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- PDB-4l69: Rv2372c of Mycobacterium tuberculosis is RsmE like methyltransferse -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4l69
タイトルRv2372c of Mycobacterium tuberculosis is RsmE like methyltransferse
要素Ribosomal RNA small subunit methyltransferase E
キーワードTRANSFERASE / methyltransferase
機能・相同性
機能・相同性情報


rRNA (uridine-N3-)-methyltransferase activity / 16S rRNA (uracil1498-N3)-methyltransferase / rRNA base methylation / methyltransferase activity / rRNA processing / methylation / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Hypothetical PUA domain-like; domain 1 / Ribosomal RNA small subunit methyltransferase E / Ribosomal RNA small subunit methyltransferase E, methyltransferase domain / Ribosomal RNA small subunit methyltransferase E, PUA-like domain / RNA methyltransferase domain / RNA methyltransferase PUA domain / Ribosomal Protein L25; Chain P / SPOUT methyltransferase, trefoil knot domain / Alpha/beta knot / tRNA (guanine-N1-)-methyltransferase, N-terminal ...Hypothetical PUA domain-like; domain 1 / Ribosomal RNA small subunit methyltransferase E / Ribosomal RNA small subunit methyltransferase E, methyltransferase domain / Ribosomal RNA small subunit methyltransferase E, PUA-like domain / RNA methyltransferase domain / RNA methyltransferase PUA domain / Ribosomal Protein L25; Chain P / SPOUT methyltransferase, trefoil knot domain / Alpha/beta knot / tRNA (guanine-N1-)-methyltransferase, N-terminal / Alpha/beta knot methyltransferases / PUA-like superfamily / Beta Barrel / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Ribosomal RNA small subunit methyltransferase E / Ribosomal RNA small subunit methyltransferase E
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Kumar, A. / Taneja, B.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2014
タイトル: The structure of Rv2372c identifies an RsmE-like methyltransferase from Mycobacterium tuberculosis
著者: Kumar, A. / Kumar, S. / Taneja, B.
履歴
登録2013年6月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年3月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribosomal RNA small subunit methyltransferase E


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,7741
ポリマ－27,7741
非ポリマー00
水34219
1
A: Ribosomal RNA small subunit methyltransferase E

A: Ribosomal RNA small subunit methyltransferase E


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,5482
ポリマ－55,5482
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555-y,-x,-z+1/21
Buried area2570 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area21300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.940, 81.940, 115.070
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 Ribosomal RNA small subunit methyltransferase E / 16S rRNA m3U1498 methyltransferase


分子量: 27773.873 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: H37Rv / 遺伝子: MT2441, MTCY27.08, rsmE, Rv2372c / プラスミド: pET28-His10-Smt3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-DE3
参照: UniProt: P67202, UniProt: P9WGX1*PLUS, 16S rRNA (uracil1498-N3)-methyltransferase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.63 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 297K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.9762 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年5月18日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: silicon mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→57.94 Å / Num. all: 8852 / Num. obs: 8836 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 93.67 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.067
反射 シェル最高解像度: 2.9 Å / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
BALBES位相決定
BUSTER2.10.0精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1VHY

1vhy


解像度: 2.9→51.75 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9255 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.918 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.43 / SU R Cruickshank DPI: 0.591 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.655 / SU Rfree Blow DPI: 0.311 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.31
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2357 416 4.72 %RANDOM
Rwork0.1993 ---
obs0.2009 8822 96 %-
原子変位パラメータBiso max: 228.51 Å2 / Biso mean: 96.24 Å2 / Biso min: 50.67 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--15.1127 Å20 Å20 Å2
2---15.1127 Å20 Å2
3---30.2255 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.495 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→51.75 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1752 0 0 19 1771
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d585SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes31HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes274HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it1778HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion240SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2003SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d1778HARMONIC20.008
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg2433HARMONIC21.09
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.15
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion19.92
LS精密化 シェル解像度: 2.9→3.24 Å / Total num. of bins used: 5
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3202 124 5.02 %
Rwork0.2277 2348 -
all0.2325 2472 -
obs--96 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -9.3736 Å / Origin y: 27.4704 Å / Origin z: 27.0956 Å
111213212223313233
T-0.1905 Å20.1242 Å20.0438 Å2--0.2416 Å2-0.0506 Å2---0.1546 Å2
L2.4187 °20.3221 °20.1275 °2-2.4743 °2-1.1938 °2--4.5348 °2
S0.1031 Å °-0.1531 Å °0.0206 Å °-0.049 Å °-0.1326 Å °-0.0258 Å °-0.1226 Å °0.1837 Å °0.0295 Å °
精密化 TLSグループSelection details: { A|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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