PDB-6loy: crystal structure of alpha-momorcharin in complex with dAMP

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6loy

タイトル

crystal structure of alpha-momorcharin in complex with dAMP

要素

Ribosome-inactivating protein momordin I

キーワード

PLANT PROTEIN / alpha-momorcharin / ribosome-inactivating protein / rRNA N-glycosidase / dAMP

機能・相同性

機能・相同性情報

rRNA N-glycosylase / rRNA N-glycosylase activity / defense response / toxin activity / negative regulation of translation
類似検索 - 分子機能

生物種

Momordica charantia (ゴーヤ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.35 Å

データ登録者

Fan, X. / Jin, T.

引用

ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2020
タイトル: Atomic-resolution structures of type I ribosome inactivating protein alpha-momorcharin with different substrate analogs.
著者: Fan, X. / Wang, Y. / Guo, F. / Zhang, Y. / Jin, T.

履歴

登録	2020年1月7日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年11月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6loy.cif.gz	109.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6loy.ent.gz	79.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6loy.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lo/6loy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lo/6loy	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6loqC 6lorC 6lovC 6lowC 6lozC 6lp0C 1f8qS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5cso-d 4m5a-d 1ahb-d 4lro-d 4dwm-d 1aha-d 3q4p-d 3v2k-d 4kmk-d 4k2z-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#161 - 2013年5月リシン (Ricin) 類似性 (9) #69 - 2005年9月コレラ毒素 (Cholera Toxin) 類似性 (9)

登録構造単位

A: Ribosome-inactivating protein momordin I

ヘテロ分子

31.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	130.667, 130.667, 39.230
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	146
Space group name H-M	H3

#1: タンパク質	Ribosome-inactivating protein momordin I / Alpha-momorcharin / Alpha-MMC / rRNA N-glycosidase 分子量: 31562.961 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Momordica charantia (ゴーヤ) / 参照: UniProt: P16094, rRNA N-glycosylase
#2: 化合物	ChemComp-D5M / 2'-DEOXYADENOSINE-5'-MONOPHOSPHATE / dAMP 分子量: 331.222 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₄N₅O₆P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 179 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.04 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.77 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.2 M Magnesium Acetate, 20% PEG 8000, 0.1 M Sodium cacodylate, pH 6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年12月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.35→50 Å / Num. obs: 50527 / % possible obs: 92.4 % / 冗長度: 3.2 % / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.056 / Net I/σ(I): 14.8
反射シェル	解像度: 1.35→1.4 Å / R_merge(I) obs: 0.804 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 5422 / CC_1/2: 0.649

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1F8Q

1f8q

解像度: 1.35→14.951 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.872 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.835 / SU B: 4.734 / SU ML: 0.092 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.1 / ESU R Free: 0.104 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3495	2505	4.958 %
R_work	0.3	-	-
all	0.306	-	-
obs	-	50526	92.175 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 27.081 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.629 Å²	-0.315 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.629 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.041 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.35→14.951 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1932	0	22	179	2133

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.013	2009
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	1893
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.941	1.662	2735
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.449	1.577	4378
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.616	5	249
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.959	21.442	104
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.604	15	339
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	26.957	15	16
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.091	0.2	272
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	2238
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	427
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.208	0.2	450
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.193	0.2	1918
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.174	0.2	977
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.086	0.2	937
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.151	0.2	114
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.424	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.326	0.2	40
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.231	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.343	2.039	993
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.342	2.038	992
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.862	3.058	1243
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.862	3.06	1244
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.794	2.272	1016
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.778	2.266	1013
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.588	3.341	1492
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.588	3.343	1493
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.814	25.474	2303
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.814	25.471	2304

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.35-1.385	0.352	191		3661	X-RAY DIFFRACTION	96.0599
1.385-1.423	0.331	216		3750	X-RAY DIFFRACTION	99.6983
1.423-1.465	0.321	179	0.3	3672	X-RAY DIFFRACTION	99.6378
1.465-1.51	0.294	185	0.277	3522	X-RAY DIFFRACTION	99.1442
1.51-1.559	0.291	166	0.27	3381	X-RAY DIFFRACTION	98.6923
1.559-1.614	0.302	162	0.265	3262	X-RAY DIFFRACTION	98.3625
1.614-1.675	0.327	172	0.261	3162	X-RAY DIFFRACTION	98.3481
1.675-1.743	0.347	171	0.258	3031	X-RAY DIFFRACTION	98.0404
1.743-1.82	0.286	168	0.251	2858	X-RAY DIFFRACTION	97.6444
1.82-1.909	0.316	138	0.258	2761	X-RAY DIFFRACTION	96.5368
1.909-2.012	0.334	124	0.274	2558	X-RAY DIFFRACTION	95.7857
2.012-2.134	0.311	121	0.261	2453	X-RAY DIFFRACTION	95.6166
2.134-2.282	0.294	121	0.273	2267	X-RAY DIFFRACTION	94.5743
2.282-2.464	0.348	110	0.296	2080	X-RAY DIFFRACTION	93.43
2.464-2.699	0.361	85	0.291	1910	X-RAY DIFFRACTION	92.9204
2.699-3.017	0.347	81	0.304	1565	X-RAY DIFFRACTION	84.6273
3.017-3.482	0.402	66	0.337	1104	X-RAY DIFFRACTION	67.9443
3.482-4.262	0.506	22	0.419	558	X-RAY DIFFRACTION	39.6717
4.262-6.015	0.511	21		329	X-RAY DIFFRACTION	31.3901
6.015-10	0.447	6		137	X-RAY DIFFRACTION	22.807

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -20.5121 Å / Origin y: -12.6522 Å / Origin z: -0.0213 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0321 Å²	-0.0073 Å²	-0.0117 Å²	-	0.0192 Å²	0.023 Å²	-	-	0.0528 Å²
L	1.8122 °²	-0.245 °²	-0.5867 °²	-	0.9752 °²	-0.0339 °²	-	-	0.2052 °²
S	0.0905 Å °	0.102 Å °	-0.0171 Å °	0.1427 Å °	-0.0819 Å °	-0.022 Å °	-0.0495 Å °	-0.0297 Å °	-0.0087 Å °

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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