PDB-6l64: X-ray structure of human galectin-10 in complex with D-glucose

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6l64

タイトル

X-ray structure of human galectin-10 in complex with D-glucose

要素

Galectin-10

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN / beta-sandwich structure / lectin

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of activated T cell proliferation / regulation of T cell cytokine production / T cell apoptotic process / regulation of T cell anergy / : / carbohydrate binding / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.08 Å

データ登録者

Kamitori, S.

引用

ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2020
タイトル: Structures of human galectin-10/monosaccharide complexes demonstrate potential of monosaccharides as effectors in forming Charcot-Leyden crystals.
著者: Itoh, A. / Nonaka, Y. / Nakakita, S.I. / Yoshida, H. / Nishi, N. / Nakamura, T. / Kamitori, S.

履歴

登録	2019年10月28日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年3月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年7月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly Item: _chem_comp.name / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.2	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary カテゴリ: atom_type / chem_comp ...atom_type / chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6l64.cif.gz	46.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6l64.ent.gz	29.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6l64.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6l64_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6l64_full_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示
XML形式データ	6l64_validation.xml.gz	7.9 KB	表示
CIF形式データ	6l64_validation.cif.gz	9.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l6/6l64 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l6/6l64	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6l67C 6l68C 6l6aC 6l6bC 6l6cC 6l6dC 1qkqS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4hda-2 6glw-1 1yyp-d 5xrp-1 6a1u-1 6gkt-3 5xrl-1 4utv-2 1twy-2 5xrn-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#198 - 2016年6月 β-ガラクトシダーゼ (Beta-galactosidase) 類似性 (1) #75 - 2006年3月組織因子 (Tissue Factor) 類似性 (1) #77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Galectin-10

ヘテロ分子

17.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Galectin-10

ヘテロ分子

A: Galectin-10

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: light scattering
34.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	48.650, 48.650, 259.230
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	179
Space group name H-M	P6₅22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-308- HOH
2	1	A-319- HOH

#1: タンパク質

Galectin-10 / Gal-10 / Charcot-Leyden crystal protein / CLC / Eosinophil lysophospholipase / Lysolecithin acylhydrolase

分子量: 16644.016 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CLC, LGALS10, LGALS10A / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q05315

#2: 糖

ChemComp-BGC / beta-D-glucopyranose / beta-D-glucose / D-glucose / glucose / β-D-グルコピラノ-ス

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₆H₁₂O₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

#3: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.66 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.77 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 1.6 M ammonium sulfate, 0.1 M MES monohydrate pH 6.5, 10 % (v/v) 1,4-dioxane

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2018年12月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.08→19.52 Å / Num. obs: 11869 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 19.4 % / CC_1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 15.1
反射シェル	解像度: 2.08→2.13 Å / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / Num. unique obs: 832 / CC_1/2: 0.903

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0253	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1QKQ

1qkq

解像度: 2.08→19.517 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.946 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.917 / SU B: 4.326 / SU ML: 0.114 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.179 / ESU R Free: 0.162 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2357	564	4.752 %
R_work	0.1987	-	-
all	0.2	-	-
obs	-	11869	99.773 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 22.369 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.001 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.001 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.003 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.08→19.517 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1124	0	36	30	1190

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.013	1188
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.017	1072
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.539	1.687	1611
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.159	1.606	2502
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	9.395	5	137
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	41.897	22.903	62
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.116	15	201
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.076	15	6
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.058	0.2	159
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	1271
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	247
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.185	0.15	152
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.162	0.15	971
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.162	0.15	524
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.073	0.15	580
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.1	0.15	41
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.106	0.15	9
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.184	0.15	34
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.15	0.15	8
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.263	2.158	551
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.263	2.152	550
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.965	3.222	687
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.964	3.229	688
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.105	2.571	637
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.104	2.57	637
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.321	3.75	924
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.32	3.756	925
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.742	24.132	1166
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.568	24.111	1165

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	WR_factor R_work
2.08-2.133	0.225	41	0.238	791	0.237	832	0.915	0.905	0.204
2.133-2.191	0.303	40	0.224	779	0.227	819	0.894	0.922	0.189
2.191-2.254	0.203	42	0.215	758	0.215	800	0.923	0.929	0.183
2.254-2.322	0.298	42	0.209	735	0.214	777	0.91	0.928	0.176
2.322-2.397	0.26	38	0.215	710	0.217	748	0.895	0.921	0.181
2.397-2.48	0.262	36	0.227	703	0.229	739	0.918	0.921	0.187
2.48-2.572	0.248	37	0.208	673	0.21	710	0.912	0.928	0.175
2.572-2.675	0.223	33	0.213	643	0.214	676	0.921	0.93	0.183
2.675-2.792	0.272	26	0.209	636	0.212	662	0.918	0.935	0.176
2.792-2.925	0.296	35	0.214	598	0.219	633	0.918	0.93	0.177
2.925-3.079	0.215	32	0.206	583	0.206	615	0.921	0.945	0.173
3.079-3.261	0.201	29	0.196	557	0.196	586	0.959	0.955	0.162
3.261-3.479	0.15	19	0.178	540	0.177	559	0.961	0.961	0.155
3.479-3.748	0.246	21	0.179	482	0.181	503	0.942	0.962	0.161
3.748-4.091	0.207	19	0.172	469	0.174	488	0.975	0.971	0.156
4.091-4.549	0.138	22	0.148	416	0.148	438	0.984	0.981	0.136
4.549-5.206	0.267	12	0.152	397	0.155	409	0.964	0.981	0.146
5.206-6.265	0.261	18	0.224	344	0.226	362	0.956	0.957	0.198
6.265-8.436	0.386	9	0.242	293	0.245	302	0.913	0.944	0.211
8.436-19.517	0.262	13	0.252	198	0.253	211	0.962	0.958	0.232

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関連情報:EMDBヘッダ

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