 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然)

Momordica charantia (ゴーヤ) / 参照: UniProt: P16094, rRNA N-glycosylase

#2: 化合物

ChemComp-ADE / ADENINE

分子量: 135.127 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₅N₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

#3: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

#4: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 276 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

Has protein modification

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.95 Å³/Da / 溶媒含有率: 36.87 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.2 M Magnesium Acetate, 20% PEG 8000, 0.1 M Sodium cacodylate, pH 6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年12月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.08→50 Å / Num. obs: 96174 / % possible obs: 93.9 % / 冗長度: 3.4 % / CC_1/2: 0.989 / R_merge(I) obs: 0.084 / Net I/σ(I): 11
反射シェル	解像度: 1.08→1.12 Å / R_merge(I) obs: 0.72 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 10245 / CC_1/2: 0.649

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1F8Q

1f8q

解像度: 1.08→24.038 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.952 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.945 / SU B: 1.204 / SU ML: 0.028 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.038 / ESU R Free: 0.039 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2215	4939	5.135 %
R_work	0.2024	-	-
all	0.203	-	-
obs	-	96174	93.841 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 16.437 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.259 Å²	-0.129 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.259 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.84 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.08→24.038 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1924	0	24	276	2224

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.013	2032
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	1913
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.743	1.661	2770
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.575	1.58	4424
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.875	5	255
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.883	21.442	104
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.278	15	341
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.448	15	16
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.09	0.2	275
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	2293
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	438
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.219	0.2	413
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.172	0.2	1844
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.179	0.2	1032
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.082	0.2	976
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.124	0.2	133
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.245	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.185	0.2	34
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.105	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.903	1.312	1008
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.899	1.311	1007
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.363	1.972	1267
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.363	1.973	1268
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.61	1.539	1024
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.609	1.54	1025
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.458	2.23	1503
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.457	2.231	1504
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	3.808	16.782	2347
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	3.581	16.087	2287

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.08-1.107	0.37	389	0.34	7197	X-RAY DIFFRACTION	99.8815
1.107-1.138	0.311	402	0.308	7000	X-RAY DIFFRACTION	99.9055
1.138-1.171	0.276	338	0.27	6804	X-RAY DIFFRACTION	99.7347
1.171-1.207	0.264	374	0.24	6595	X-RAY DIFFRACTION	99.5714
1.207-1.246	0.229	363	0.227	6359	X-RAY DIFFRACTION	99.5262
1.246-1.29	0.217	322	0.211	6137	X-RAY DIFFRACTION	99.2014
1.29-1.339	0.216	340	0.2	5951	X-RAY DIFFRACTION	99.2428
1.339-1.393	0.211	303	0.193	5691	X-RAY DIFFRACTION	98.7642
1.393-1.455	0.208	285	0.179	5448	X-RAY DIFFRACTION	98.7087
1.455-1.526	0.189	295	0.167	5172	X-RAY DIFFRACTION	98.6289
1.526-1.609	0.195	260	0.166	4937	X-RAY DIFFRACTION	97.8719
1.609-1.706	0.188	262	0.173	4655	X-RAY DIFFRACTION	97.4049
1.706-1.824	0.191	205	0.173	4312	X-RAY DIFFRACTION	97.0146
1.824-1.97	0.194	194	0.181	3992	X-RAY DIFFRACTION	95.3531
1.97-2.158	0.212	190	0.175	3542	X-RAY DIFFRACTION	92.5825
2.158-2.412	0.196	174	0.181	3009	X-RAY DIFFRACTION	87.5894
2.412-2.785	0.236	128	0.207	2372	X-RAY DIFFRACTION	78.0275
2.785-3.409	0.241	83	0.247	1389	X-RAY DIFFRACTION	53.9985
3.409-4.815	0.387	26	0.352	443	X-RAY DIFFRACTION	22.3866
4.815-10	0.979	6	0.603	230	X-RAY DIFFRACTION	20.38

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -20.4994 Å / Origin y: -12.5941 Å / Origin z: -0.0161 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.014 Å²	-0.0055 Å²	0.0015 Å²	-	0.03 Å²	0.009 Å²	-	-	0.0057 Å²
L	0.5383 °²	-0.0486 °²	-0.1692 °²	-	0.1108 °²	-0.0147 °²	-	-	0.1079 °²
S	-0.0309 Å °	0.0172 Å °	-0.0147 Å °	0.0116 Å °	0.0155 Å °	-0.0022 Å °	0.0246 Å °	-0.0059 Å °	0.0153 Å °

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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