PDB-6l5r: crystal structure of GgCGT in complex with UDP-Glu

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6l5r

タイトル

crystal structure of GgCGT in complex with UDP-Glu

要素

GgCGT

キーワード

TRANSFERASE / di-C-glycosyltransferase

機能・相同性

Chem-G50 / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE

機能・相同性情報

生物種

Glycyrrhiza glabra (マメ科)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.89 Å

データ登録者

Zhang, M. / Li, F.D. / Ye, M.

引用

ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2020
タイトル: Functional Characterization and Structural Basis of an Efficient Di-C-glycosyltransferase fromGlycyrrhiza glabra.
著者: Zhang, M. / Li, F.D. / Li, K. / Wang, Z.L. / Wang, Y.X. / He, J.B. / Su, H.F. / Zhang, Z.Y. / Chi, C.B. / Shi, X.M. / Yun, C.H. / Zhang, Z.Y. / Liu, Z.M. / Zhang, L.R. / Yang, D.H. / Ma, M. / Qiao, X. / Ye, M.

履歴

登録	2019年10月24日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年2月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年3月4日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.2	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6l5r.cif.gz	191 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6l5r.ent.gz	149.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6l5r.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6l5r_validation.pdf.gz	970.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6l5r_full_validation.pdf.gz	972.7 KB	表示
XML形式データ	6l5r_validation.xml.gz	17.4 KB	表示
CIF形式データ	6l5r_validation.cif.gz	22.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l5/6l5r ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l5/6l5r	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6l5pC 6l5qC 6l5sC 6l7hC 2acwS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5fjn-2 4lgx-d 4z9v-d 6f8n-2 2bum-d 4ptm-d 4wct-1 6mb1-3 2bux-d 3sq5-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (1) #254 - 2021年2月セルロース合成酵素 (Cellulose Synthase) 類似性 (1) #141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: GgCGT

ヘテロ分子

52.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, monomer

単位格子

Length a, b, c (Å)	53.750, 67.336, 105.756
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	GgCGT 分子量: 52093.066 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Glycyrrhiza glabra (マメ科) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物	ChemComp-UDP / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / UDP タイプ: RNA linking / 分子量: 404.161 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₄N₂O₁₂P₂ / コメント: UDP*YM
#3: 化合物	ChemComp-G50 / 3-(4-HYDROXYPHENYL)-1-(2,4,6-TRIHYDROXYPHENYL)PROPAN-1-ONE / フロレチン分子量: 274.269 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₁₄O₅
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.97 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.48 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.2 M Ammonium acetate, 0.1 M Tris, pH 8.5, 25% w/v Polyethylene glycol 3350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.979 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月17日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.979 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.89→40 Å / Num. obs: 9044 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 8.1 % / R_merge(I) obs: 0.197 / R_pim(I) all: 0.072 / R_rim(I) all: 0.21 / Χ²: 0.981 / Net I/σ(I): 3.5

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.9-2.95	5.2	0.848	419	0.427	0.395	0.94	0.864	96.5
2.95-3	5.5	0.857	436	0.474	0.389	0.946	0.886	99.1
3-3.06	6.4	0.774	439	0.647	0.324	0.842	0.875	98.9
3.06-3.12	6.8	0.697	443	0.782	0.283	0.754	0.875	99.6
3.12-3.19	7.6	0.752	449	0.766	0.29	0.808	0.941	100
3.19-3.27	8.6	0.695	426	0.833	0.249	0.739	0.908	100
3.27-3.35	8.9	0.595	450	0.859	0.208	0.632	0.957	100
3.35-3.44	9	0.536	452	0.886	0.185	0.568	0.951	100
3.44-3.54	9	0.415	444	0.931	0.144	0.44	1.077	100
3.54-3.65	9	0.375	443	0.941	0.131	0.397	1.006	100
3.65-3.78	8.9	0.31	448	0.955	0.109	0.329	1.054	100
3.78-3.94	8.7	0.264	457	0.968	0.095	0.281	1.084	100
3.94-4.11	8.2	0.217	449	0.969	0.08	0.232	1.108	100
4.11-4.33	8.7	0.184	446	0.985	0.066	0.196	1.113	100
4.33-4.6	9.2	0.16	460	0.989	0.055	0.169	1.024	100
4.6-4.96	9	0.149	450	0.986	0.052	0.159	1.04	100
4.96-5.45	8.8	0.142	471	0.989	0.051	0.151	1.002	100
5.45-6.24	7.8	0.129	466	0.99	0.048	0.138	0.967	100
6.24-7.85	8.6	0.102	483	0.995	0.036	0.109	0.892	100
7.85-40	7.6	0.068	513	0.996	0.026	0.073	0.82	100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
PHENIX	1.16_3549	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
HKL-2000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2ACW

