+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6l5s | ||||||
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Title | crystal structure of GgCGT in complex with UDP-Glu | ||||||
Components | GgCGT | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / di-C-glycosyltransferase | ||||||
Function / homology | Chem-G50 / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE Function and homology information | ||||||
Biological species | Glycyrrhiza glabra (plant) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.914 Å | ||||||
Authors | Zhang, M. / Li, F.D. / Ye, M. | ||||||
Citation | Journal: J.Am.Chem.Soc. / Year: 2020 Title: Functional Characterization and Structural Basis of an Efficient Di-C-glycosyltransferase fromGlycyrrhiza glabra. Authors: Zhang, M. / Li, F.D. / Li, K. / Wang, Z.L. / Wang, Y.X. / He, J.B. / Su, H.F. / Zhang, Z.Y. / Chi, C.B. / Shi, X.M. / Yun, C.H. / Zhang, Z.Y. / Liu, Z.M. / Zhang, L.R. / Yang, D.H. / Ma, M. / Qiao, X. / Ye, M. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6l5s.cif.gz | 199.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6l5s.ent.gz | 155.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6l5s.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6l5s_validation.pdf.gz | 1 MB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 6l5s_full_validation.pdf.gz | 1 MB | Display | |
Data in XML | 6l5s_validation.xml.gz | 22.2 KB | Display | |
Data in CIF | 6l5s_validation.cif.gz | 33.9 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l5/6l5s ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l5/6l5s | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 6l5pC 6l5qC 6l5rC 6l7hC 2acwS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 52093.066 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Glycyrrhiza glabra (plant) / Production host: Escherichia coli (E. coli) | ||||
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#2: Chemical | ChemComp-UDP / | ||||
#3: Chemical | ChemComp-G50 / | ||||
#4: Chemical | #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.96 Å3/Da / Density % sol: 37.28 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 0.2 M Ammonium acetate, 0.1 M Tris, pH 8.5, 25% w/v Polyethylene glycol 3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRF / Beamline: BL19U1 / Wavelength: 0.979 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Oct 17, 2019 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.979 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.9→40 Å / Num. obs: 31904 / % possible obs: 99.5 % / Redundancy: 9.2 % / Rmerge(I) obs: 0.166 / Rpim(I) all: 0.056 / Rrim(I) all: 0.176 / Χ2: 0.984 / Net I/σ(I): 3.9 / Num. measured all: 293646 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 2ACW Resolution: 1.914→33.484 Å / SU ML: 0.17 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / Phase error: 19.3 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 95.53 Å2 / Biso mean: 24.7488 Å2 / Biso min: 7.65 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.914→33.484 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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