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- PDB-2wyx: Neutron structure of a class A Beta-lactamase Toho-1 E166A R274N ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2wyx
タイトルNeutron structure of a class A Beta-lactamase Toho-1 E166A R274N R276N triple mutant
要素BETA-LACTAMSE TOHO-1
キーワードHYDROLASE / TOHO-1 / BETA-LACTAMASE / CTX- M-TYPE ESBLS / NEUTRON STRUCTURE / ANTIBIOTIC RESISTANCE / EXTENDED-SPECTRUM BETA-LACTAMASES (ESBLS)
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase / beta-lactamase activity / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能
Beta-lactamase, class-A active site / Beta-lactamase class-A active site. / Beta-lactamase class A, catalytic domain / Beta-lactamase enzyme family / Beta-lactamase, class-A / Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Beta-lactamase/transpeptidase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DEUTERATED WATER / Beta-lactamase Toho-1
類似検索 - 構成要素
生物種ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
手法中性子回折 / NUCLEAR REACTOR / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Tomanicek, S.J. / Blakeley, M.P. / Cooper, J. / Chen, Y. / Afonine, P. / Coates, L.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: Neutron Diffraction Studies of a Class a Beta-Lactamase Toho-1 E166A R274N R276N Triple Mutant
著者: Tomanicek, S.J. / Blakeley, M.P. / Cooper, J. / Chen, Y. / Afonine, P. / Coates, L.
履歴
登録2009年11月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02010年1月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月31日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source
Item: _diffrn_source.pdbx_wavelength_list / _diffrn_source.type
改定 1.22018年5月9日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / reflns / reflns_shell
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline / _reflns.pdbx_Rmerge_I_obs / _reflns.pdbx_netI_over_sigmaI
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BETA-LACTAMSE TOHO-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,5031
ポリマ－27,5031
非ポリマー00
水2,882160
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.993, 72.993, 98.365
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2193-

HOH

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要素

#1: タンパク質 BETA-LACTAMSE TOHO-1


分子量: 27503.123 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 33-288 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: BL21 / 解説: RECOMBINANT / プラスミド: PJEXPRESS401 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q47066, beta-lactamase
#2: 化合物 ChemComp-DOD / water / 重水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 160 / 由来タイプ: 天然 / 式: D2O
構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, GLU 169 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ARG 275 TO ASN ...ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, GLU 169 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ARG 275 TO ASN ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ARG 277 TO ASN
配列の詳細RESIDUES 29-287 PRESENT IN THIS NEUTRON STRUCTURE.

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実験情報

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実験

実験手法: 中性子回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶解説: NONE
結晶化pH: 6.5 / 詳細: pH 6.5

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データ収集

放射光源由来: NUCLEAR REACTOR / サイト: ILL / ビームライン: LADI III / 波長: 3.7 / 波長: 3.7 Å
検出器検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年9月3日
放射散乱光タイプ: neutron
放射波長波長: 3.7 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: -h,-k,l / Fraction: 0.201
反射解像度: 2.1→19.4 Å / Num. obs: 15814 / % possible obs: 88.6 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 8.2 % / Rmerge(I) obs: 0.177 / Rsym value: 0.06 / Net I/σ(I): 10.4
反射 シェル解像度: 2.1→2.21 Å / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.241 / Mean I/σ(I) obs: 7 / % possible all: 78

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
LAUEGENデータ削減
LAUEGENデータスケーリング
精密化解像度: 2.1→19.409 Å / σ(F): 1.52 / 位相誤差: 30.31 / 立体化学のターゲット値: MLF
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2579 840 5.3 %
Rwork0.2229 --
obs0.226 15814 88.6 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 30.627 Å2 / ksol: 0.477 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.9814 Å20 Å20 Å2
2---0.9814 Å2-0 Å2
3---1.9627 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→19.409 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1925 0 0 160 2085
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
NEUTRON DIFFRACTIONf_bond_d0.0144508
NEUTRON DIFFRACTIONf_angle_d1.17937
NEUTRON DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.251100
NEUTRON DIFFRACTIONf_chiral_restr0.083318
NEUTRON DIFFRACTIONf_plane_restr0.004903
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.102-2.26390.29441300.26042621NEUTRON DIFFRACTION74
2.2639-2.49090.30031440.2532787NEUTRON DIFFRACTION78
2.4909-2.84960.26881550.22922974NEUTRON DIFFRACTION83
2.8496-3.58350.25531700.20783211NEUTRON DIFFRACTION89
3.5835-16.00120.22751850.20483388NEUTRON DIFFRACTION90

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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