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- PDB-6xu0: Archaeoglobus fulgidus Argonaute protein with DNA oligoduplex 5'-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6xu0
タイトルArchaeoglobus fulgidus Argonaute protein with DNA oligoduplex 5'-pATCGTGGCCACGAT
要素
  • 5'-D(*AP*TP*CP*GP*TP*GP*GP*CP*CP*AP*CP*GP*AP*TP)-3'
  • Piwi protein
キーワードDNA BINDING PROTEIN / ARGONAUTE / PIWI DOMAIN / PROTEIN-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleic acid binding / DNA binding / RNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Piwi domain profile. / Piwi domain / Piwi domain / Piwi / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
BETA-MERCAPTOETHANOL / CACODYLATE ION / : / DNA / DNA (> 10) / Piwi protein / Piwi protein
類似検索 - 構成要素
生物種Archaeoglobus fulgidus (古細菌)
Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Grazulis, S. / Zaremba, M.
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Archaeoglobus fulgidus Argonaute protein with DNA oligoduplex 5'-pATCGTGGCCACGAT
著者: Golovinas, E. / Manakova, E. / Sasnauskas, G. / Zaremba, M.
履歴
登録2020年1月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年1月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Piwi protein
R: 5'-D(*AP*TP*CP*GP*TP*GP*GP*CP*CP*AP*CP*GP*AP*TP)-3'
S: 5'-D(*AP*TP*CP*GP*TP*GP*GP*CP*CP*AP*CP*GP*AP*TP)-3'
B: Piwi protein
P: 5'-D(*AP*TP*CP*GP*TP*GP*GP*CP*CP*AP*CP*GP*AP*TP)-3'
Q: 5'-D(*AP*TP*CP*GP*TP*GP*GP*CP*CP*AP*CP*GP*AP*TP)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)119,92517
ポリマ－118,9656
非ポリマー95911
水8,071448
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: SAXS
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9270 Å2
ΔGint-55 kcal/mol
Surface area35910 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.909, 61.205, 103.092
Angle α, β, γ (deg.)98.320, 104.960, 100.620
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

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タンパク質 / DNA鎖 , 2種, 6分子 ABRSPQ

#1: タンパク質 Piwi protein


分子量: 50921.121 Da / 分子数: 2 / 断片: Arhaeoglobus fulgidus Argonaute protein / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Archaeoglobus fulgidus (古細菌) / 遺伝子: XD48_2091 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A101DYI0, UniProt: O28951*PLUS
#2: DNA鎖
5'-D(*AP*TP*CP*GP*TP*GP*GP*CP*CP*AP*CP*GP*AP*TP)-3'


分子量: 4280.792 Da / 分子数: 4 / 断片: oligodeoxyribonucleotide / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia coli (大腸菌)

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非ポリマー , 7種, 459分子

#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-CAC / CACODYLATE ION / dimethylarsinate


分子量: 136.989 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6AsO2
#5: 化合物 ChemComp-BME / BETA-MERCAPTOETHANOL


分子量: 78.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 化合物 ChemComp-PG0 / 2-(2-METHOXYETHOXY)ETHANOL / PEG 6000


分子量: 120.147 Da / 分子数: 1 / 断片: oligodeoxyribonucleotide / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H12O3 / コメント: 沈殿剤*YM
#8: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 448 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.96 %
結晶化温度: 280 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Na-Cacodylate pH 6.5 0.05 M, KCl_0.04 M, MgCl2 0.01 M, PEG3350 11% (w/v)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P14 (MX2) / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年6月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→48.785 Å / Num. obs: 85105 / % possible obs: 91.5 % / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 35.03 Å2 / Rpim(I) all: 0.04 / Rrim(I) all: 0.079 / Rsym value: 0.061 / Net I/av σ(I): 7.1 / Net I/σ(I): 8.3
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique obsRpim(I) allRrim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
1.9-23.90.6381.248635123550.4490.8940.6381.790.9
2-2.123.90.371245876116580.2580.5150.3712.790.9
2.12-2.273.90.2273.243309110110.1570.3130.227490.6
2.27-2.453.90.154.940547102910.1020.2040.155.491.8
2.45-2.693.90.1066.83753395260.0720.1430.1067.292.2
2.69-33.90.07793359785560.0510.1010.0771091.5
3-3.473.90.05711.72919974910.0370.0730.05714.790.8
3.47-4.2540.04714.22558364760.0290.0580.04719.593.1
4.25-6.013.90.0415.21963249720.0250.0490.0421.392.5
6.01-48.7853.90.038121088827690.0250.0490.03821.794

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation2.26 Å48.78 Å
Translation2.26 Å48.78 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.13_2998精密化
XDSデータ削減
SCALA3.3.22データスケーリング
MOLREP位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdbid 1ytu

1ytu


解像度: 1.9→46.439 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.87 / 位相誤差: 24.5
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2252 8390 9.97 %
Rwork0.1805 --
obs0.1849 84166 90.53 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 164.34 Å2 / Biso mean: 46.915 Å2 / Biso min: 16.97 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.9→46.439 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6511 557 46 448 7562
Biso mean--76.32 49.23 -
残基数----830
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.9-1.92160.34535730.3216497190
1.9216-1.94420.35095910.3064492290
1.9442-1.96790.32225670.2948504189
1.9679-1.99280.31125900.274500890
1.9928-2.01910.29965430.2693497689
2.0191-2.04670.29465380.2524499890
2.0467-2.0760.28965150.2425513790
2.076-2.1070.2825660.2412500690
2.107-2.13990.27755530.234496790
2.1399-2.1750.30025840.2249500989
2.175-2.21250.26975310.2113489989
2.2125-2.25270.22685830.1987509889
2.2527-2.2960.26145430.2081498490
2.296-2.34290.26245950.1967515891
2.3429-2.39380.27565640.194497191
2.3938-2.44950.25255600.1964512691
2.4495-2.51080.28055710.1939507092
2.5108-2.57860.26954980.1964521992
2.5786-2.65450.26425070.1978511591
2.6545-2.74020.25375350.196508691
2.7402-2.83810.26625700.1958494390
2.8381-2.95170.25575950.1921511791
2.9517-3.0860.22545930.1744495690
3.086-3.24870.21595820.1825497289
3.2487-3.45220.2055680.1613506391
3.4522-3.71860.20365100.1636507791
3.7186-4.09260.18585370.1489528593
4.0926-4.68440.1585640.1272517192
4.6844-5.89990.19555400.1484508491
5.8999-46.4390.20376140.1858512393

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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