2acw

解像度: 2.89→33.668 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 27.22

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2611	392	4.65 %
R_work	0.206	-	-
obs	0.2084	8432	93.21 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 180.96 Å² / B_iso mean: 52.4257 Å² / B_iso min: 18.38 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.89→33.668 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3447	0	45	0	3492
B_iso mean	-	-	48.58	-	-
残基数	-	-	-	-	447

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
2.8901-3.308	0.3459	118	0.2986	2254	80
3.308-4.1665	0.2609	142	0.2099	2823	100
4.1665-33.668	0.2277	132	0.1756	2963	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.008	0.7969	0.2606	5.2782	1.3646	3.7484	-0.2013	-0.0941	-0.2925	-0.1895	0.0277	-0.3865	0.414	-0.0339	0.091	0.2241	-0.0044	0.0608	0.2613	-0.0034	0.2069	9.603	-27.554	-15.347
2	1.0677	0.9347	-1.2066	1.7011	-0.7459	1.5165	0.2374	0.9094	0.3025	-0.1801	-0.715	0.4911	-0.1085	-0.1979	-0.2083	0.3172	0.0305	-0.0105	0.4809	-0.0216	0.4521	1.261	-19.101	-9.074
3	2.2599	1.6984	-0.4894	3.6196	-1.8904	1.7363	0.1306	-0.5942	0.2771	0.6785	-0.1524	0.305	-0.1549	-0.0914	0.0294	0.2838	0.0219	0.0182	0.369	-0.0639	0.3108	12.901	-10.753	-7.728
4	2.0843	0.2235	-1.115	1.7705	-1.6439	3.1127	-0.1644	0.1068	1.0033	0.3014	0.2401	0.8632	-0.526	-0.5384	-0.0558	0.2981	0.0141	0.0605	0.291	-0.1358	0.6214	12.201	3.394	-13.734
5	0.6742	0.2063	-0.0736	2.0745	0.2425	2.1455	0.0026	0.0426	-0.1059	0.026	-0.1253	0.1392	0.0756	-0.2318	0.1366	0.1531	0.0393	-0.0047	0.2391	0.0118	0.2505	20.024	-15.408	-24.246
6	1.4698	0.0613	0.6807	3.2983	-0.4747	4.1348	-0.025	0.2488	0.1625	-0.3915	-0.0618	0.3212	0.0713	-0.218	0.0851	0.268	-0.0343	-0.0294	0.279	0.0269	0.3184	12.375	-10.145	-37.503
7	1.7165	-0.7124	-0.024	1.6987	-0.016	1.9213	-0.2111	0.1936	0.4058	0.1658	-0.5577	-0.6666	-0.1731	0.8475	0.2436	0.1162	-0.0204	0.04	0.3926	0.0277	0.4171	27.543	-14.835	-25.885

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND RESID 12:78 )	A	12 - 78
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN A AND RESID 79:117 )	A	79 - 117
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN A AND RESID 118:161 )	A	118 - 161
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN A AND RESID 162:212 )	A	162 - 212
5	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN A AND RESID 213:289 )	A	213 - 289
6	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN A AND RESID 290:419 )	A	290 - 419
7	X-RAY DIFFRACTION	7	( CHAIN A AND RESID 420:469 )	A	420 - 469

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)