[日本語] English
万見
- PDB-6lae: Crystal structure of the DNA-binding domain of human XPA in compl... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6lae
タイトルCrystal structure of the DNA-binding domain of human XPA in complex with DNA
要素
  • DNA (5'-D(P*GP*CP*AP*TP*CP*TP*CP*GP*CP*CP*T)-3')
  • DNA (5'-D(P*TP*GP*GP*CP*GP*AP*GP*AP*TP*GP*C)-3')
  • DNA repair protein complementing XP-A cells
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / Protein-DNA complex / nucleotide excision repair / DNA repair / DNA BINDING PROTEIN / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleotide-excision repair factor 1 complex / nucleotide-excision repair involved in interstrand cross-link repair / nucleotide-excision repair, DNA damage recognition / response to auditory stimulus / UV protection / UV-damage excision repair / protein localization to nucleus / nucleotide-excision repair / base-excision repair / Dual Incision in GG-NER ...nucleotide-excision repair factor 1 complex / nucleotide-excision repair involved in interstrand cross-link repair / nucleotide-excision repair, DNA damage recognition / response to auditory stimulus / UV protection / UV-damage excision repair / protein localization to nucleus / nucleotide-excision repair / base-excision repair / Dual Incision in GG-NER / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / Formation of Incision Complex in GG-NER / Dual incision in TC-NER / sequence-specific double-stranded DNA binding / damaged DNA binding / nuclear body / protein domain specific binding / DNA repair / protein homodimerization activity / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Nucleotide Excision Repair Protein XPA (XPA-MBD); B Chain A / XPA C-terminal domain / XPA protein N-terminal / XPA / Zinc finger, XPA-type, conserved site / XPA, C-terminal / XPA, conserved site / XPA protein C-terminus / XPA protein signature 1. / XPA protein signature 2. ...Nucleotide Excision Repair Protein XPA (XPA-MBD); B Chain A / XPA C-terminal domain / XPA protein N-terminal / XPA / Zinc finger, XPA-type, conserved site / XPA, C-terminal / XPA, conserved site / XPA protein C-terminus / XPA protein signature 1. / XPA protein signature 2. / XPA domain superfamily / Putative DNA-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / DNA repair protein complementing XP-A cells
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.81 Å
データ登録者Lian, F.M. / Yang, X. / Jiang, Y.L. / Yang, F. / Li, C. / Yang, W. / Qian, C.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China31700672 中国
引用ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2020
タイトル: New structural insights into the recognition of undamaged splayed-arm DNA with a single pair of non-complementary nucleotides by human nucleotide excision repair protein XPA.
著者: Lian, F.M. / Yang, X. / Jiang, Y.L. / Yang, F. / Li, C. / Yang, W. / Qian, C.
履歴
登録2019年11月12日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年2月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: DNA repair protein complementing XP-A cells
B: DNA repair protein complementing XP-A cells
C: DNA (5'-D(P*GP*CP*AP*TP*CP*TP*CP*GP*CP*CP*T)-3')
D: DNA (5'-D(P*TP*GP*GP*CP*GP*AP*GP*AP*TP*GP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,7776
ポリマ－41,6464
非ポリマー1312
水1086
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3300 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area19260 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)69.112, 69.112, 63.938
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number144
Space group name H-MP31

-
要素

#1: タンパク質 DNA repair protein complementing XP-A cells / Xeroderma pigmentosum group A-complementing protein


分子量: 17473.172 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: XPA, XPAC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P23025
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(P*GP*CP*AP*TP*CP*TP*CP*GP*CP*CP*T)-3')


分子量: 3285.148 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(P*TP*GP*GP*CP*GP*AP*GP*AP*TP*GP*C)-3')


分子量: 3414.234 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.9 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 20% PEG4000, 20% 2-propanol, 0.1 mM sodium citrate tribasic pH 5.6

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97775 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年3月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97775 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: -h,-k,l / Fraction: 0.5
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 7795 / % possible obs: 93.2 % / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 68.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.104 / Rpim(I) all: 0.056 / Rrim(I) all: 0.119 / Net I/σ(I): 10.2
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.495 / Num. unique obs: 778 / Rpim(I) all: 0.259 / Rrim(I) all: 0.562 / % possible all: 92.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0257精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6J44

6j44


解像度: 2.81→43.7 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.933 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.929 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.084 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2369 459 5.9 %RANDOM
Rwork0.2185 ---
obs0.2198 7335 93.37 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 120 Å2 / Biso mean: 77.261 Å2 / Biso min: 30 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-18.6 Å20 Å20 Å2
2--18.6 Å20 Å2
3----37.2 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.81→43.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1940 450 2 6 2398
Biso mean--75.94 30 -
残基数----254
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0122478
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0320.0182091
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7011.5443414
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.3161.7654917
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.4095230
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.30524.211114
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.81815414
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.7881510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0940.2306
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.022408
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0140.02486
LS精密化 シェル解像度: 2.81→2.881 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.458 37 -
Rwork0.449 534 -
obs--92.69 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る