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- PDB-1wb7: Iron Superoxide Dismutase (Fe-SOD) From The Hyperthermophile Sulf... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1wb7
タイトルIron Superoxide Dismutase (Fe-SOD) From The Hyperthermophile Sulfolobus Solfataricus. Crystal Structure of the Y41F mutant.
要素SUPEROXIDE DISMUTASE [FE]
キーワードOXIDOREDUCTASE / SUPEROXIDE DISMUTASE / SOD / IRON / SUPEROXIDE RADICAL DISPROPORTIONATION / SULFOLOBUS SOLFTARICUS / THERMOSTABLE
機能・相同性
機能・相同性情報


superoxide dismutase / superoxide dismutase activity / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Iron/manganese superoxide dismutase, C-terminal domain / Fe,Mn superoxide dismutase (SOD) domain / minor pseudopilin epsh fold / 3-Layer(bab) Sandwich / Manganese/iron superoxide dismutase, binding site / Manganese and iron superoxide dismutases signature. / Manganese/iron superoxide dismutase / Manganese/iron superoxide dismutase, N-terminal / Iron/manganese superoxide dismutases, alpha-hairpin domain ...: / Iron/manganese superoxide dismutase, C-terminal domain / Fe,Mn superoxide dismutase (SOD) domain / minor pseudopilin epsh fold / 3-Layer(bab) Sandwich / Manganese/iron superoxide dismutase, binding site / Manganese and iron superoxide dismutases signature. / Manganese/iron superoxide dismutase / Manganese/iron superoxide dismutase, N-terminal / Iron/manganese superoxide dismutases, alpha-hairpin domain / Manganese/iron superoxide dismutase, C-terminal / Manganese/iron superoxide dismutase, C-terminal domain superfamily / Manganese/iron superoxide dismutase, N-terminal domain superfamily / Iron/manganese superoxide dismutases, C-terminal domain / Helix Hairpins / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Superoxide dismutase [Fe]
類似検索 - 構成要素
生物種SULFOLOBUS SOLFATARICUS (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.24 Å
データ登録者Gogliettino, M.A. / Tanfani, F. / Scire, A. / Ursby, T. / Adinolfi, B.S. / Cacciamani, T. / De Vendittis, E.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 2004
タイトル: The Role of Tyr41 and His155 in the Functional Properties of Superoxide Dismutase from the Archaeon Sulfolobus Solfataricus
著者: Gogliettino, M.A. / Tanfani, F. / Scire, A. / Ursby, T. / Adinolfi, B.S. / Cacciamani, T. / De Vendittis, E.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1999
タイトル: Iron Superoxide Dismutase from the Archaeon Sulfolobus Solfataricus: Analysis of Structure and Thermostability
著者: Ursby, T. / Adinolfi, B.S. / Al-Karadaghi, S. / De Vendittis, E. / Bocchini, V.
#2: ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 2001
タイトル: Phenylmethanesulfonyl Fluoride Inactivates an Archaeal Superoxide Dismutase by Chemical Modification of a Specific Tyrosine Residue
著者: De Vendittis, E. / Ursby, T. / Rullo, R. / Gogliettino, M.A. / Masullo, M. / Bocchini, V.
履歴
登録2004年10月31日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02004年11月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年1月17日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.42019年5月8日Group: Data collection / Experimental preparation
カテゴリ: database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / exptl_crystal_grow
Item: _exptl_crystal_grow.method / _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.52023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SUPEROXIDE DISMUTASE [FE]
B: SUPEROXIDE DISMUTASE [FE]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,3644
ポリマ－48,2532
非ポリマー1122
水4,035224
1
A: SUPEROXIDE DISMUTASE [FE]
B: SUPEROXIDE DISMUTASE [FE]
ヘテロ分子

A: SUPEROXIDE DISMUTASE [FE]
B: SUPEROXIDE DISMUTASE [FE]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,7298
ポリマ－96,5054
非ポリマー2234
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,y,-z+11
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)75.188, 121.753, 59.420
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 128.74, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2081-

