[English] 日本語
![](img/lk-miru.gif)
- PDB-6xu0: Archaeoglobus fulgidus Argonaute protein with DNA oligoduplex 5'-... -
+
Open data
-
Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6xu0 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Archaeoglobus fulgidus Argonaute protein with DNA oligoduplex 5'-pATCGTGGCCACGAT | ||||||
![]() |
| ||||||
![]() | DNA BINDING PROTEIN / ARGONAUTE / PIWI DOMAIN / PROTEIN-DNA COMPLEX | ||||||
Function / homology | ![]() | ||||||
Biological species | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Grazulis, S. / Zaremba, M. | ||||||
![]() | ![]() Title: Archaeoglobus fulgidus Argonaute protein with DNA oligoduplex 5'-pATCGTGGCCACGAT Authors: Golovinas, E. / Manakova, E. / Sasnauskas, G. / Zaremba, M. | ||||||
History |
|
-
Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
---|
-
Downloads & links
-
Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 209.4 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB format | ![]() | 159.8 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
---|
-Related structure data
Related structure data | ![]() 6xupC ![]() 1ytuS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
---|---|
Similar structure data |
-
Links
-
Assembly
Deposited unit | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
Unit cell |
|
-
Components
-Protein / DNA chain , 2 types, 6 molecules ABRSPQ
#1: Protein | Mass: 50921.121 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: Arhaeoglobus fulgidus Argonaute protein Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: DNA chain | Mass: 4280.792 Da / Num. of mol.: 4 / Fragment: oligodeoxyribonucleotide / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) ![]() ![]() |
---|
-Non-polymers , 7 types, 459 molecules ![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/CAC.gif)
![](data/chem/img/BME.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/PG0.gif)
![](data/chem/img/K.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/CAC.gif)
![](data/chem/img/BME.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/PG0.gif)
![](data/chem/img/K.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#3: Chemical | #4: Chemical | #5: Chemical | #6: Chemical | #7: Chemical | ChemComp-PG0 / | #8: Chemical | ChemComp-K / | #9: Water | ChemComp-HOH / | |
---|
-Details
Has ligand of interest | N |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
---|
-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.56 Å3/Da / Density % sol: 51.96 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 280 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.5 Details: Na-Cacodylate pH 6.5 0.05 M, KCl_0.04 M, MgCl2 0.01 M, PEG3350 11% (w/v) |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Jun 29, 2017 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9763 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.9→48.785 Å / Num. obs: 85105 / % possible obs: 91.5 % / Redundancy: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 35.03 Å2 / Rpim(I) all: 0.04 / Rrim(I) all: 0.079 / Rsym value: 0.061 / Net I/av σ(I): 7.1 / Net I/σ(I): 8.3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
|
-Phasing
Phasing | Method: ![]() | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Phasing MR |
|
-
Processing
Software |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: pdbid 1ytu Resolution: 1.9→46.439 Å / SU ML: 0.26 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0.87 / Phase error: 24.5
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 164.34 Å2 / Biso mean: 46.915 Å2 / Biso min: 16.97 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.9→46.439 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
|