PDB-2acw: Crystal Structure of Medicago truncatula UGT71G1 complexed with U...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2acw

タイトル

Crystal Structure of Medicago truncatula UGT71G1 complexed with UDP-glucose

要素

triterpene UDP-glucosyl transferase UGT71G1

キーワード

TRANSFERASE / Glycosyltransferase / UDP-glucose

機能・相同性

機能・相同性情報

UDP-glucosyltransferase activity / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 六炭糖残基を移すもの / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Medicago truncatula (タルウマゴヤシ)

手法

X線回折 /

フーリエ合成 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Shao, H. / He, X. / Achnine, L. / Blount, J.W. / Dixon, R.A. / Wang, X.

引用

ジャーナル: Plant Cell / 年: 2005
タイトル: Crystal Structures of a Multifunctional Triterpene/Flavonoid Glycosyltransferase from Medicago truncatula.
著者: Shao, H. / He, X. / Achnine, L. / Blount, J.W. / Dixon, R.A. / Wang, X.

履歴

登録	2005年7月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2005年11月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2024年2月14日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2acw.cif.gz	188.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2acw.ent.gz	150.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2acw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ac/2acw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ac/2acw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2acvC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2acv-d 3e6i-d 3koh-d 6xu0-d 3gph-d 3pu3-d 6ki0-d 6va9-1 6yu6-d 30841 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#254 - 2021年2月セルロース合成酵素 (Cellulose Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: triterpene UDP-glucosyl transferase UGT71G1

B: triterpene UDP-glucosyl transferase UGT71G1

ヘテロ分子

105 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	53.523, 90.662, 101.581
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 102.67, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	triterpene UDP-glucosyl transferase UGT71G1 分子量: 51836.578 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Medicago truncatula (タルウマゴヤシ) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q5IFH7, 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 六炭糖残基を移すもの
#2: 化合物	ChemComp-UPG / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE-GLUCOSE / URIDINE-5'-MONOPHOSPHATE GLUCOPYRANOSYL-MONOPHOSPHATE ESTER / UDP-グルコ-ス分子量: 566.302 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₂₄N₂O₁₇P₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.6 Å³/Da / 溶媒含有率: 47 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: PEG 3350, ammonium acetate, sodium citrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 93 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年4月8日
放射	モノクロメーター: Osmic Confocal MAX-Flux / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.6→100 Å / Num. all: 29545 / Num. obs: 29545 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / R_merge(I) obs: 0.059 / Net I/σ(I): 12.1
反射シェル	解像度: 2.6→2.69 Å / R_merge(I) obs: 0.442 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique all: 2936 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	分類
DENZO	データ削減
SCALEPACK	データスケーリング
CNS	精密化
CNS	位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成 / 解像度: 2.6→99.1 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.28	2218	-	RANDOM
R_work	0.205	-	-	-
all	0.259	27115	-	-
obs	0.259	27115	92.7 %	-

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.32 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.6→99.1 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7202	0	72	17	7291

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d	0.007
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg	1.3

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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