HOH

21B-2085-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.90759, -0.000509, 0.419858), (-0.000775, -1, 0.000463), (0.419858, -0.000745, -0.90759)
ベクター: -11.423, 98.119, 52.096)

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要素

#1: タンパク質 SUPEROXIDE DISMUTASE [FE]


分子量: 24126.312 Da / 分子数: 2 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) SULFOLOBUS SOLFATARICUS (古細菌) / プラスミド: PT7-7 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109(DE3) / 参照: UniProt: P80857, superoxide dismutase
#2: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 224 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE CHAIN A,B TYR 41 PHE

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: CRYSTALS WERE GROWN BY VAPOR DIFFUSION IN HANGING DROPS AT 21C IN A 1 TO 1 MIX OF THE RESERVOIR SOLUTION (8% PEG 8000, 0.1 M TRIS/HCL PH 8.5) AND A PROTEIN SOLUTION (1.45 MG/ML Y41F-SSSOD, 20 ...詳細: CRYSTALS WERE GROWN BY VAPOR DIFFUSION IN HANGING DROPS AT 21C IN A 1 TO 1 MIX OF THE RESERVOIR SOLUTION (8% PEG 8000, 0.1 M TRIS/HCL PH 8.5) AND A PROTEIN SOLUTION (1.45 MG/ML Y41F-SSSOD, 20 MM TRIS/HCL PH 7.8, 1% GLYCEROL).
結晶化
*PLUS
温度: 21 ℃ / pH: 7.8 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
18 %PEG80001reservoir
20.1 MTris-HCl1reservoirpH8.5
31.45 mg/mlprotein1drop
420 mMTris-HCl1droppH7.8
51 %glycerol1drop

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I711 / 波長: 0.986
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年10月24日 / 詳細: PT-COATED MIRROR AND SI MONOCHROMATOR
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.986 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.24→60.9 Å / Num. obs: 19994 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 12.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 13.6
反射 シェル解像度: 2.24→2.39 Å / Rmerge(I) obs: 0.26 / Mean I/σ(I) obs: 5.2 / % possible all: 99.8
反射
*PLUS
最低解像度: 60.9 Å / Rmerge(I) obs: 0.093
反射 シェル
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.255 / Mean I/σ(I) obs: 5.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1SSS

1sss
PDB 未公開エントリ


解像度: 2.24→29.07 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 1649340.81 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD USING AMPLITUDES
詳細: NOTE THAT RESIDUES 1-3 AND 209- -210 OF THE COMPLETE SEQUENCE ARE MISSING IN THIS ENTRY DUE TO DISORDER IN THE CRYSTAL. THE NCS USED IN THE REFINEMENT INCLUDED MOLECULE A EXCEPT 7 RESIDUES, ...詳細: NOTE THAT RESIDUES 1-3 AND 209- -210 OF THE COMPLETE SEQUENCE ARE MISSING IN THIS ENTRY DUE TO DISORDER IN THE CRYSTAL. THE NCS USED IN THE REFINEMENT INCLUDED MOLECULE A EXCEPT 7 RESIDUES, THE IRON ION AND 48 WATER MOLECULES AND THE CORRESPONDING NCS RELEATED ATOMS. THE RMS DEVIATION FOR THE ATOMS USED FOR NCS IN THE REFINEMENT IS 0.005 A.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.209 1023 5.1 %RANDOM
Rwork0.181 ---
obs0.181 19994 99.6 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 44.5933 Å2 / ksol: 0.380503 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 17.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.08 Å20 Å22.61 Å2
2---0.16 Å20 Å2
3----0.92 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.27 Å0.23 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.2 Å0.18 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.24→29.07 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3340 0 2 224 3566
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.76
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it0.30.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it0.541
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.443
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.273.5
LS精密化 シェル解像度: 2.24→2.38 Å / Rfactor Rfree error: 0.018 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.237 176 5.3 %
Rwork0.212 3153 -
obs--99.8 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAMION.TOP
精密化
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.222 / Rfactor Rwork: 0.18
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.33
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg21.7
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.754

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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